Gunnar Skirbekk er internasjonalt kjent for sine filosofiske arbeider og plasserer seg i spenningsfeltet mellom tysk kontinentalfilosofi og nyere analytisk filosofi.
Skirbekk vokste opp på Hamar, tok examen artium 1956 og begynte å studere medisin 1957, men en sterk filosofisk interesse ledet ham over til filosofiske studier. Allerede 1958, 21 år gammel, publiserte han den eksistensfilosofiske boken Nihilisme? – Et ungt menneskes forsøk på å orientere seg. Boken vakte betydelig oppmerksomhet og har vært en viktig inspirasjonskilde for mange yngre filosofer.
1962 tok Skirbekk magistergraden i filosofi ved Universitetet i Oslo (UiO) på en avhandling om sannhetsproblematikken hos Martin Heidegger. Tre år senere ble han universitetslektor ved Filosofisk institutt, Universitetet i Bergen (UiB). 1970 disputerte han på doktoravhandlingen Truth and Preconditions. An interpretation of Heidegger's theory of truth. I disse arbeidene utvikler Skirbekk en transcendentalfilosofisk tolkning av Heideggers sannhetslære. Han ble professor i vitenskapsfilosofi ved UiB 1979.
Skirbekk er en aktiv talsmann for den “argumenterende fornuft”. 1970 hevdet han at “poetokratiets tid er forbi”, dvs. at filosofene og samfunnsviterne var i ferd med å erstatte litteratene som kultur- og samfunnskritikere. Samtidig omtalte han norsk kulturradikalisme som “kapitalismens lausunge”. Skirbekk har vært meget kritisk til trivialiseringen av den politiske debatten. Han har alltid understreket betydningen av motekspertise og har særlig kritisert den sterke vektleggingen av teknokratiske løsninger og tendensen til å redusere politiske og kulturelle spørsmål til økonomiske spørsmål. 1996–99 var han medlem av Ytringsfrihetskommisjonen, oppnevnt av Justisdepartementet. Tale- og tankefrihet er et sentralt tema i boken Vit og vitskap. Postmodernistisk ordbok om modernitetens babelske forvirring fra 1998.
Gjennom mange år har Gunnar Skirbekk vært en aktiv deltaker på den universitetspolitiske arenaen. 1979–83 var han redaktør (sammen med Kjell S. Johannesen) for Norsk Filosofisk Tidsskrift, og i perioden 1981–99 var han styremedlem for Nordisk institutt for filosofi. 1979–89 hadde han viktige arbeidsoppgaver i NAVF.
1989 fikk Skirbekk opprettet Senter for vitskapsteori ved UiB. Han har vært leder for dette senteret i flere perioder. Han ble innvalgt i Det Kongelige Norske Videnskabers Selskab 1998. Samme år var han gjesteprofessor ved East China Normal University i Shanghai. 2000–01 var Skirbekk professor ved Freie Universität i Berlin, og fra 2003 har han vært professor II ved Høgskulen i Volda. 1996 ble Skirbekk tildelt Lauritz Meltzers pris for “særlig fremragende vitenskapelig virksomhet”.
Skirbekks filosofiske posisjon kan karakteriseres som “transcendentalpragmatisk tenkning”. Den transcendentale og pragmatiske dimensjonen i hans tenkning er knyttet til forutsetningsanalyse av talehandlinger, ofte med utgangspunkt i konkrete eksempler, men han understreker også venstrehegelianismens vektlegging av “det negatives kraft”, dvs. at alle argumenter og teorier kan forbedres (“meliorisme”). Denne posisjonen er systematisk utviklet i Rationality and Modernity. Essays in Philosophical Pragmatics (1993). Dialog og diskursetikk står sentralt i dette bildet. Skirbekk er kritisk til etisk antroposentrisme. Han mener at det ikke er mulig å opprettholde et absolutt skille mellom menneske og natur, og han har derfor gjort seg til talsmann for en “etisk gradualisme”.
Gunnar Skirbekk mener at filosofiske spørsmål angår folk flest. Fagfilosofer må derfor kunne forholde seg til et bredt publikum. Skirbekk har gjort mye for å formidle filosofisk innsikt gjennom lærebøker og essays. Hans essays omfatter alt fra kattens vesen til det flerkulturelle samfunn. En god introduksjon til Skirbekks filosofiske essayistikk er samlingene Ord. Essays i utval og Undringa. Læreboken Filosofihistorie er kommet i flere opplag og utgaver og er oversatt til en rekke språk, bl.a. islandsk og kinesisk.