Gjennom mange år i sentrale embeter satte Trugels Nielssøn sitt preg på både kirke og skole. Hans lærebok i gresk aksentuering plasserer ham også som en habil filolog.
Da Nielssøn begynte på Oslo skole 1602, var Hallvard Gunnarssøn blant lærerne. 1613 dimitterte rektor Oluf Boesen ham, etter at gutten hadde vært syk av pest en hel vinter. 1. mai 1613 ble han immatrikulert ved universitetet i København. Etter at han tok baccalaureus-graden tre år senere, ble han mye brukt som respondent (opponent) ved disputaser. Magistergraden tok han 1621.
1617–19 var Trugels Nielssøn slottsprest i Älvsborg, som Sverige hadde pantsatt. Da Sverige innløste pantet, ble han rektor i Oslo. I hans periode ble over 60 elever kvalifisert for universitetet. 1630–41 var han sogneprest i Ullensaker; han fikk ros av biskopen for sitt arbeid med ungdommen der. Så fikk han muligheten til å komme tilbake til Christiania ved å bytte sognekall med Kjeld Stub, som måtte forlate byen etter krangel med borgermesteren.
I Christiania fulgte 10 år med kirkelig strid. Da gymnasielektor Niels Svendssøn Chronich, nærmest en sekterist, kritiserte prestene for ikke å leve etter det de lærte, følte Nielssøn seg kallet til å svare. Kranglingen ble drevet blant annet fra prekestolen, så det var ikke rart at menigheten gikk trett. Det hele endte med rettssak; Chronich måtte forlate stillingen, men med pensjon, og Nilssøn gikk heller ikke klanderfri. Men han beholdt sin stilling; fra 1647 var han også prost i Bragernes.
Trugels Nielssøn var en rik mann; han hadde inntektene av fire krongodsgårder uten arbeids- eller skyssplikt og eide Kråkfoss mølle og sag og to hus i Christiania.
1615 utkom Corona Olympica, en samling dikt til Oluf Boesens magisterpromosjon. Prologus ad Musas er den rene fanfare til musene; Anagrammatismata følger opp med glede over å turnere ord: “Phœbiqve honorat aras/ amore, more, & ore/ Ornat Deasqve claras/ Honore, flore, rore” ('Han hedrer Apollos altere ved kjærlighet, livsførsel og munn, og han ærer de berømte gudinnene ved heder, blomster og dugg').
1625 utkom Prosodia Græca Seu de Græcorum Accentibus Præcepta Brevissima ('Gresk prosodi, eller kortfattede regler om grekernes aksenter'). Rektor hadde prøvd den på elevene på forhånd.
Til hyllingen av Frederik 3 1648 skrev prosten diktet Salve Norigum ('Vær hilset, Norge'). Av bokstavene i “Fridericus tertius” lager han anagrammet “Vir fit terris decus!” ('Mannen blir en pryd for jorden!').
Det siste vi har, er to dikt i hans gamle elev Niels Thomessøns rebusbok (1661). Det ene er bygd opp omkring et anagram som av navnet Nicolaus Thomaeus gir “Humanus coelo itas” ('Du, et menneske, går mot himmelen'). Det andre diktet ble fremført ved hyllingen i Christiania 1661, ved overgangen til eneveldig arvekongedømme: “Clamat ut Hæredem patrii te DANIA Regni,/ NORVEGICUS pariter jam tibi cœtus ait.” ('Liksom Danmark utroper deg til arving til din fars kongerike, sier det norske samfunn nå det samme.') Diktet er adressert til arveprins Christian (den senere kong Christian 5), som møtte ved hyllingen i farens sted.
Trugels Nielssøn giftet seg 1619 i Roskilde med Barbara Kraft, datter av Hans Kraft, rektor i København. De fikk 8 barn. Som 60-årig enkemann giftet han seg med Anna Buntzow. Flere av hans sønner ble prester – Niels i Fredrikstad, Thomas i Nannestad og Christopher i Hedrum.