Stener Johannes Stenersen var en av de to første teologiske lærerne ved det nyopprettede universitetet i Christiania. Sammen med kollegaen S. B. Hersleb bidrog han til å forme en ny prestegenerasjon med utdannelse i Norge.
Stenersen vokste opp på slektsgården Mo på Jevnaker. Etter privatundervisning hjemme gikk han på katedralskolen i Christiania fra 1802 og ble dimittert derfra 1807, men på grunn av krigen kom han først året etter til København, der han tok examen artium ved universitetet 1808 og teologisk embetseksamen 1811. 1812 ble han kateket ved Vår Frelsers kirke i Christiania og hadde samtidig en timelærerstilling ved sin gamle skole og var dessuten huslærer hos en velstående familie.
I merkeåret 1814, året etter at Det Kongelige Frederiks Universitet i Christiania hadde åpnet, ble Stenersen, ennå bare 25 år gammel, utnevnt til lektor i teologi, og fra 1818 var han professor. Stenersen og hans eldre kollega Svend Borchmann Hersleb, som var ansatt året før, var gjennom de neste 20 år de eneste lærerne ved Det teologiske fakultet. Stenersen underviste i kirkehistorie og nytestamentlig eksegese, som han oppfattet som sitt sentrale fagområde.
I likhet med Hersleb var Stenersen influert av N. F. S. Grundtvig og hans oppgjør med den rasjonalistiske teologien. Stenersens utvikling gikk i retning av biblisisme og luthersk konfesjonalisme. Dermed var han med på å gi de norske teologene en annen teologisk profil enn de med utdanning fra Københavns universitet, hvor rasjonalismen var den rådende retning. Stenersen brevvekslet med Grundtvig og besøkte ham også i København. Men da Grundtvig 1825 lanserte sin “mageløse Opdagelse”, dvs. at han satte den apostoliske trosbekjennelsen over Skriften, hadde Stenersen på grunn av sitt biblisistiske standpunkt vanskelig for å følge ham.
Fra høsten 1817 holdt Stenersen godt besøkte forelesninger om reformasjonshistorien i katedralskolens store sal. Forelesningene ble senere utgitt i bokform med tittelen Udsigt over den Lutherske Reformation. Han utgav også tobindsverket Den christne Kirkes Historie i Udtog, fulgt av Hans Nielsen Hauges Liv, Virksomhed, Lære og Skrifter, som regnes som Stenersens mest selvstendige kirkehistoriske arbeid. Dette var også den aller første Hauge-biografi. Selv om Stenersen hadde mye godt å si om Hauge, måtte han på flere punkter ta avstand fra ham, ikke minst gjaldt det legmannsforkynnelsen: Hauge var ikke rettelig kalt, og kunne derfor heller ikke forkynne offentlig; denne oppgaven var forbeholdt prestene. Stenersen gav også ut en lærebok i religion for de lærde skoler, og fire bind med forelesninger over Paulus-brevene på latin, samt en kommentar til Jakobs brev på dansk.
En av årsakene til Stenersens flittige produksjon var hensynet til studentene. På grunn av dårlig helse måtte han tidlig redusere omfanget av sine forelesninger, og ved i stedet å få forelesningene trykt ville han gi studentene en håndsrekning. Stenersen var ellers kjent som en dyktig og engasjert foreleser, med gode pedagogiske evner. Han var opptatt av studentenes materielle kår og mente at økonomiske årsaker ikke skulle hindre noen i å få seg akademisk utdannelse. I skriftet Universitetsaarene, betragtede som den vordende Embedsmands Dannelsesperiode tok han til orde for at det måtte gis stipend til studenter med dårlig økonomi.
Stenersen var styremedlem i Det norske Bibelselskap fra opprettelsen 1816. Fra 1818 var han tre ganger medlem av Det akademiske Kollegium. 1832 ble han utnevnt til ridder av den svenske Nordstjärneorden.