Magnar Mikkelsens mangfoldige forfatterskap bærer preg av hans oppvektsår og utviklingen i etterkrigstidens Finnmark med hard utnytting og kolonisering av natur og mennesker. Hans engasjement strekker seg også til internasjonale spørsmål og analyser av samtiden.
Mikkelsen vokste opp i Veidnes ved Laksefjorden som eldst i en søskenflokk på 11. Etter endt skolegang (folkeskole og fireårig landsgymnas) arbeidet han som journalist 1960–71 i Sunnmørsposten, Bergens Arbeiderblad, Finnmark Dagblad, Lofotposten og ved NRKs distriktskontor i Finnmark. 1974–86 arbeidet han dessuten som småbruker.
Forfatterdebuten skjedde 1966 med romanen Ved det siste fjell, der han skildrer opplevelsene under brenningen og evakueringen av Finnmark 1944. Hans neste bok, Fuglen og evigheten, er en samling frodige fortellinger med bakgrunn i nordnorsk natur og virkelighet.
Utover i 1970-årene skapte Mikkelsen debatt, først med boken Masi, Norge. I denne avslører han spillet for å få demmet ned store deler av Alta-Kautokeinovassdraget og planene om å legge samebygda Masi under vann. I Elva skal leve, med foto av Helge Sunde, gjennomgår han 10 års aktiv kamp mot det mest omstridte naturverninngrepet i det moderne Norge. I skuespillet Agentene drøfter Mikkelsen på en kritisk måte utviklingen og moralen i pressen. 1974 utgav han den samfunnsengasjerte og aktuelle romanen Svart hav, om det kapitalistiske rovfisket. Boken skapte debatt, og seks år senere ble den filmatisert. Den har fått sørgelig aktualitet etter hvert som havområder utenfor Finnmark er utpint og lokalsamfunn fraflyttet.
I Hundre år under pisken gav forfatteren stemme til samer som systematisk hadde opplevd fornorskning og overgrep til tross for at de deltok i oppbyggingen av landsdelen. Mikkelsen har også gitt ut fiksjonsverk som Det store diktet om sauen og Fabel fra fiskernes liv.
1972 var Mikkelsen en av initiativtakerne til Nordnorsk Forfatterlag. Mange interesser førte ham ut på den internasjonale arena. 1977–78 oppholdt han seg i London for å studere scenekunst og film. Bredden i engasjement kommer også til uttrykk ved at han skrev librettoen til John Persens opera Under kors og krone. Boken Transit. Fra en reise som aldri tok slutt, som kom 1986 med foto av forfatteren, skildrer møter med ulike kulturer og mennesker.
1986 drog Mikkelsen med et helseteam til det indre av Afghanistan. Herfra skildrer han i En soldat kom naken hjem den sovjetiske okkupasjonen av landet, men også sine egne vansker med å få gitt ut boken på et norsk forlag. Den ble 1989 gitt ut på det samiske forlaget Davvi Media og fikk senere ny aktualitet med krigen og bombingen av Afghanistan.
I tillegg til sin egen forfattervirksomhet har Mikkelsen vært redaktør for flere antologier sammen med Kari Pålsrud. Boken Kautokeino-dokumentene, utgitt på forfatterens eget forlag Albatross, legger frem 177 arkivsaker fra prosessen mot 48 flyttsamer fra Kautokeino i 1850-årene (se Aslak Hætta). Den er et grunndokument om en diskutabel rettsprosess. Av øvrige arbeider kan nevnes tidsskriftet Albatross, redigert og utgitt i seks numre 1989–91. Mikkelsen har de senere årene arbeidet med film; i 2003 laget han kortfilmen Sjarken og støa.
Mikkelsen har skrevet en rekke essays og vært en flittig debattant. 1999–2002 har han under vignetten Synlig fra Veidnes skrevet 162 tekster i Klassekampen. Litteraturforskeren Finn Stenstad karakteriserer Mikkelsen slik: “Engasjert, en mann med sine meningers mot, en litterær frodighet som i særlig grad kan nå høyder når han lar det lyriske få spille ut.”