Geistlig, reindriftskyndig og historiker. Foreldre: Premierløytnant, senere generalmajor og direktør i Norges geografiske Oppmåling Per Schjelderup Nissen (1844–1930; se NBL1, bd. 10) og Henriette Andrea Prebensen (1853–1932). Gift 6.2.1904 i Kristiania med Inga Birch-Reichenwald (27.6.1880–13.7.1974), datter av borgermester Peter Birch-Reichenwald (1843–98) og Alette Marie Christensen (1849–1926). Sønnesønn av Hartvig Nissen (1815–74); brorsønn av Henrik Nissen (1848–1915); søstersønn av Nicolai Prebensen (1850–1938); bror av Hartvig Nissen (1874–1945).

Kristian Nissen var prest i hele sitt yrkesaktive liv, med et avbrudd på 14 år, da han innehadde stillingen som statens reindriftsinspektør. Han drev også omfattende undersøkelser av nordnorsk og samisk historie og kultur, og han gav viktige bidrag til kunnskapen om eldre norsk kartografi.

Nissen vokste opp i Kristiania og tok examen artium ved Kristiania katedralskole 1897. Deretter studerte han teologi og språk, ble cand.theol. 1902 og tok eksamen i kvensk (finsk) 1900 og i lappisk (samisk) 1901. Etter praktisk-teologisk eksamen 1903 ble han året etter utnevnt til sogneprest i Karasjok, en stilling han hadde til 1913.

I Karasjok hadde Nissen også flere kommunale verv, bl.a. som medlem av herredsstyret (ordfører 1908–10) og formann i skolestyret 1904–11. Han deltok i stiftelsen av Karasjok landbruksforening og var dens formann 1905–11. Den samiske forfatteren Matti Aikio skrev etter et besøk i hjembygden: “Karasjokingerne kan aldrig bli lei av at lovprise sin sogneprest. Dhah Nissen, dhah generale bardne, han generalens søn, det er ham, som har lært dem alting, naar jeg komplimenterer dem med en eller anden fremgang. Og naar man har erfaret, hvad den meget unge og virkelystne prest allerede har utrettet, særlig paa jordbrukets omraade, saa vilde man ønske, at der var flere av den art embetsmænd i vort land, særlig her nordpaa.”

Nissen skaffet seg raskt omfattende kunnskaper om samiske forhold og fikk derfor også flere offentlige oppdrag. Disse gjorde det nødvendig for ham å søke en mer geografisk sentral posisjon for å unngå tidkrevende reiser til og fra bygda inne på Finnmarksvidda. Han hadde skaffet seg betydelig innsikt i reindriftens problemer og ble 1909 oppnevnt som norsk medlem av den norsk-svenske reinbeitekommisjonen, som skulle undersøke reinbeiteforholdene i de nordligste svenske sameområder. 1912 tiltrådte han en nyopprettet stilling som inspektør for reindriften, med bopel og kontor i Kristiania. I de 14 årene som reindriftsinspektør gjorde han i kortere perioder prestetjeneste i samedistrikter i Finnmark. 1913–19 fungerte han som sekretær for den norske delegasjon ved reinbeiteforhandlingene med Sverige og 1920–21 som norsk sekretær ved de norsk-finske reinbeiteforhandlinger.

Nissen ble utnevnt til domprost i Tromsø 1925, men tiltrådte først året etter. Han ble i Tromsø i 10 år, inntil han 1936 ble utnevnt til sogneprest i Lier, en stilling han innehadde til han gikk av med pensjon 1949. Som pensjonist virket han fra 1951 som tilsynsmann for Fridtjof Nansens hjem Polhøgda i Bærum.

Kristian Nissen var mye benyttet i organisasjoner og foreningslivet. Han var bl.a. aktiv i samemisjonen, santalmisjonen og sjømannsmisjonen, varamedlem i styret i Det norske geografiske selskap 1922–26 og medlem av direksjonen for Den Norske Turistforening (DNT) 1921–26. Han deltok i Oslo Sámi Searvi (Samisk Selskap) fra stiftelsen 1948 og i 1950-årene i forarbeidet til en nordisk sameorganisasjon. Han var en aktiv talsmann for reindriften under reindriftsamenes landsmøte i Karasjok 1951 og deltok i stiftelsen av Nordisk Sameråd i Karasjok 1956. Han var også en mye benyttet foredragsholder, og han var medarbeider i 1. utgave av Norsk biografisk leksikon.

Nissen leverte en rekke kronikker og bokanmeldelser i pressen, spesielt vedrørende nordnorske og samiske forhold. Flere av hans artikler i årbøker og tidsskrifter har form av avhandlinger av utvilsom vitenskapelig verdi. Hans skriftlige produksjon vitner om allsidighet, trang etter å kjenne alle detaljer og en grundighet som kunne hindre ham i å nå frem til de store resultater. Han samlet et stort materiale innen geografi og kartografi og arbeidet med å gjøre dette tilgjengelig for andre helt opp til sin død.

Nissen var medlem av Det Norske Videnskaps-Akademi fra 1941 og av flere utenlandske vitenskapelige selskaper. Han var knyttet til Institutt for sammenlignende kulturforskning fra 1924. Nissen ble utnevnt til ridder av 1. klasse av St. Olavs Orden 1953 og var kommandør av Dannebrogordenen, de svenske Nordstjärneorden og Vasaorden og ridder av Finlands Vita Ros. Han mottok Framkomiteens Nansenbelønning 1964.

    Et utvalg

  • Fra Finmarken, i DNT Aarbog 1909
  • Praktisk-videnskabelige undersøkelser angaaende renlavens vekst, i Tidsskrift for det norske landbrug, februar 1916
  • Lapper og ren i Norge, særtrykk av Det norske geografiske selskabs aarbok 1914–16, 1916
  • Problemer og muligheter i Skandinaviens nordligste egne, i Nordens Aarbok, Stockholm 1920, s. 171–189
  • Lapponian Lichen names, tillegg til B. Lynge: Studies on the Lichen flora of Norway, VSK Skr. I 1921 nr. 7, 1921
  • Bidrag til Finmarkens kirkehistorie. I. Biskop Peder Krogs beretning til kongen 26. mars 1709 om visitasreisen i Finmarken 1708, i Norvegia Sacra 1922, s. 114–125
  • Renslagtningen og arbeidet med dens humanisering, særtrykk av Norsk veterinærtidsskrift, 1924
  • Skogfinnene i Nordmarken, i DNT Årbok 1924, s. 21–38
  • Amtmann i Finnmark Hans Hanssen Lilienskiolds litterære arbeider, DKNVS Skr. 1936 nr. 6, Trondheim 1937
  • Bureus-kartet av 1626 i Videnskapsselskapets bibliotek, i DKNVS Forh. 1937, Trondheim 1937, s. 93–96
  • Nordenskartet fra 1532 som blev Europas første kilde til kunnskap om de næsten ukjente land mot nord, i Mgbl. nr. 291 og 293/1941
  • Lars Levi Læstadius. Naturforsker eller prest?, særtrykk av Norsk teologisk tidsskrift 1944
  • utg. bd. 1 av Major Peter Schnitlers grenseeksaminasjonsprotokoller 1742–1745 (sm.m. I. Kvamen), 1962
  • Samekvinner som reingjetere, i DNT Årbok 1963
  • Stud. 1897, 1922
  • O. Kolsrud: biografi i NBL1, bd. 10, 1949
  • HEH 1964
  • P. W. Bøckman: nekrolog i Årbok for den Norske Kirke 1968/69, 1969, s. 186–188