Johannes Ylvisaker var en av de mest betydelige teologer i norskamerikansk lutherdom frem til kirkesammenslutningen 1917.
Ylvisaker vokste opp i et bondesamfunn under sterk innflytelse fra haugianismen. Gudsfrykt og arbeid var idealet fra barndommen av. Etter at han var konfirmert, arbeidet han tre år i Lærdal. Han begynte på lærerseminaret på Stord 1866, og to år senere ble han lærer og kirkesanger i hjembygda. Da moren døde 1871, bestemte han seg for å emigrere til USA sammen med to søstre. Hans 16 år gamle kjæreste Kristi Flugum ble igjen i Sogn, og de så ikke hverandre igjen før seks år senere, da Ylvisaker var ferdig med sin amerikanske utdanning. De giftet seg i Minnesota og fikk etter hvert 10 barn.
I USA fikk Ylvisaker mulighet til teologisk utdannelse. Etter bare få dager i Midtvesten begynte han på Luther College for å forberede seg på teologiske studier, sikkert inspirert av sin mye eldre bror Nils, som var prest i Minnesota. 1879 ble Johannes Ylvisaker professor i nytestamentlige studier på Luther Seminary, først (til 1888) i Madison, Wisconsin, senere i St. Paul, Minnesota. Han var nå 34 år gammel og hadde gjort unna college i Iowa og presteutdanning i St. Louis, Missouri på seks år. Han hadde også i to år arbeidet som prest etter broren ved Zumbrota, Minnesota. Ylvisaker var professor ved Luther Seminary til sin død 1917 og foreleste hele tiden på norsk.
1881–82 hadde Ylvisaker studieopphold i Europa, ved universitetene i Kristiania og Leipzig, mens kona og deres to barn bodde i Sogndal. I dette studieåret la han grunnlaget for det som skulle bli hans hovedverk, De fire evangelier. Verket bygger også på forelesninger han holdt på Luther Seminary. Selv om hans lesemåte nå er foreldet, viser verket hvor sprenglærd Ylvisaker var. For ham gjaldt det å få frem en underliggende harmoni mellom de fire evangeliene. Ikke i sin villeste fantasi kunne han forestille seg at det kunne være motsigelser i teksten. Han var også overbevist om at ved å sammenstille evangelietekstene ville leseren kunne finne frem til det han kalte “en evangelisk kronologi” i Jesu liv fra fødsel til oppstandelse. Der kronologien ble vanskelig, la Ylvisaker inn en forklaring, som for eksempel at Jesus mellom kapittel fem og seks i Johannesevangeliet må ha forflyttet seg fra Jerusalem og til Gennesaretsjøen, for ellers ville uttrykket om at Jesus drog over til den andre siden av sjøen være like dumt “som at sige, at en mand drog fra New Orleans over Michigansjøen”.
I den såkalte nådevalgsstriden i den gamle norske synoden i 1880-årene stod Ylvisaker klart på den ortodokse fløyen. I ettertid kan en spørre hvordan han med sin solide haugianske bakgrunn og sans for omvendelse kom til å stå så fast i språket fra luthersk ortodoksi. Men for ham var dette en strid om et luthersk menneskesyn, der han ikke hadde noe annet å holde seg til enn “nåden” og en derav følgende skepsis til menneskets frie vilje. Av motstanderne ble Ylvisaker og hans tilhengere beskyldt for å være “kryptokalvinister”.
Ylvisaker var lite begeistret for det han oppfattet som “moderne” teologi, og han tok avstand fra Adolf Harnacks fremstilling av “Kristendommens Væsen”. Han mente også at prekenen ikke måtte bli et moderne foredrag, men være en tekstutleggelse til trøst i den “daglige Strid”. I sin åpningstale til Lutheran Ladies' Seminary i Red Wing 1895 argumenterte han mot datidens kvinnesak, men omtalte kvinnen som “Guds Skabnings ædle Slutsten, som det sidste fine Penselstrøg i hans majestætiske Verdensmaleri”.
1906 reiste Ylvisaker til Egypt og Jerusalem. Der var det så varmt at “vi maatte bruge paraply for at beskytte os mot solvarmen, naar vi spadserede eller red paa vore asener”. Om han red inn i Jerusalem på den måten, skal være usagt, men han skrev: “Da jeg kom saalangt, at jeg fik øie paa byen, kunde jeg ikke holde taarene tilbage, og den første nat var det mig umuligt at sove.”
Johannes Ylvisaker var medredaktør av Evangelisk Luthersk Kirketidende 1889–93. Han ble æresdoktor i teologi ved Concordia Seminary i St. Louis 1904 og ble utnevnt til kommandør av St. Olavs Orden 1912.