Johannes Hygen ble utdannet som prest i den spenningsfylte overgangstiden omkring 1900, da tradisjonelle kirkelige og teologiske posisjoner ble utfordret fra nye åndsstrømninger med radikale standpunkter fra bibelforskning og samfunnskritikk. Gjennom en lang prestetjeneste, i det vesentlige knyttet til hovedstaden, gjennomlevet han to verdenskriger og sterke kirkelige brytninger, uten å endre vesentlig på sine standpunkter som en formidlingsteolog med forankring i kirkens tro og med åpenhet for nye tanker i tiden.
Hygen tok examen artium ved Aars og Voss' skole i Kristiania 1894 og begynte på det teologiske studium ved universitetet der 1895. Han tok teologisk embetseksamen 1901 og praktisk-teologisk eksamen året etter. 1902–04 tjenestegjorde han som personellkapellan i Ringebu. 1904–05 studerte han i Berlin, med særlig interesse for systematisk teologi og religionsfilosofi. Under den spente situasjonen omkring unionsoppløsningen gjorde han tjeneste som feltprest på Gardermoen, hvoretter han bestyrte Tønsberg sognekall for Christoffer Knudsen mens denne var kirkestatsråd i Michelsens regjering (1905–06).
Høsten 1906 ble Hygen hjelpeprest i Frogner menighet i Kristiania, hvor han fikk en lang og inspirerende tjenestetid sammen med Thorvald Klaveness, som var en av samtidens mest kjente predikanter. 1917 ble stillingen omgjort til residerende kapellani, og 1927 ble Hygen utnevnt til sogneprest i samme menighet. Da han 1935 ble utnevnt til domprost i Oslo, hadde han således nærmere 30 års tjeneste bak seg i Frogner og var en sentral skikkelse i byens presteskap.
Da Eivind Berggrav ble internert etter biskopenes embetsnedleggelse i påsken 1942, trådte Hygen inn i Den Midlertidige Kirkeledelse, inntil han selv ble forvist i oktober samme år. Hygen fikk avskjed fra domprostembetet ved oppnådd aldersgrense 1946. Samme år ble han utnevnt til kommandør av St. Olavs Orden.
Ved siden av sin ordinære prestetjeneste hadde Hygen et særlig engasjement i sosiale tiltak for vanskeligstilte grupper i samfunnet. I Frogner-tiden var han aktiv i oppbyggingen av to aldershjem, en barnehage og et menighetshus. Han var formann i “Argus”-komiteen, som i Aftenpostens regi samlet penger til hjelp for fattige, og hadde et års tid permisjon fra prestestillingen for som sekretær for “Selvhjelpskomiteen” å organisere sosialt hjelpearbeid av forskjellig slag. Han var også en tid formann i Norsk Socialt Forbund og norsk leder av de nordiske komiteer for filantropisk samarbeid i Norden. Som domprost var han også formann i styret for Oslo Småkirkeforening.
Hygens teologiske grunnsyn kan avleses av den prekensamlingen han utgav 1946, Den faste grunn. Her viser han seg som en klar og tankevekkende forkynner, med veldisponerte prekener med evangelisk substans, som både taler til det vanlige kirkefolk og mennesker fra samfunnets ledersjikt, i en personlig og utfordrende tone.