Dansk-norsk geistleg. Foreldre: Kirurg Johan Franciscus Gottlieb Schønheyder (1701–77) og Mette Mossin (1713–66). Gift 1) 21.2.1772 i København med Charlotta Reinholdina von Jessen (15.9.1750–28.4.1784), dotter til kanselliråd, seinare etatsråd Johan Frederik Wilhelm von Jessen (1709–68) og Ulrikke Antonetta Nissen (adoptert Bøhne) (1716–88); 2) 9.5.1785 i Hvidbjerg, Jylland med Joachime Cathrine Bentzon (3.6.1757–9.2.1836), dotter til sokneprest Lauritz Kjerulf Bentzon (1720–59) og Johanne Marie de Poulson (1725–93). Farfar til Lorentz Wittrup Schønheyer (1807–90; sjå NBL1, bd. 13); farfars farfar til Kristian Gottlieb Fredrik Schønheyder (1874–1953).

Johan Christian Schønheyder var den siste biskopen i det udelte Trondhjems stift som til 1803 omfatta heile Noreg nord for Dovre. Han arbeidde sterkt for skulevesenet og folkeopplysing og støtta arbeidet for eit norsk universitet. Teologisk var han konservativ og motarbeidde m.a. Hans Nielsen Hauge.

Schønheyder vart privat undervist og dimittert til universitetet 14 år gammal. Han tok teologisk embetseksamen med laud 1760, 17 1/2 år gammal. 1760–65 var han dekan ved Kommunitetet og studerte m.a. språk og musikk. Han hadde ein stipendiereise 1765–68 til tyske universitet, m.a. Leipzig og Göttingen, der han studerte under opplysingsteologane Ernesti og Michaëlis, som kom til å forme teologisynet hans. 1768 vart han heimkalla og ordinert, deretter kalla til tysk reiseprest for Christian 7 på den store utanlandsreisa 1768 til Tyskland, Belgia, Holland, Storbritannia og Frankrike.

Schønheyder gjorde deretter rask karriere. Han var kapellan i Rendsborg ei kort periode, vart utnemnd til slottsprest på Christiansborg 1769 og frå 1771 sokneprest ved Trinitatis kyrkje i København. 1774 vart han dr.theol. på ei avhandling om gammaltestamentleg eksegese, og frå 1782 var han sokneprest ved Vor Frue kyrkje i København og stiftsprost over Sjælland, den fremste prestestillinga i Danmark. 1788 vart han utnemnd til biskop i Trondheim.

Schønheyder gjennomførte i alt 18 visitasreiser i stiftet på til saman 1277 norske mil, kom til Finnmark 1790, 1796 og 1800, og han var 1796 den første biskop som visiterte i Kautokeino. Han var ein nidkjær visitator og var særleg oppteken av kunnskapen til ungdomen. Lærarane var ofte dårleg utdanna og hadde lite kunnskap med låg løn og låg prestisje. Alt 1789 foreslo Schønheyder å opprette eit lærarseminarium i Trondheim, som det første i riket.

Etter framlegg frå Schønheyder vart det 1790 innført bygdekommisjonar i Trondhjems stift. Desse kommisjonane skulle ha tilsyn med fattig- og skulevesenet i kvart prestegjeld og bestod av presten, handelsmann, proprietær, prestens medhjelparar og bygdelensmannen. Tiltaket førte til at dette arbeidsfeltet fekk større prestisje og vart den første kimen til lokalt sjølvstyre. Slike kommisjonar vart etter kvart også innførte i andre delar av landet.

Schønheyder var sterkt pedagogisk interessert og utarbeidde nye forklaringar til Luthers katekisme og ei handbok i kristendom til bruk i dei høgare skulane. Han klarte til slutt å opprette eit lærarseminarium i Trondheim, som kom i drift i Waisenhuset 1802. Biskopen underviste sjølv i botanikk og bruk av planter til matlaging og medisin. Seminariet vart nedlagt året etter at Schønheyder døde.

I spørsmålet om undervising av samane støtta Schønheyder det offisielle synet at samane burde lære norsk og integrerast i det norske samfunnet. Han arbeidde for bygging av faste skular også i dei samiske områda og ville bruke Misjonkollegiets inntekter til dette. Kollegiet måtte frå 1802 legge ned arbeidet sitt i Trondhjems stift.

1799 prøvde Schønheyder å legge ned forbod mot forkynninga til Hans Nielsen Hauge, noko som førte til varetekt og tukthus i Trondheim for Hauge. 1802 sende biskopen eit sirkulære til prestane i Nordland og Finnmark, der han advarte mot Hauges verksemd.

Johan Christian Schønheyder var medlem i Det Kongelige Norske Videnskabers Selskab frå 1783 og visepreses frå 1791 til sin død.

    Eit utval

  • Underviisninger i Christendommen, 2 bd., København 1774–78
  • D. Martin Luthers liden Kathekismus i en nye Udgave med Læseøvelser til Hovedstykkernes Forklaring og Sentenzer af den hellige Skrift, København 1783
  • Haandbog til Christendoms Studering, Trondheim 1798
  • Omfattande verkliste i Ehrencron-Müller, bd. 7, 1929, s. 299–302
  • H. J. Wille: Samling af Minde-Taler, holdne i Det kgl. Norske Videnskabers Selskab,, København 1805, s. 321–360
  • Ehrencron-Müller, bd. 7, 1929
  • K. Nissen: biografi i NBL1, bd. 13, 1958
  • B. Kornerup: biografi i DBL3, bd. 13, København 1983
  • T. Lysaker: Nidaros erkebispestol og bispesete, bd. 2, Trondheim 1987, s. 380–410
  • Måleri antakeleg av Elias Meyer, Trondheim, 1790-åra; p.e.; kopi, utført av Sigurd Swane, 1913, i bispegalleriet i Nidarosdomen, Trondheim