Joakim Ihlen ledet Strømmens Værksted sammen med broren Alf i nærmere 50 år. I tillegg hadde han en rekke styreverv i næringslivet.
Ihlen vokste opp på Strømmen, der bestefaren hadde grunnlagt Strømmens Værksted, som også faren senere ledet. Joakim tok realartium på Frogner gymnas 1918 og reiste deretter til University of Wisconsin, der han tok sin ingeniørutdannelse. Han var ferdig maskiningeniør 1921 og reiste så til Tyskland og Frankrike og tok en merkantil utdannelse. Den første stillingen i arbeidslivet var i et tysk stålfirma. Allerede 1922 reiste han hjem og begynte i familiebedriften, og 1924 ble han sammen med sin bror Alf direktør for bedriften.
Joakim Ihlen fikk tidlig interesse for biler og var også pådriver for å omstille bedriften til kjøretøyproduksjon. Mens Alf tok mest ansvar for produksjonen, var det Joakim som tok seg av salget. De to brødrene var nesten jevngamle, men de var svært forskjellige som personer. I den daglige driften utfylte de hverandre godt. Likevel var det nok en svakhet at de ikke overlot driften til andre.
Under den annen verdenskrig ble det satset mye på at Strømmens Værksted ikke skulle drive arbeid for tyskerne, og dette lyktes. Joakim Ihlen ble arrestert 1944, men ble sluppet ut etter en tid. Gjennom krigens siste måneder valgte han imidlertid å oppholde seg i Sverige, der han også etter krigen bodde mye.
Etter den annen verdenskrig fikk Joakim Ihlen ansvaret for produksjonen av jernbanemateriell. Han var også den som gjorde det praktiske arbeidet når det gjaldt Strømmens Værksteds oppkjøp av konkurrentene Skabo Jernbanevognfabrik 1959 og Hønefoss Karosseriverksted (Høka) 1969. 1969 ble Strømmens Værksted delt i Strømmen Stål og Strømmens Værksted, og Joakim fortsatte som direktør for Strømmens Værksted til 1972, da han pensjonerte seg etter 50 års virke. Etter 1973 hadde Ihlen-familien ikke lenger noen eierinteresser i det tradisjonsrike familieselskapet.
Joakim Ihlen fikk etter hvert mange styreverv og var blant annet styremedlem i Statsøkonomisk forening, AS Autoindustri, Dalen Portland Cementfabrikk, Norcem, SAS, Årdal og Sunndal verk, Den norske Industribank og Norges Industriforbund og styreformann i Den Norske Amerikalinje (NAL).
Ihlen engasjerte seg i Oslo Venstre og regnet seg selv for å være en liberal venstremann. Han var en innbitt motstander av nordisk tollunion og skrev mange artikler og en bok, Næringsliv og tollpolitikk (1957), om dette temaet. Sammen med vennen Bertil Kugelberg skrev han 1945 boken Frendefolk, om forholdet mellom Sverige og Norge 1940–45. Han ivret for prinsippet om “overskuddsdeling”, det vil si at også de ansatte fikk sin del dersom en bedrift gikk godt. Dette var en tanke han aldri klarte å gjennomføre i praksis.
Joakim Ihlen ble 1952 utnevnt til ridder av 1. klasse av St. Olavs Orden, og var også ridder av den svenske Vasaorden.