Jens Dunker var slottsforvalter ved Det Kongelige Slott i Oslo fra 1938 til 1962, med avbrudd 1942–45, da han var avsatt av Nasjonal Samling. På Slottet og som lærer ved Statens Arkitektkurs i Oslo fikk han vist sine egenskaper som kunsthistoriker. Som arkitekt står han bak arbeider i forfinet klassisisme, etter hånden utviklet til ren funksjonalisme.
Jens Dunker ble utdannet ved Den kongelige Tegneskole 1910–11 og fullførte sin utdannelse til arkitekt ved Technische Hochschule i Dresden 1911–14. Etter eksamen var han ansatt som assistent ved arkitektkontorer i Kristiania, bl.a. hos Morgenstierne & Eide, Arnstein Arneberg og Harald Hals. 1919 opprettet han egen arkitektpraksis. Hans gjennombrudd som arkitekt kom samme år med 1. premie i arkitektkonkurransen om Det Nye Teater (i dag Oslo Nye Teater), som han vant sammen med Gudolf Blakstad. Det nyklassisistiske prosjektet var planlagt for Uranienborgveien 11, men ble reist i Rosenkrantz gate (1929). Teateret er et av Oslos første funksjonalistiske byggverk, men symmetrien i fasaden og enkelte detaljer bærer ennå med seg klassisismen.
Dunkers interessere for møbler, innredningsarkitektur og utstillinger ledet til hans arbeid med brukskunst. Hans møbler fra 1920-årene er skapt innenfor det klassisistiske formspråket. Han var sekretær for Foreningen Brukskunst 1921 og deltok der i arbeidet med flere utstillinger.
I Oslo er Dunker arkitekt for boliger oppført i karakteristisk funksjonalisme: villaen Uranienborg terrasse 1 og rekkehusene Gange-Rolvs gate 2 og Nobels gate 1, alle fra 1932 – rekkehusene sammen med Nicolai Beer. Han var også arkitekt for en rekke leiegårder i Oslo-området; Myrahagen på Bjølsen og Niels Juels gate 15 (begge 1934) fremviser også sikker funksjonalisme, utført i ubehandlet tegl. Begge anlegg ble tegnet i samarbeid med Georg Rohde.
Restaureringsarbeider kom til å bli en vesentlig del av Dunkers virksomhet, og sentralt står arbeider i interiørene på Slottet. I 1945–49 utførte Dunker restaureringsarbeider i Fåvang kirke sammen med Finn Krafft, dessuten i Hvaler kirke 1951–52 og på Oscarshall på Bygdøy i Oslo i 1950-årene.
Dunker var aktivt med i arkitektenes organisasjoner, som styremedlem og viseformann i Oslo Arkitektforening og som visepresident i Norske Arkitekters Landsforbund gjennom flere perioder. Han var også en meget god bidragsyter til tidsskriftet Byggekunst.
Dunker var en dyktig tegner. En samling fine pennetegninger, i hovedsak med arkitekturmotiver fra mange Italia-reiser, befinner seg i Norsk Arkitekturmuseum.