Jens Colstrups ettermæle er særlig knyttet til hans etterretningsvirksomhet som prest i dansk-norsk tjeneste i Bohuslän, men han gjorde også en betydelig innsats som sogneprest i Nes på Romerike i mer enn 40 år.
Colstrups farsslekt var dansk, sannsynligvis fra en av de mange Kjølstrup-gårdene på Jylland. Jens var født og oppvokst i det norske Båhuslen, men ble svensk som 12-åring da området ved Roskildefreden 1658 ble avstått til Sverige. Sin tidligste skolegang hadde han i Konghelle fra 1651, men familien flyttet til Marstrand, og etter to års skolegang der gikk han på latinskolen i Helsingør fra 1660 til han ble dimittert til universitetet i København 1665. Som nyinnskreven student drog han på en studiereise til tyske universiteter i halvannet år, før han reiste til Sverige, der han ble underordnet hoffpredikant i Stockholm 1667.
1669 fikk Colstrup stillingen som kapellan i Uddevalla ved å gifte seg med enken etter den forrige kapellanen, som dessuten var datter av sognepresten. Svigerfaren søkte om å få Colstrup som etterfølger i kallet, og det skjedde året etter. Som sogneprest i Bohusläns største by ble han valgt av sine embetsbrødre til å representere dem i den svenske stenderriksdagen 1672.
Krigene mellom Sverige og Danmark-Norge, og de nye grensene som ble trukket 1658 og 1660, skapte spenning og uro. Flere embetsmenn og offiserer hadde reist fra Bohuslän til Norge etter freden i København 1660, og andre som ble i området ønsket gjenerobring. Under krigen med Sverige 1676, den såkalte skånske feide eller Gyldenløvefeiden (etter stattholder U. F. Gyldenløve, som ledet felttoget), ble de norske og danske troppene flere steder mottatt som befriere i Bohuslän og Skåne. Da Gyldenløve etter ni dagers fremrykning i Bohuslän stod ved Uddevalla, ble han tatt godt imot i Jens Colstrups hus. Colstrup var en god informant, og han hadde mange informanter med opplysninger som var til god hjelp for felttoget.
Gyldenløve tok Jens Colstrup med seg som feltprost og kabinettspredikant, og familien forlot alt de eide i Bohuslän. Allerede i november 1676 fikk Colstrup kongebrev på en årlig pensjon på 300 riksdaler som belønning for tro tjeneste, og samtidig ble stattholderen pålagt å skaffe ham et prestekall så snart et passende ble ledig. En drøy måned senere fikk han kallsbrev som sogneprest i Nes på Øvre Romerike. Men Colstrup fortsatte en tid som prest i armeen, og han ble vitne til at svenskene ble drevet på flukt ved Uddevalla 29. juli 1677.
Han deltok ikke i krigens siste år 1678–79, men mer enn 30 år senere, under Store nordiske krig, deltok han igjen som feltprest i hæren som rykket inn i Bohuslän 1711. Den 65 år gamle, men ivrige feltpresten gjorde sterkt inntrykk på sin samtid, og ryktet om ham nådde Karl 12, som skal ha sendt et streifparti til Nes for å fange Colstrup. Han var ikke med i det andre norske felttoget mot Bohuslän 1719, men drev fortsatt etterretningsarbeid og skrev tallrike rapporter i krigsårene.
Som sogneprest i Nes var Colstrup en foregangsmann. Han engasjerte seg i skolearbeid, lønnet selv lærere og skrev også en forklaring til katekismen, men den ble aldri trykt. Han organiserte bygdevektertjenesten i Nes, ansatte jordmødre og opprettet et brannforsikringsselskap i bygda. Han var en praktisk og initiativrik prest, og ble valgt til prost av sine kolleger på Romerike.
Også i Nes fikk Jens Colstrup krigens realiteter på nært hold. Under Gyldenløvefeiden ble prestegården revet til fordel for en ny skanse, og Colstrup måtte bygge en ny prestegård. Men 1689 brant den nye prestegården ned til grunnen, og Colstrups annen hustru og fire av deres barn omkom i brannen. Colstrup bygde opp igjen prestegården på det opprinnelige stedet, og her døde han 1720. Han ble etterfulgt som sogneprest av sin eldste sønn Jonas Colstrup; også flere andre av hans i alt 16 barn ble prester.