Halfdan Endresen leia misjonarbeidet for Det Norske Misjonsselskap i Kamerun i meir enn 30 år, og gjorde ein stor innsats i kampen mot slaveriet i Afrika.
Endresen gjekk på Postskolen i Bergen 1913–14 og arbeidde ei tid som postfunksjonær. Han fekk tidleg kall til misjonen, og søkte seg til Misjonsskolen i Stavanger, der han gjekk 1915–21. I denne tida tok han òg examen artium (1919). Han vart ordinert til misjonsprest i Fredrikstad 26.7.1921 av biskop Støylen, og hadde deretter eit års språkstudium ved Sorbonne-universitetet i Paris 1921–22.
1923 vart Endresen sendt av Det Norske Misjonsselskap (NMS) til Madagaskar, først som lærar ved lærarskolen i Ansirabé 1923–25, og var deretter prest med ansvar for misjonsarbeidet i Ivohibé, Ihosy og Isalo fram til 1931, då han kom tilbake til Noreg. Etter eit nytt språkstudieopphald i Frankrike 1932 vart han sendt til Kamerun av NMS som leiar av misjonsarbeidet der, ein posisjon han hadde til han reiste til Noreg for godt 1963.
Arbeidet i Kamerun var relativt nytt. Innfløkte sosiale og etniske tilhøve hadde gjort det vanskeleg for misjonærane å bli einige om strategi og leiarskap, og det var full krise i misjonsarbeidet. Endresen vart bedt om å reise til Kamerun av di han blei ansett for å ha dei leiareigenskapane og dei diplomatiske evnene som skulle til for å føre arbeidet ut av krisa og inn i eit målretta spor. Under hans leiing vart det bygd ut eit nettverk av sjukestover, barneheim, eit sjukehus, stadig fleire barneskular og ein vidaregåande skule. Han var formann i ein komité som arbeidde med bibelomsetjing til fulani, det dominerande språket i Nord-Kamerun. Han stod sentralt i arbeidet med å opprette bibelskule og presteskule og var i leiinga for prosessen som førde til at Den Evangelisk-lutherske Kyrkja i Kamerun vart grunnlagt 1960. Halfdan Endresen vart valt til kyrkja sin første president, den einaste misjonæren som nokon gong har hatt den stillinga.
Som leiar av misjonsarbeidet kom Endresen i 1940- og 1950-åra stadig oftare i konflikt med den lokale sultanen og den franske koloniadministrasjonen om slaveriet. I årevis såg franskmennene gjennom fingrane med uhyrlege og godt dokumenterte overgrep mot slavar. Stadig fleire slavar rømte til misjonsstasjonen. Etter kvart vart dette eit politisk problem av stort omfang. NMS gav Endresen full støtte og var villig til å risikere open konflikt med den franske koloniadministrasjonen på dette spørsmålet. Endresen brakte tilhøva i Nord-Kamerun inn for FN sin menneskerettskommisjon. 1960 vart han utnemnd til riddar av den kamerunske ordenen L'Ordre de la Valeur du Cameroun for sitt arbeid i Nord-Kamerun.
Halfdan Endresen var medlem i Antislaveriselskapet i London, og etter at han avslutta arbeidet i Kamerun, vidde han resten av livet sitt til kampen mot slaveriet, spesielt i Sahel-sonen i Afrika, som han kjende best til. 1967 stifta han ei norsk avdeling av Antislaveriselskapet og var sekretær for dette fram til sin død 1973. Han gav ut fleire bøker om slaveriet og tok initiativet til ein film om slaveriet i Nord-Kamerun.