Erik Pontoppidan d.e. var biskop i Trondheim fra 1673 til sin død. Han var dyktig og avholdt, tok seg av skolevesenet og interesserte seg for samene; han lot antakelig Luthers katekisme oversette til samisk.
Erik Erikssøn ble 1635 dimittert fra Odense skole til Københavns universitet. Navnet Pontoppidan forekommer for første gang i universitetets matrikkel og er en latinisering av Broby. Denne navneformen ble senere benyttet av hele slekten. Han fullførte sin teologiske eksamen 1638 og reiste 1641 med kongens reisestipend til sentrale læresteder som Franecker, Leiden og Paris og oppdaget at i Europa var levende språk i vinden som studieobjekt.
Tilbake i København tok Pontoppidan magistergraden 1643 og fikk smigrende stillingstilbud. Men istedenfor å binde seg til et fast embete holdt han private forelesninger for å kunne fortsette sine studier. Målet var å utarbeide en grammatikk for det danske språk. Manuskriptet til pionerarbeidet Grammatica Danica, et verk på nesten 600 sider, forelå 1649, men han rettet og flikket på det, og det utkom først 1668. De grammatiske termene i verket er på latin, men eksemplene er på dansk. Han har friske observasjoner om dansk dagligtale og dialektiske trekk, og bak i boken foreslår han hjemlige betegnelser for grammatiske termer og forbereder med det en rent danskspråklig grammatikk.
Pontoppidan ble 1649 slottsprest på Antvorskov og hospitalsprest i Slagelse og 1668 sogneprest i Køge. Ved siden av utfoldet han et betydelig teologisk forfatterskap. Han inntok en mellomstillling mellom samtidens ortodoksi og den senere pietisme og dvelte med forkjærlighet ved Jesu Kristi blod som sonoffer for våre synder. I hans første salmesamling fra 1653 står pasjonsmotivet sentralt. Noen betydelig salmedikter var han neppe, men i motsetning til tidens barokke mote var hans uttrykksform enkel og tilgjengelig.
1673 ble Pontoppidan kalt til biskop i Trondhjems stift. Han var meget betenkt og viste til sin alder, men dette var et pålegg. Før han forlot København, satte han opp sitt testament og utpekte verger for hustru og sønn. Møtet med hans stiftsby ble da heller ikke muntert. Bisperesidensen var så forfallen at når “de gruelige sterke Vinde” inntraff, var han redd huset skulle blåse ned. Med nådesår (bidragsplikt) til to bispeenker hadde han heller ikke midler til å kjøpe eget hus.
Biskopen gikk imidlertid ufortrødent løs på sine nye oppgaver. I løpet av følgende vinter og sommer visiterte han i Trøndelag, Nordlandene og Finnmark og reiste 250 mil! Da kongen 1674 inviterte ham til København for å motta doktorgraden, bad han seg unnskyldt og viste til sine 59 år og mange lange reiser. Avslaget ble tatt nådig opp, og 1675 ble han kreert til dr.theol. in absentia.
Undervisning og katekisasjon hadde en bred plass i Pontoppidans visitaser. Han hadde med seg småting som han premierte barn og unge med under overhøringene. Tradisjonen om den milde, vennesæle biskop og den store barnevenn levde lenge utover bygdene. 1673 fikk han utgitt en katekisme med anmerkninger til bruk ved undervisningen. To av hans biografer hevder at han også skal ha etterlatt seg en “finsk” oversettelse av katekismen, i så fall det første forsøk på å benytte samisk skriftspråk i Norge.
Det skulle falle i Pontoppidans lodd å hevde kirkens autoritet i to saker, typiske for tidens demonredsel og ortodoksiens intoleranse. Den mest groteske var saken mot Kirsten Iversdatter, som tilstod å ha “givet seg Djevelen i vold og øvet Troldoms verk”. En verdslig domstol dømte henne til bål og brann, men fordi hun hadde angitt en rekke kvinner som medskyldige, ble det i dommen krevd at hun skulle pinlig forhøres for å få beskyldningene bekreftet eller avkreftet. Først måtte dog biskop og domkapitel rådspørres. Domkapitlet konstaterte at det gjaldt å redde uberyktede kvinner, og de gav sin tilslutning til forhøret. Under tortur fragikk Kirsten beskyldningene. Selv ble hun den siste heks i lagdømmet som ble brent.
Den andre saken gjaldt svensken Anders Kempe, som i skrift og tale forsøkte å bekjempe den offisielle kirke. Han ble utvist fra Sverige og slo seg ned som naturlege på Heggstad i Verdal. Pontoppidan gjorde sitt ytterste for å bringe ham på bedre tanker og oppfordret ham til å avsverge sitt kjetteri, men Kempe foretrakk “at blive ved sin Confession”. Myndighetene gav ham da valget mellom å forlate landet innen tre dager, eller å miste sitt liv.
Tross skrantende helse la Pontoppidan sommeren 1678 ut på den store nordlandsvisitasen. Allerede ved Nærøy sviktet kreftene. Tilbake i byen konstaterte byens lege, Joachim Irgens, at han led av skjørbuk og at livet ikke stod til å redde.
Pontoppidans ettermæle er helt entydig i alle bevarte kilder. Han var “en ret Hyrde og Biskop, et godt Exempel og klartskinnende Lys [...]”, sa Domkirkens sogneprest i sin gravtale.
Pontoppidans kiste ble satt ned i en gravkrypt i Søndre oktogonkapell i domkirken. En blyplate på kisten og gravsteinen over krypten har inskripsjoner med panegyrisk omtale av ham: “Vi Trønder” vil minnes den fromme biskop så lenge Nidelva renner ut ved Trondheim! Enken bekostet et ruvende epitafium, som opprinnelig var plassert over hans grav i kapellet, det eneste gravminne av dette slag som har overlevd alle domkirkens branner. Det henger nå i Søndre tverrskip.