Erik Johnsen var læstadiansk predikant og grunnlegger av den såkalte Lyngen-retningen innenfor læstadianismen.
Johnsen var av sjøsamisk slekt og behersket samisk, norsk og finsk. Han kom med i den læstadianske vekkelse i Lyngen 22 år gammel og begynte tidlig som lokal forkynner og senere som reisepredikant. Hans forkynnerområde strakte seg fra Ofoten til Øst-Finnmark, og frem til 1900 stod han i kontakt med de ledende predikanter i Nord-Sverige. En tid var han lønnet av Svenska Kyrkan som predikant for svenske samer, mens de var på sommerbeite ved norskekysten.
Det oppstod etter hvert uenighet mellom Johnsen og de såkalte førstefødte predikanter i Ofoten. Senere tok han også avstand fra gammellæstadianere i Finnmark og lundbergianerne i Sør-Troms. Under Johnsens ledelse utviklet den læstadianske vekkelsen i Nord-Troms seg til en selvstendig vekkelsesbevegelse med kjerneområde i Lyngen og med årlige hovedsammenkomster under det store novembermarkedet i Skibotn. For ettertiden har Erik Johnsen fremstått som den ubestridte leder og lærefader for den læstadianske vekkelsen i Lyngen.
Johnsen var en selvlært mann, kjent for sin omfattende kunnskap i Bibelen og de lutherske bekjennelsesskriftene. Det er i synet på dåpen og på menighetsstrukturen han skiller seg ut fra de øvrige læstadianske tradisjoner. I sine prekener og i to læreskrifter, En redegjørelse om den kristelige lære og Læstadianernes tro og lære, utviklet han sine tanker om vekkelsens egenart og struktur. Johnsen la særlig vekt på barnedåpens nødvendighet og forankret dette i luthersk teologi. Hans dåpssyn førte til at Lyngen-retningen utviklet et nærmere forhold til Den norske kirke enn de øvrige læstadianske retninger, særlig i sammenheng med kirkens bruk av gudstjenestens skriftemål. I synet på de troendes forsamlinger la Johnsen vekt på et kongregasjonalistisk menighetssyn og forkastet de førstefødtes utvikling av en overnasjonal ledelsesstruktur med autoritetssentrum i Lappmarken.
På biskop Johan Nicolai Størens oppfordring deltok Erik Johnsen på Calmeyergate-møtet 1920, der kampen mot den liberale teologi ble markert. Han talte på samisk og ble tolket til norsk av sin reisekamerat, Nils Larsen. Dette er blitt sett som uttrykk for hans ambivalente forhold til kirken. Han stod for en klar konservativ teologi med røtter i luthersk-ortodoks og læstadiansk tradisjon, men samtidig for en lokal selvstendighetsmarkering, der han fremholdt det pietistiske idealet om å vokte forsamlingenes rett til selv å bestemme premissene for forvaltning av forkynnelse og praktiske livsidealer. Samarbeidet med kirken er betinget av at kirken lever opp til sine egne bekjennelsesskrifter slik disse tolkes innenfor rammen av de lokale forsamlinger av troende.
Erik Johnsen ble tildelt Kongens fortjenstmedalje 1938.