Dronning Elisabeth var søster av den tyske keiser Karl 5 og skaffet gjennom ekteskapet med Christian 2 av Danmark og Norge sitt nye hjemland en viktig alliert i Europa. Hun var sin ektemanns sterkeste støtte under de første årene av eksilet, men døde tidlig.
Det er sagt at et fornemmere gifte enn Elisabeth aldri har kommet til Norden, og det er tilfellet, da hun var sønnedatter av keiser Maximilian og datterdatter av det spanske kongeparet Isabella av Castilla og Ferdinand av Aragón. Elisabeth eller Isabella var oppkalt etter sin spanske mormor. Hennes far giftet seg til det spanske riket, men hans hustru Juanita, eller Johanna, var sinnssyk og følgelig ikke egnet til å oppdra barn. Elisabeth ble derfor sendt til hoffet i Brussel, hvor hennes fars søster, erkehertuginne Margrete, regjerte som regentinne i Nederlandene. Oppdragelsen var god, og blant erkehertuginne Elisabeths lærere var den senere pave Hadrian 6.
Elisabeth var tidlig moden og beskrives som yndig og tekkelig. Hennes utseende var tiltalende, men hun hadde arvet den berømte habsburgske underleppe, noe som gjorde at hun ikke ble oppfattet som direkte vakker. Men hun hadde andre gode egenskaper, som godhjertethet, forstand og stor handlekraft. Hun bar sin skjebne som landflyktig med verdighet og mot og fremstår som en edel kvinneskikkelse.
Christian 2 ønsket seg en brud fra huset Habsburg, først og fremst fordi han derved ville komme i familie med sin tids mektigste fyrste, keiser Karl 5, dernest fordi en dynastisk forbindelse ville kunne åpne for gode handelsavtaler med keiserens ulike riker, da først og fremst Nederlandene, som var en av Danmark og Norges viktigste handelspartnere. Det hevdes at kongen ønsket å inngå ekteskap med Elisabeths eldre søster, ikke minst fordi denne var en mulig arving til de habsburgske besittelsene. Etter grundige forhandlinger ble det enighet om at det skulle inngås ekteskap mellom erkehertuginne Elisabeth og kong Christian, og ekteskapskontrakten ble underskrevet i Linz i Østerrike 29. april 1514. Medgiften var meget stor, 250 000 rhinske gylden, og denne skulle utbetales i tre terminer.
11. juni 1514 ble kong Christian kronet i Vor Frue kirke i København, og samme dag ble den 13 år gamle erkehertuginne Elisabeth viet til kongen i Brussel. Da kongen vanskelig kunne være til stede to steder samtidig, var det stedfortrederen, Mogens Gøye, som inntok brudgommens plass.
Ved hoffet i Brussel var man kjent med kongens forhold til Dyveke Ottikesdatter, og det ble krevd at forholdet måtte avsluttes før Elisabeth kunne reise til Danmark. Det var også kjent at brudens tante, erkehertuginne Margrete, var mot partiet. Erkebiskopen i Trondheim, Erik Valkendorf, som sammen med rikshovmester Nils Henrikssøn Gyldenløve ledet sendeferden som skulle hente bruden, lovet å gjøre hva han kunne for å bli kvitt Dyveke. Dette var antakelig en av grunnene til at det senere oppstod et dårlig forhold mellom kong Christian og erkebiskopen. Som pressmiddel holdt habsburgerne tilbake den tredel av medgiften som skulle ha vært utredet ved ekteskapsinngåelsen. Kongen gav imidlertid ikke slipp på Dyveke.
26. juli 1515 kunne dronning Elisabeth omsider begynne reisen til Danmark. Det var tilsagt en rekke bryllupsgjester, og disse ventet på bruden i København, men da hennes ankomst stadig ble utsatt, forlot mange av gjestene byen. Overfarten med skip fra Nederland til Danmark var hard, og dronningen var så sjøsyk at hun trodde hun var døden nær.
9. august kunne dronning Elisabeth omsider holde sitt inntog i København. Hun ble møtt av et voldsomt regnskyll, som satte en demper på stemningen. Tre dager etter ankomsten ble hun viet in persona til kongen og ble samtidig kronet.
Kongen hadde liten plass for sin nye dronning den første tiden, da han var opptatt med Dyveke. Dronningen fikk imidlertid viktige oppdrag og store inntekter, og hun hadde et godt forhold til Dyvekes mor, kongens viktigste rådgiver, Sigbrit Willems.
Dronning Elisabeths nederlandske selskapsdamer underrettet hoffet i Brussel om kongens fortsatte forhold til Dyveke, og keiser Karl ble fortørnet. Han sendte den erfarne diplomaten Sigismund Heberstein til Danmark med instruks om å tvinge svogeren til å avvikle forholdet. Kongen nektet å forholde seg til sendemannens pålegg og kastet ut dronningens selskapsdamer og hovmesterinne. Dronning Elisabeth tok dette med fatning og lærte seg dansk, slik at hun kunne forholde seg til sine undersåtter. En av hennes hoffdamer var den norske adelsdamen Margrete Nilsdatter, som var datter av den norske rikshovmesteren og hans hustru Ingerd Ottesdatter til Austrått og senere ble gift med den danske adelsmannen Vincens Lunge. Dronning Elisabeth pleide også omgang med flere borgerlige danske kvinner.
Problemet med Dyveke løste seg 1517, da elskerinnen plutselig døde. Imidlertid ble adelsmannen Torben Oxe til Gisselfeld beskyldt for å ha myrdet Dyveke, og kongen dømte ham til døden. Dronning Elisabeth bad forgjeves for Torben Oxe, som allikevel ble henrettet. Året etter Dyvekes død ble dronning Elisabeth mor for første gang.
Dronningen opptrådte som regentinne i Danmark 1520–21, mens kongen var i Sverige og foranstaltet Stockholms blodbad. Da han 1521 reiste til Nederland, var dronningen også regentinne. Hun hadde utviklet et godt forhold til mor Sigbrit og styrte etter hennes råd. Dronningen var en ryddig regent; hennes styre var preget av god administrasjon, og Bergens borgere fikk i denne perioden nye privilegier.
Da opprøret mot kong Christian 2 tiltok i styrke og hans onkel, hertug Frederik, ble hyllet som dansk konge 1522, stod Elisabeth helt og holdent på sin manns side. Hertug Fredrik tilbød henne å bli i Danmark, men hun fulgte kong Christian i landflyktighet til Nederland samme år. Hun skal ha besvart hertug Frederiks forslag på latin: Ubi rex meus, ibi regnum meum («Der hvor min konge er, der er også mitt kongerike»).
Dronning Elisabeth innså antakelig at kongens sak var tapt, men hun stod trofast ved hans side i hans bestrebelser på å vinne tilbake sine riker, til tross for at hun sannsynligvis kunne ha forlatt ham og flyttet tilbake til sin slekt. Dronningen gjorde forsøk på å hjelpe kongen, og hun reiste 1523 sammen med ham til England, uten at dette besøket førte til noen militær eller økonomisk støtte. Hun prøvde å skaffe ham hjelp hos sine mektige slektninger og andre fyrster, men måtte innse at ingen ønsket å hjelpe Christian 2. Blant dem hun søkte støtte hos, var Christian 2s svoger, kurfyrst Joachim av Brandenburg, som levde i et ulykkelig ekteskap med kongens søster Elisabeth. Det eneste resultatet av besøket hos kurfyrsteparet i Berlin var at dronning Elisabeth utviklet et nært vennskap med sin svigerinne, som elsket broren, men var uten større politisk innflytelse.
Christian 2 var påvirket av den lutherske lære, og dronning Elisabeth delte hans interesse for reformasjonen. 1523–24 drog hun på en lengre reise i Tyskland, og 1524 var hun til stede ved riksdagen i Nürnberg, hvor hun under en messe mottok nattverden “i begge skikkelser”, altså på luthersk vis med både brød og vin. Dette fortørnet hennes katolske slektninger og var antakelig en av hovedgrunnene til at hennes brødre, keiser Karl og kong Ferdinand, nektet å gi henne økonomisk støtte.
Slekten utsatte dronning Elisabeth for en rekke ydmykelser, og spesielt kong Ferdinand og hans hustru dronning Anna behandlet henne meget uhøflig. Ferdinand uttalte også at han heller ville se søsteren druknet enn at hun talte med Luther. Kong Christian hevdet overfor hennes slektninger at Elisabeth var en god katolikk, mens brev til Luther fra kongeparet viser at hun var vunnet for reformasjonen.
Den eneste støtten dronning Elisabeth fikk, var fra tanten, erkehertuginne Margrete, som støttet henne økonomisk, men som også ville fri henne fra lutheranismen. Kongeparet fikk en mindre årlig sum av regentinnen og ble henvist bolig i byen Lier i Brabant, nær Antwerpen, hvor de residerte i et palé som fikk navnet Dänischer Hof, og som senere ble bolig for den landflyktige norske erkebiskopen Olav Engelbrektsson.
Livet i Lier var preget av bekymringer og næringssorger, og dronningen solgte eller pantsatte smykker, sølvtøy og klær for å skaffe penger. Mesteparten av tjenerskapet ble også avskjediget, og skipene som var brakt med fra Danmark, ble solgt. Dessuten ble det tatt opp store lån, som til dels ble brukt til å leie soldater som kunne kjempe for kongens sak. I denne perioden fungerte dronning Elisabeth delvis som kong Christians brevskriver.
Dronning Elisabeth ble etter hvert sykelig, og hun reiste til badene i Aachen for å søke helbred. Det var utvilsomt et slag for henne at stattholderinnen i Nederlandene 1525 tok fra henne barna, slik at de kunne oppdras i den katolske tro.
Dronning Elisabeth døde i klosteret Zwijnaerde ved Gent 1526 etter et kort, men begivenhetsrikt liv. Kong Christian skrev til Luther om hennes død og fortalte at hun døde som lutheraner. Dronningen ble gravlagt i klosterkirken St. Petri i Gent, men kisten ble 1883 overført til St. Knuds kirke i Odense, hvor hun ble stedt til hvile ved siden av Christian 2.
Dronning Elisabeth ble mor til tre barn som overlevde henne: hertug Hans (1518–32), hertuginne Dorothea (1520–80), som var gift med kurfyrst Friedrich, pfalzgreve ved Rhinen, og den myndige hertuginne Christine (1521–90), gift første gang med Francesco 2 Sforza, hertug av Milano, og annen gang med François, hertug av Lothringen. Den sistnevnte datteren fikk også et ekteskapstilbud fra kong Henrik 8 av England, etter at han hadde latt sin hustru Anne Boleyn henrette. Hertuginnen skal da ha avslått tilbudet med beskjed om at hun dessverre bare hadde en hals, men at hun gjerne skulle ha overveid tilbudet om hun hadde vært i besittelse av to halser.