Christian 3 var konge av Danmark-Norge fra 1536. I hans regjeringstid ble reformasjonen gjennomført i de to rikene. Han opphevet også formelt Norges status som et eget rike, men denne endringen ble ikke offentliggjort og bare delvis satt ut i livet.
Christian var eldste sønn av Frederik 1, men da faren døde 1533 ble han, i motsetning til sedvanen, ikke konge uten sverdslag. Både Danmark og Norge var valgkongedømmer, men da han hadde vist seg som en uforsonlig lutheraner, ville ikke flertallet av det danske riksrådet velge ham til konge. Året etter brøt det ut innbyrdeskrig i Danmark, utløst av Lübecks forsøk på å gjeninnsette den fengslede Christian 2. Da samlet adelen i hertugdømmene og Danmark seg om Christian 3. Han seiret og ble valgt til dansk konge høsten 1536.
Seieren innebar at Christian 3 gjennomførte to dyptgående inngrep i norske forhold: For det første avskaffet han den katolske kirke, fengslet danske og norske biskoper, konfiskerte alt bispe- og klostergods og innførte en luthersk kirkeorden under kongelig styre. For det annet medvirket han til “norgesparagrafen” i håndfestningen som han underskrev sammen med det danske riksrådet: Den innebar at Norge ble avskaffet som en egen politisk enhet og lagt under et dansk sentralstyre; dermed falt det norske riksrådet bort.
Radikalismen i Christian 3s politikk 1536 sprang ut av hans ungdoms engasjement. Fra han var 14 år, fikk han sakseren Wolfgang von Utenhof fra Wittenberg til lærer, kort tid etter fikk han den unge holsteineren Johan Rantzau til hoffmester, og sammen med denne overvar han riksdagen i Worms 1521 og ble grepet av Martin Luthers opptreden der. Dermed kom han i et motsetningsforhold til det katolske flertall i det danske riksrådet, og han måtte nøye seg med de sparsomme inntektene av Tørning og Haderslev len, der han med konsekvens gjennomførte reformasjonen.
Derimot fikk han ikke spille noen viktig rolle i det sentrale styringsverket, bortsett fra at han ledet en stor delegasjon til Oslo 1529. Hensikten var å rydde opp i striden mellom erkebiskop Olav Engelbrektsson og Vincens Lunge og bringe Norge under mer effektiv kongelig kontroll. Fire av de fem norske biskopene holdt seg borte, og Christian sendte sine soldater inn i Mariakirken og tok kostbarhetene der, enda de var for nasjonale klenodier å regne. Frederik 1 var i ferd med å svekke den norske kirken, men han var ikke villig til å følge sønnens råd om å ta et væpnet oppgjør med de katolske motstandsmennene i Norge, med Olav Engelbrektsson i spissen.
Etter farens død nektet Christian å ta imot et umiddelbart tilbud om den danske tronen fra et mindretall av det danske riksrådet og bystyrene i København og Malmø. Men etter at Lübeck hadde grepet inn, tok han imot et uformelt valg av riksråder og adelsmenn 1534. Fra da av ble de norske rådsherrene som kvidde seg for å få en erklært lutheraner til konge, utsatt for et hardkjør. Danske kongetjenere holdt de viktigste norske festningene og behersket Sør-Norge militært. Selv om nordmennenes fremste leder, Olav Engelbrektsson, ikke hadde ønsket Christian 3 som norsk konge, var han presset av de militære realitetene til å gå med på et valg hvis kongen ville forsone seg med ham. Men dette var i strid med Christian 3s store plan – reformasjonen og sentraliseringen av regjeringsmakten til et dansk sentralstyre. I stedet sendte kongen mange soldater til Norge, erklærte at han heller ville ha et øde land enn et ulydig land og drev Olav Engelbrektsson i landflyktighet våren 1537.
Første fase av gjennomføringen av reformasjonen og danifiseringen av den norske regjeringsmakten var dermed preget av hensynsløs konsekvens. At det danske riksrådet valgte konge med gyldighet også for Norge og sammen med denne kongen endog uttalte i norgesparagrafen at Norge var avskaffet som eget rike og heretter skulle regnes som en dansk landsdel slik som Jylland, Fyn, Sjælland og Skåne, var et kupp uten forankring i loven. Christian 3s soldater plyndret velstående familier i erkebiskopens store midt- og nordnorske bispedømme. Og endelig satte kongen i scene en omfattende beslagleggelse av norske kirkeskatter; gull, sølv og edelstener gikk til hans skattkammer for å brukes til avbetaling på den krigsgjelden kongen hadde skaffet seg.
Christian 3 satte fra 1538 i gang et bergverksprosjekt i Telemark og nedkjempet 1540 med militær makt befolkningens motstand mot det, men prosjektet ble likevel mislykket, med unntak av at Fossum jernverk ved Skien ble satt i sporadisk drift.
All regjeringsmakt ble etter 1536 konsekvent sentralisert til unionskongen og hans administrasjon. Dette skjedde i samstyre med det danske riksrådet, men i virkeligheten var kongen den dominerende lederen, noe som ble understreket ved at hans håndfestning inneholdt færre bremser enn tidligere på kongemakten, bl.a. når det gjaldt sønnen Frederik 2s maktovertakelse. Allerede før Christian 3s tid hadde kongene benyttet seg av mange danske menn i nøkkelstillinger i Norge. Nå ble dette en regel med få unntak, ved at norske adelsmenn som viste seg ubetinget lojale overfor det nye regimet også fikk len. I samvirke med sin kansler, Johan Friis, gjennomførte kongen en reform av de vilkårene lenene ble forlent bort på, slik at kongen tok en større del av de inntekter som lensherrene krevde inn.
I sin 23-årige regjeringstid viste Christian 3 svært liten personlig interesse for Norge, og han kom aldri på besøk. Han var lite initiativrik når det gjaldt å tilpasse lover og samfunnsordninger til norske forhold – selv på et saksfelt som interesserte ham spesielt mye, nemlig det kirkelige. Allerede 1537 fikk han, med bistand fra lutherske teologer i Wittenberg, utarbeidet en dansk kirkeordinans som gav detaljerte bestemmelser om den nye lutherske statskirken. Her stod det at det senere burde utarbeides bestemmelser som passet på norske forhold, men dette ble gjort først 70 år senere. Christian 3 ventet også i mange år med å utnevne lutherske superintendenter til alle norske bispedømmer, i skarp motsetning til de raske utnevnelsene i Danmark, og han viste liten interesse for å utvikle et høyere norsk skolevesen. Dette bidrog sterkt til at den norske kirken ble et underbruk under den danske. Fra de tallrike danske latinskolene og Københavns universitet kom det en strøm av danske geistlige til Norge, og de førte videre danifiseringen av det norske skriftspråket.
Men Christian 3 var ikke konsekvent interesseløs. Mer vesentlig i det lange løp var hans suksess som statsleder, som også var merkbar i mer positiv forstand i Norge. Her hører det med i bildet at han som seirende monark utviklet et måtehold som hadde en stabiliserende virkning på styret og samfunnsutviklingen.
Innad var faren for krig ryddet av veien for lange tider fremover; kongen var suveren når det gjaldt væpnede maktmidler, takket være festningene og leiesoldatene. Utad tok Christian 3 sikte på å vinne anerkjennelse av sitt regime og unngå krig så langt råd var. Hans svenske kongekollega, Gustav Vasa, hadde det samme målet, og de to klarte for sin regjeringstid å holde fred mellom dansker og svensker, særlig stadfestet ved Brømsebrotraktaten 1541; den stipulerte et 50-årig forbund mellom dansker, nordmenn og svensker (det holdt til fire år etter Christian 3s død).
Enda vanskeligere var det å få i stand et godt forhold til den tysk-romerske keiseren Karl 5, som ikke ville anerkjenne avsettelsen 1523 av sin svoger, Christian 2. Christian 3 utkjempet fra 1542 en krig mot keiseren, men de sluttet fred 1544. Keiseren gav det nye oldenborgmonarkiet sin stilltiende anerkjennelse, og det ble grunnlaget for en varig avspenning av forholdet til det tyske riket, en avspenning som først ble brutt av Christian 4 i 1625. Etter 1544 lyktes det Christian 3 å holde sine riker utenfor alle kriger, og det førte med seg fordeler for dansk og norsk økonomi (eksport av korn og okser fra Danmark, av fisk og trelast fra Norge).
Med sin nye internasjonale styrke klarte Christian 3 også å eliminere hanseatenes særstilling, den var overlegent viktigst når det gjaldt utenrikshandelen gjennom Bergen. Han holdt det gående med stadig uavgjorte forhandlinger med representanter for hansabyene, og i mellomtiden tillot han bergensborgerne et spillerom i handelen som de ikke hadde hatt på flere hundre år. Men det var først 1560, året etter hans død, at den nye handelsordningen i Bergen ble traktatfestet.
Ellers kom nordmennene på flere måter til å merke kongens moderasjon, som ble betinget av hans bestrebelser på å nøytralisere anslag mot hans nye regime. Norgesparagrafen ble ikke kunngjort, og Norge beholdt sin riksstatus med en rekke særegne norske samfunnsordninger; viktigst av dem var Norges lov og det norske rettsvesenet. Christian 3 brukte adelsmenn med erfaring fra lensstyret i Norge som rådgivere i norske saker, og styret ble etter den første radikalismen 1536–37 preget av forsiktighet: De norske prestene ble ikke avsatt, og i de første årene etter 1536 ble gudstjenestene holdt på nesten samme måten som før. Først en ny generasjon danske superintendenter og prester intensiverte reformasjonsarbeidet fra ca. 1550.
Nordmennene ble forsiktig beskattet, og bondebefolkningen øvde et påtakelig motpress mot nye tiltak gjennom forhandlingsmøter på tingene. Slik lyktes det kongen å roe ned konfliktene i Norge, og han unngikk reelle utfordringer mot sin kongemakt. På den annen side ulmet det av hverdagsmotstand mot øvrighetens krav – ethvert nytt påfunn ble møtt med mistenksomhet og ble motvirket, slik at det bare langsomt var mulig å gjennomføre den lutherske kirkeordenen og innføre nye skatter som beskattet veksten i produksjon og utenrikshandel.
Christian 3s ekteskap med dronning Dorothea var lykkelig, og ektefellene var samstemte i sitt livssyn og sine holdninger, preget av luthersk nøkternhet. Kongen etterlot sønnen Frederik 2 et monarki som hadde indre fred og fred med alle naboer, samtidig som en tyngende krigsgjeld var nedbetalt og erstattet med en betydelig pengebeholdning.