Bendix Ebbell var misjonslege på Madagaskar i nesten 20 år, og hadde deretter forskjellige offentlige legestillinger i Rogaland. Han drev også medisinsk forskning, bl.a. på mangelsykdommer, og utgav flere kildeskrifter fra gammelegyptisk medisin.
Ebbell tok examen artium 1883 og begynte deretter å studere ved universitetet i Kristiania, først teologi og deretter medisin. Han ble cand.theol. 1888 og cand.med. 1892. Han hadde tidlig fått et kall til misjonstjeneste, og etter et studieopphold i Tyskland 1893 reiste han samme høst ut for Det Norske Misjonsselskap (NMS) og ble lege ved misjonsstasjonen Antsirabé i Madagaskars innland. Året etter giftet han seg med Anna Margrethe Dahle, datter av NMS' sekretær, som selv var vokst opp på Madagaskar.
Under sitt nesten 20 år lange opphold på Antsirabé, som den gang var den største norske misjonsstasjonen på Madagaskar, grunnla og bestyrte Ebbell et hospital med 30 senger og en poliklinikk som behandlet 8000–9000 pasienter om året, og han hadde tilsyn med et hjem for spedalske med ca. 800 pasienter. I pinsen 1896 ble stasjonen angrepet av lokale opprørere mot det franske kolonistyret, og sykehuset og flere andre bygninger ble stukket i brann, men Ebbell sørget for å få de ca. 70 personene som oppholdt seg der, i sikkerhet, og bygde raskt stasjonen opp igjen. Han var også musikkinteressert og utgav 1903 musikken til den madagassiske lutherske kirkes salmebok, Tiona mety hatao amin' ny fihirana amin' ny fiangonana loterana.
Ebbell kom hjem til Norge 1912 da han ble utnevnt til distriktslege i Sandnes, en stilling han hadde i seks år. 1917 ble han konstituert, og fra 1919 utnevnt til fylkeslege i Rogaland, samtidig som han var beskikket som distriktslege i Hetland. Han fikk avskjed fra begge disse stillinger ved oppnådd aldersgrense 1935.
Ved siden av sitt medisinske arbeid drev Ebbell også en betydelig forskningsvirksomhet. Under et ferieopphold i Norge 1903–05 utførte han bl.a. dyreforsøk ved det fysiologiske og det patologisk-anatomiske institutt ved universitetet i Kristiania. Han skrev artikler om dementia praecox, kretinisme og struma m.m. De studiene han publiserte om mangelsykdommene beri-beri og rakitt, der han tidlig var inne på de årsaksforholdene som senere viste seg å være riktige, ansees for å være internasjonalt banebrytende. Men Ebbell hadde skrevet sine artikler på norsk, og de fikk derfor ikke den oppmerksomhet de fortjente.
Ebbell var meget interessert i medisinsk historie og tok opp flere slike emner. Hans bok Beiträge zur ältesten Geschichte einiger Infektionskrankheiten ble utgitt posthumt 1967. Mest kjent er han imidlertid blitt for sine betydelige kunnskaper om gammelegyptisk medisin. Han utgav oversettelser av papyri med medisinsk og kirurgisk innhold fra 1500- og 1600-tallet f.Kr. og oversikter over gammelegyptiske sykdomsnavn og anatomiske betegnelser.
Bendix Ebbell var medlem av hovedstyret i Det Norske Misjonsselskap 1924–36. Han ble innvalgt i Det Norske Videnskaps-Akademi 1937.