Ambrosius Rhodius var lege, professor, astrolog, boksamler og forfatter – enestående i den lille gruppen av lærde i Norge på 1600-tallet. Men hans og hustruens fengsling og forvisning har vakt vel så stor interesse.
Til sitt 15. år ble Ambrosius undervist hjemme “i gudfryktighet, latin og gresk”, som han skriver. På skolen i Grimma gjorde han godt inntrykk på rektor, inntil alle måtte reise hjem på grunn av pest. Fra 1627 studerte han i Wittenberg. Rhodius tok magistergraden 1629 og studerte medisin i tre år. 1632 fikk han en ansettelse i fysikk og matematikk i Königsberg; han måtte tjene penger, for familiens hjem og formue gikk tapt i Trettiårskrigen.
Rhodius ville se mer av verden og reiste til København 1635. Snart utgav han Theses medicæ de scorbuto (Medisinske teser om skjørbuk), som han forsvarte offentlig med professor Ole Worm som preses. 1635 utkom også Astrologisk avhandling om stjernenes innflytelse, hvordan mennesker blir rammet av sykdom ved visse konstellasjoner – et synspunkt i tråd med den sveitsiske legen Paracelsus' lære, som trakk forbindelser mellom legevitenskap, religion og astrologi. I København var Rhodius innlosjert hos legen Fredrik Severinus (Sørensen), og 1638 giftet han seg med dennes datter Anna.
1636 ble han tilbudt en stilling i København som lege på flåtestasjonen Bremerholm og på Børnehuset, et kombinert barne- og forbedringshjem med elendige sanitære forhold og mye sykdom. Året etter ble han professor i fysikk og matematikk ved det nye gymnaset i Christiania og stadsfysikus samme sted. Vi vet lite om Rhodius' virksomhet som lærer. Som lege la han vinn på å skaffe legemidler til Christiania, og han anla selv en botanisk hage. En periode hadde han ansvaret for det medisinske utstyret til hæren. Et stort helseproblem var pestepidemiene. Det var akseptert at legen flyktet under pest, men Rhodius ble i byen.
1657 så han et syn på himmelen ved Eiker; han tolket det som et varsel om en systemendring i kongeriket. I et latinsk dikt til kongen utla han dette synet. Diktet ble utgitt 1660, året da eneveldet ble innført.
At Rhodius hadde kontakter blant fagfeller i København ser vi av korrespondansen med professorene Ole Worm og Thomas Bartholin. Hans boksamling talte 357 bind og var Norges klart største. Han kan ha vært den eneste i Norge med kjennskap til naturvitenskapenes oppblomstring i Europa.
1657 reiste Anna Rhodius kritikk mot de to borgermestrene i Christiania overfor stattholder Nils Trolle. Kritikken, som dreide seg om maktmisbruk, umoral og korrupsjon, rammet også stattholderen, og prosessen varte i flere år. Rhodius støttet sin hustru. Herredagen 1661 fant at paret Rhodius ikke kunne bevise sine påstander og dømte dem til æreløshet og fengsel. De ble satt på Akershus og 1662 forvist til Vardøhus festning. Paret kom dit midt på vinteren, og forholdene var harde. Blant medfangene var kvinner og småjenter som var anklaget for trolldom. Noen ble henrettet, andre pint i hjel; bølgen av hekseprosesser i Vardø 1662–63 er den verste i norgeshistorien. Anna spilte en rolle ved å oppfordre de anklagede til å bekjenne.
Saken har i ettertid vært gjenstand for inngående analyser. Den danske legen og medisinhistorikeren E. Ingerslev forklarer hendelsene med at Anna var sinnssyk og Ambrosius en svak ektemann, og ser den politiske situasjonen som medvirkende årsak til parets ulykke. Den amerikanske historikeren Jole Shackelford har satt seg som mål å gi Anna oppreisning; etter hans mening var begge ektefellene like aktive.
Rhodius ble benådet 1666, men ble i Vardø et år til. Deretter arbeidet han som lege i Christiania i fem år. 1672 reiste han til hjembyen Kemberg. Anna ble sittende på Vardøhus. Hun må være død før 1675, da Rhodius giftet seg med Maria Dorothea Gröllmann. Han innstiftet et legat til minne om befrielsen fra sitt grufulle fangenskap.
Ambrosius Rhodius døde 1696. Hans biografi ble skrevet 1760 av en lokal prest, Gottlieb Müller, på basis av hans etterlatte papirer.