Wilhelm Boeck var en sentral person i det akademiske medisinske miljø i Christiania i midten av 1800-tallet. Han og hans samarbeidspartner og medforfatter Daniel Cornelius Danielssen ble internasjonalt berømt for deres store plansje- og tekstverk om spedalskhet, som fortsatt er en standardreferanse 150 år etter utgivelsen. Boeck ble også internasjonalt kjent og etter hvert herostratisk berømt for sin behandlingsmetode for syfilis.
Boeck ble født på Kongsberg, der hans far var forstmann med ansvar for sølvverkets skoger. Moren var farens tredje hustru. Hun døde da gutten ble født, og Wilhelm vokste opp og bodde hos sin mormor til han var 20 år gammel. Etter medisinsk embetseksamen 1831 var han 1833–46 berglege på Kongsberg og samtidig distriktslege i Numedal og Sandsvær. 1846 ble han utnevnt til lektor i medisin ved universitetet i Christiania, og 1851–69 var han professor med kirurgi, hudsykdommer og syfilis som undervisningsfag.
Boeck var i en trettiårsperiode fra 1840 en meget flittig forsker og produktiv vitenskapelig forfatter. Hans emner var spedalskhet og syfilis. På begge områder samarbeidet han med D. C. Danielssen.
I begynnelsen av 1800-tallet var spedalskhet fortsatt en vanlig sykdom i deler av Norge (særlig på Vestlandet), mens sykdommen var i ferd med å forsvinne i resten av Europa. 1839 bevilget regjeringen et stipendium “for at en læge under et længre Ophold i Udlandet kunde skaffe sig practisk Kundskab om den spedalske Sygdoms hensigtsmæssigste Behandling”. Wilhelm Boeck søkte og fikk stipendiet og reiste 1840–41 først til St. Jørgens hospital i Bergen, for selv å ha sett leprapasienter, og deretter til Storbritannia, Frankrike (et halvt år i Paris), Italia, Hellas og Østerrike. I Bergen traff han Danielssen og bevirket at også han fikk offentlig økonomisk støtte til sine studier av spedalskhet. 1842 publiserte Boeck sitt første arbeid om spedalskhet, og 1847 utgav han, sammen med Danielssen og på offentlig bekostning, et stort plansjeverk om spedalskhet, i hovedsak basert på pasientmaterialet fra Bergen. Boken, som først kom på norsk (dansk) og senere på fransk, ble raskt standardverket om den spedalske sykdoms forskjellige ytringsformer og naturlige forløp.
Den siste delen av sitt liv arbeidet Boeck særlig med behandling av syfilis. På denne tiden var kvikksølvsalter standardbehandlingen for syfilis. Mange pasienter mente nok at behandlingen var verre enn sykdommen. Det ble også Boecks oppfatning, og han introduserte sin egen behandling, som ble kalt “syfilisasjon”. Hans behandling bestod i at man påførte pasientene en “bløt sjanker” i tillegg til den “hårde sjanker”, som er primærlesjonen ved syfilis. I dag vet vi at “bløt sjanker” (ulcus molle) er en egen venerisk sykdom som overføres med sin egen bakterie, men omkring 1850 var det en vanlig oppfatning at “bløt sjanker” var en form for syfilis. Boeck mente at de alvorlige senfølgene av syfilis kunne forhindres eller mildnes ved å øke antallet primære hudlesjoner. Boeck argumenterte sterkt for sin behandling, først i Norge, senere på reiser til andre europeiske land og USA. Til å begynne med vakte behandlingen stor interesse, og forsøk ble satt i gang i mange land. Etter hvert viste resultatene andre steder i verden at behandlingen ikke svarte til forventningene, men Boeck selv forsvarte syfilisasjonen med en glødende overbevisning som grenset til fanatisme. Behandlingen gikk i Norge i graven med ham.
Som ung mann fulgte Wilhelm Boeck den tyske botanikeren J. W. P. Hübener på en studietur til Dovre 1828, og han beholdt sin store interesse for botanikk resten av livet. Hans spesialinteresse var moser, som han samlet både i Norge og på sine reiser i utlandet. En amerikansk moseart, Sarcoscyphus Boeckii, ble oppkalt etter ham.
Boeck satt på Stortinget 1845 som representant for Kongsberg. Han var medlem av Det Kongelige Norske Videnskabers Selskab fra 1849 og av Videnskabs-Selskabet i Christiania (nå Det Norske Videnskaps-Akademi) fra stiftelsen 1857 samt av en rekke utenlandske vitenskapelige selskaper. Han ble æresdoktor ved universitetet i Lund 1868. Boeck var kommandør av St. Olavs Orden (1869) og ridder av den franske Æreslegionen.
Wilhelm Boeck ledet hudavdelingen på Rikshospitalet de siste årene han levde. Han døde i Christiania 1875 og ble etterfulgt som overlege av sin brorsønn Cæsar Boeck.