W. Brede Kristensen regnes som Norges første religionshistoriker, men hadde det meste av sin vitenskapelige karriere i utlandet.
Etter barne- og ungdomsår på Sørlandet, først i Kristiansand, senere i landkommunen Holum, kom Kristensen til Kristiania for videre skolegang og studier (examen artium 1884). Etter et år som huslærer i Gudbrandsdalen begynte han på teologistudiet, som han imidlertid snart forlot til fordel for studiet av den allmenne religionshistorien, et fag som den gang var i sin spede begynnelse ute i verden, men ennå ikke etablert i Norge. I Kristiania kunne han studere gammelegyptisk hos Jens Lieblein og sanskrit hos Alf Torp, men videre skolering måtte han søke utenlands, først i Leiden 1890–92, deretter i Paris 1892–93. Som ledd i arbeidet med doktoravhandlingen fulgte et halvt års kildestudier ved British Museum i London 1895.
Kristensen disputerte for den filosofiske doktorgrad 1896 på avhandlingen Ægypternes Forestillinger om Livet efter Døden i Forbindelse med Guderne Ra og Osiris. Samme høst giftet han seg med den nyutdannede juristen Anna Lunde fra Lillehammer og drog deretter igjen til Paris, denne gang primært for å studere den gammeliranske litteraturen. Etter at hans kone døde av difteri etter knapt fire måneders ekteskap, reiste Kristensen tilbake til Norge. Her ble han 1898 tilsatt i en stipendiatstilling ved universitetet i Kristiania, men fulgte 1901 et ærefullt kall til Leiden, der han var ønsket som etterfølger etter sin tidligere lærer, Cornelis Petrus Tiele, en av pionerene innenfor den nye fagtradisjonen. Da det 1912 ble aktuelt å opprette et professorat i faget i Norge, hadde Kristensen funnet seg så vel til rette i Nederland at han avslo tilbudet. 1916 inngikk han sitt andre ekteskap, med en prestedatter fra Amsterdam, og søkte i denne forbindelse om nederlandsk statsborgerskap.
Innholdsmessig hadde Kristensens forskning sitt ene tyngdepunkt i den gammelegyptiske religion, det andre i gammel gresk og romersk religion. Fra disse områdene hentet han også materialet til sin mest kjente publikasjon, Livet fra døden (1925), basert på en serie gjesteforelesninger i Uppsala 1922. Tittelen uttrykker et sentralt gjennomgangsmotiv i Kristensens studier: vissheten om den uoppløselige sammenhengen mellom liv og død, slik den kommer til uttrykk i myter og bilder i de gamle religionene.
Som religionshistoriker la Kristensen vekt på å studere og forstå fremmede religioner med de troendes egne øyne. Han tok derfor etter hvert avstand fra evolusjonistiske forklaringsmodeller og blir gjerne betraktet som en forløper for den nederlandske religionsfenomenologien, som spilte en fremtredende rolle i fagmiljøet omkring midten av 1900-tallet. Flere av dens betydeligste representanter, bl.a. Gerardus van der Leeuw, hadde gått i skole hos Kristensen og har ved ulike anledninger gitt uttrykk for sin respekt for ham.
Kristensen presenterte de fleste av sine forskningsbidrag i det nederlandske vitenskapsakademiet; avhandlingene ble senere utgitt i to samleverk, Verzamelde bijdragen tot kennis der antieke godsdiensten og Symbool en werkelijkheid. Een bundel godsdiensthistorische studiën. Men selv om han oppnådde en solid og respektert posisjon i det nederlandske fagmiljøet, må hans internasjonale berømmelse sies å være relativt beskjeden. Han gikk på mange måter sine egne veier og deltok knapt på større fagkongresser, og først etter hans død ble hans arbeid – gjennom boken The Meaning of Religion, en oversettelse av hans forelesninger over religionsfenomenologi – gjort tilgjengelig for et engelskspråklig publikum.
W. Brede Kristensen var medlem av Videnskabsselskabet i Kristiania (nå Det Norske Videnskaps-Akademi) fra 1898 og av det nederlandske vitenskapsakademi fra 1911. Han ble æresdoktor ved universitetet i Groningen 1914 og ridder av den nederlandske Løveorden 1929.