Sigurd Allern stod sentralt i den generasjonen av unge radikalere som kom inn i norsk politikk i slutten av 1960-årene, og som litt misvisende ble kjent som “sekstiåttere”. Etter lang tid som redaktør av Klassekampen er han senere blitt en kjent og respektert medieforsker.
Som student ved Universitetet i Oslo var Allern meget aktiv på venstresiden. Han var formann i Sosialistisk Ungdomsforbund (SUF) 1967–68, i ML-gruppene (MLG) 1971–72, i AKP(m-l) og Rød Valgallianse 1973–75. 1969–72 og 1979–95 var han ansvarlig redaktør for Klassekampen. Han tok magistergraden i sosiologi 1974, og ble dr.polit. i medievitenskap 1997. 1975–77 var han forskningsstipendiat NAVF, og siden 1995 har han vært medieforsker ved Institutt for journalistikk i Fredrikstad.
Som medlem av Sosialistisk Folkepartis ungdomsorganisasjon SUF ble han trukket inn i striden mot den maoistiske m-l-fløyen som styrket seg kraftig under inntrykk av vietnamkrigen og kulturrevolusjonen i Kina. Da han 1967 ble valgt til formann med én stemmes overvekt, var det som SF-ledelsens og Finn Gustavsens kandidat.
I løpet av det neste året skiftet han imidlertid side og sluttet seg til den kommunistiske fløyen, kanskje påvirket av opprøret i Frankrike 1968, der Allern selv fikk bank av terrorpolitiet CRS. Han ble en av lederne i partikampen i SF 1968–69, da SUF og en gruppe i SF brøt ut på partilandsmøtet i februar 1969. Samme år ble han redaktør av Klassekampen, som utbryterne startet for å legge grunnen for et nytt kommunistparti. Senere ledet han også MLG, som utbryterne opprettet for å forberede partistiftelsen, og han ble Arbeidernes Kommunistparti (marxist-leninistene)s første formann 1973. Som partileder og redaktør spilte han en viktig rolle under EF-kampen 1970–72.
Etter partistiftelsen 1973 forsøkte Allern å få til forhandlinger med partene som dannet SV, for å stille til stortingsvalget sammen med dem. Disse forhandlingene førte ikke frem. Staten nektet AKP å stille til valg under eget navn på grunnlag av en protest fra Norges Kommunistiske Parti, som fikk enerett på kommunistnavnet. Da tok Allern initiativ til opprettelsen av Rød Valgallianse som AKPs valgfront, som stilte lister for første gang det året.
1975 ble han avløst som partileder av Pål Steigan. Allern fortsatte som medlem av AKPs daglige ledelse i mange år etterpå, og satt i AKPs sentralstyre til 1992. Han var kandidat til Stortinget for RV i Oslo ved valget 1981, men partiet fikk ingen mandater.
Klassekampen begynte som månedlig, senere som ukentlig og daglig partiavis for AKP(m-l). Allern ble av partiledelsen satt inn som redaktør for annen gang 1979, da en akutt økonomisk krise krevde en større snuoperasjon. Under Allerns ledelse ble Klassekampen kjent for aggressiv, gravende journalistikk. Avisen utviklet bl.a. en ny og mer kritisk form for økonomisk journalistikk, og stod for avsløringer av de hemmelige tjenestene, som la grunnlaget for 1990-årenes politiske oppgjør. Mange kjente kulturarbeidere skrev også. Blant medarbeiderne var bl.a. Alf R. Jacobsen, Finn Sjue og Jon Michelet. Klassekampen fikk stor betydning som en skole for mange av 1990-årenes mest innflytelsesrike journalister.
For å skaffe bredere grunnlag for avisen, tok Allern initiativ til å endre Klassekampens formålsparagraf slik at den ikke lenger var et partiorgan, men definerte seg som uavhengig, revolusjonær dagsavis. Partiledelsen i AKP støttet dette, men beholdt aksjeflertallet i avisen.
Allern er en av de viktigste nyskapende redaktørene i etterkrigstiden. Han ledet en avis med små ressurser til å bli et ledende kommentarorgan som ble nøye studert i norsk presse. Samtidig førte indre kriser og Allerns til tider noe barske personlige lederstil til harde indre konflikter i redaksjonen. Han var også blitt mer uenig med aviseieren AKP om den fremtidige utviklingen av Klassekampen, og etter en forskningspermisjon 1995 trakk han seg plutselig som redaktør.
Med jobben som medieforsker på Institutt for journalistikk 1995 startet Allerns tredje karriere for alvor. Hans bakgrunn som politiker og redaktør gir ham et spesielt utgangspunkt som presseforsker. Han jobber særlig med hvordan eiere og andre sterke aktører kan sette medienes skjulte og åpne dagsorden. I doktoravhandlingen fra 1997 tar han for seg den voksende informasjonsbransjen og viser hvordan store konserner preger både næringslivsjournalistikk og politiske standpunkter. Disse temaene har han fortsatt å utvikle med stor energi i senere bøker og foredrag, som har gjort ham til en av de mest kjente og respekterte intellektuelle kritikerne av kommersialiseringen av norsk presse. 2002 ble han den første professor i journalistikk ved Institutt for medier og kommunikasjon ved Universitetet i Oslo.