Morten Brünnich var overberghauptmann i det sønnafjellske Norge 1791–1814 og ledet Kongsberg sølvverk gjennom en vanskelig krisetid frem til nedleggelsen 1805. Han utgav flere bøker om norsk bergverkshistorie.
Brünnich vokste opp i København, hvor han tok teologisk embetseksamen ved universitetet 1760. Han studerte og forsket også i naturfagene; hans første avhandling utkom 1761 og omhandlet insekter. 1765 ble han utnevnt til lektor i naturhistorie og økonomi (anvendt naturvitenskap) ved universitetet, og drog straks ut på en fireårig studiereise omkring i Europa. Rett før hjemkomsten 1769 ble han utnevnt til professor i de samme fag, og fikk som en av sine oppgaver å bygge opp en naturhistorisk samling ved universitetet. Samlingen, som for en stor del bygde på Brünnichs private innsamlingsarbeid, ble kjøpt av kongen 1782, og dannet grunnlaget for de nåværende naturhistoriske museer ved universitetet i København. Brünnich utgav en rekke naturvitenskapelige skrifter, hovedsakelig innen zoologi og mineralogi.
Brünnich hadde besøkt en rekke europeiske bergverk under sin studiereise. 1772–75 oppholdt han seg på Kongsberg som medlem av en kommisjon som undersøkte klager fra bergarbeiderne og den tapsbringende driften av sølvverket. Professoratet ved universitetet var ekstraordinært, og 1784 fikk han også en stilling som saksbehandler for sølvverkssakene i Bergverksdirektoriet. Hans vitenskapelige karriere ble avbrutt da han 1789 ble utnevnt til overbergkommissær på Kongsberg for å bistå overberghauptmann Hiort. 1791 overtok han som overberghauptmann, og var dermed leder av Overbergamtet, forvaltningsorgan for bergverkene i det sønnafjellske Norge, og direktør for statsbedriftene Sølvverket, Blåfargeverket på Modum og Vallø saltverk.
Brünnich ønsket å virke som naturforsker, og traktet ikke etter noen karriere ved de norske bergverkene. Behovet for embetsmenn med fagkunnskaper, spesielt ved stordriften av sølvverket, gjorde likevel at statens ledende menn sendte Brünnich til Kongsberg og til slutt overdrog ham ledelsen i verkets verste krisetid. Krisen var forårsaket av strukturelle problemer med gruvedriften på stort dyp, som var teknisk krevende og ikke kunne fortsettes uten kostbare og langsiktige tiltak. Slike tiltak var alt satt i gang, men brakte ikke resultater før lenge etter at verket var gjenopptatt av den norske stat 1816.
På Kongsberg ble Brünnich møtt av mistro. Han forsøkte å gjennomføre rasjonaliseringstiltak og innsparinger, men det monnet ikke i forhold til de sterkt sviktende inntektene. Sølvverket ble offisielt nedlagt 1805, og 1700 mann mistet arbeidet. 1814 nedla Brünnich embetet og vendte tilbake til København.
Brünnich hadde i mange år samlet dokumenter og bearbeidet kilder fra norsk bergverkshistorie, et arbeid han fortsatte i København. 1819 utgav han Historiske Efterretninger om Norges Biergverker og 1826 Kongsberg Sølvbergverk i Norge. Flere av hans bergverkshistoriske manuskripter er utgitt i nyere tid. Brünnichs store samling av dokumenter til de norske bergverks historie oppbevares i det norske Riksarkivet.
Brünnichs bergverkshistoriske arbeider har vært viktige som kilder for ettertidens historieskrivning, selv om de i dag kan virke tunge å lese. Fremstillingen er kildenær og følger utviklingen strengt kronologisk ut fra de bevarte dokumenter. Sammen med det betydelige privatarkivet utgjør verkene en verdifull historisk arv.
Morten Brünnich var medlem av Det Kongelige Norske Videnskabers Selskab fra 1769 og æresmedlem av flere utenlandske vitenskapelige selskaper.