Som erkebiskop 1268–82 kravde Jon Raude full kyrkjeleg fridom, utan innblanding frå staten i kyrkjelege saker. Han var arkitekten bak forliket eller sættargjerda i Tønsberg 1277, men hans absolutte krav resulterte i brot med baronstyret etter Magnus Lagabøtes død. I ettertid vart det eit mål for kyrkja å halde på dei rettane ho oppnådde ved sættargjerda.
Jon Raude hadde bakgrunn som kannik ved domkapitlet i Trondheim, omtala første gong 1253 (sira Jon). 1266 oppheldt han seg i Roma og fekk i oppdrag av pave Clemens 4 å ta med seg tilbake til Noreg palliet til den nyoppnemnde erkebiskop Håkon. Håkon døydde alt 1267, og same år valde domkapitlet samrøystes Jon til hans etterfølgjar. Paven gav sitt samtykke, og innviinga fann stad i Viterbo i Italia 24. juni 1268.
Magnus Lagabøte var i slutten av 1260-åra i gang med det store lovarbeidet sitt. Han fekk vedteke nye lovbøker for Gulatingslag og dei austlandske lovområda, men då han 1269 møtte på Frostatinget, hadde Jon teke over som erkebiskop, og han sette foten ned. Kongen måtte avgrense revisjonen av Frostatingslova til berre å gjelde den verdslege retten.
Jon Raude markerte såleis frå første stund sitt standpunkt: Den kyrkjelege lovgjevinga var ei sak for kyrkja. Han gjekk straks i gang med å utarbeide sin eigen kristenrett, truleg ferdig 1273, og også Island vart drege inn i dette arbeidet, med biskop Arne i Skålholt som hjelpar. Grunnelementet i Jons kristenrett er kanonisk rett, men Anne Irene Riisøy og Bjørg Dale Spørck meiner å kunne påvise at han nytta lovarbeidet til Magnus Lagabøte som førelegg. I drøftingane med kongen stilte Jon krav om å få stadfest dei privilegia Magnus Erlingsson hadde gjeve til kyrkja: første røyst til biskopane ved kongeval og ofring av kongekrona til St. Olav som teikn på underkasting. Dette avviste kong Magnus blankt, men han gjekk likevel med på å utstyre kyrkja med større rettar. Drøftingane vart sluttførde 1273 (konkordatet i Bergen), og etter at paven hadde gjeve si godkjenning, vart avtalen endeleg vedteken ved sættargjerda i Tønsberg 9. august 1277.
I sættargjerda fekk kyrkja slått fast domsrett i alle kyrkjelege saker, både kristenrettssaker og klerkemål. Store økonomiske nyvinningar kom i tillegg: utvida rett til skattefritak og fritak for leidangsferd for erkebiskopen og biskopane, myntrett og utvida handelsprivileg for erkebiskopen o.a. Med tilleggslover 13. og 22. september 1277 vart også retten til bøter utvida, og kyrkja fekk nytt tiendregulativ (innteke i Jons kristenrett).
Dei framgangane Jon Raude oppnådde, har samanheng med at han som motpart hadde ein konge som var innstilt på fred og forsoning, og som i tillegg var merkt av sjukdom. Kongen døydde i mai 1280, og situasjonen vart brått ein annan då formyndarstyret for barnekongen Eirik tok over. Erkebiskopen hadde kalla inn til provinsialkonsil (bispemøte for kyrkjeprovinsen) i Bergen, det første vi kjenner til i Noreg, og under det parallelle riksmøtet krona han den nye kongen og forma den kongelege eiden. Samstundes ferda han ut eit statutt som definerer kyrkja både som åndeleg og verdsleg makt og presiserer dei kyrkjelege rettane og privilegia klårare enn nokon annan stad.
Like etter kroninga gjekk baronane til motaksjonar. Jons kristenrett med det nye tiendregulativet vart forkasta og myntretten til erkebiskopen kalla tilbake. Det viste seg også at den geistlege skattefridomen var lite verd, i og med at skatten vart lagd over på jordeigedomen. Jon Raude svara med ekskommunikasjon, men opplevde at det sterkaste våpenet han hadde, ikkje verka lenger. Både baronane og Jon vende seg til paven, men han heldt seg nøytral, truleg fordi han trong hjelp frå formyndarstyret til å få inn den føreskrivne korstogstienda. Baronane kunne setje hardt mot hardt, og det enda med at erkebiskopen og dei to næraste hjelparane hans, biskopane Andres i Oslo og Torfinn i Hamar, vart lyste utlæge. Erkebiskopen var til stades i Trondheim i børjinga av juni 1282, men i midten av september var han komen til Skara i Sverige. Opphaldet i eksil vart kort. Han døydde 21. desember 1282 og vart året etter førd tilbake til Nidaros og gravfest der.
Jon Raude tapte kampen mot baronane, mykje som følgje av at han ikkje viste vilje til kompromiss. Men han gav kyrkja eit program, og vi kan sjå på det som ein siger at Christian 1 1458 gjekk med på å fornye sættargjerda frå 1277.