Prest. Foreldre: Tollkasserer Hans Henrik Gunnerus (eg. Schaar) (1772–1825) og Anna Gotharda Gadebusch (1781–1848). Gift 23.7.1847 med Catharine Elisabeth Larsen (24.11.1807–17.1.1900), datter av skipper Ingebreth Larsen og Anne Kirstine Bruun.

Johan Ernst Gunnerus var en dogmatisk grundtvigianer, som på grunn av sitt konsekvente standpunkt blant annet i spørsmålet om trosbekjennelsens ordlyd kom i konflikt med så vel konservative krefter innenfor kirken som den pietistiske legmannsbevegelsen i de menigheter han betjente. Gunnerus' sak ble ført helt til Høyesterett, hvor han ble dømt for embetsforsømmelse, og han valgte senere å søke avskjed. Ved en revisjon av Alterboken mange år etter Gunnerus' død (1889) ble trosbekjennelsen tatt inn i den ordlyd han hadde kjempet for.

Gunnerus tok examen artium 1839 og ble cand.theol. 1844. Etter noen år som huslærer hos sognepresten i Vågå og deretter som førstelærer ved realskolen i Fredriksvern (Stavern), ble han 1858 utnevnt til stiftskapellan i Tromsø stift. 1860 fikk han det nyopprettede embetet som sogneprest i Rauland prestegjeld i Telemark, og fra 1866 var han sogneprest i Hemne i Sør-Trøndelag.

Gunnerus tilhørte en gruppe av norske prester som var påvirket av grundtvigianismen i dens dogmatisk-kirkelige form, der et viktig element var knyttet til den danske teologen N. F. S. Grundtvigs såkalte “mageløse Opdagelse” fra 1825: Grundtvig mente at den apostoliske trosbekjennelse var overlevert direkte fra Jesus til apostlene og fra dem videre til den levende kirke. Han mente også å kunne påvise hva som var denne trosbekjennelsens opprinnelige form. Det å holde fast ved denne formen ble dermed et sentralt anliggende for dem som sluttet seg til hans “Opdagelse”.

Ettersom Gunnerus sluttet seg til denne, kom han i strid med Alterbokens ordlyd, slik den hadde stått siden 1783. Allerede i Rauland var det konflikter rundt ham, men kanskje mest fordi han som embetsmann kombinerte angrep mot det han oppfattet som lokal ukultur med paternalistisk filantropi i forbindelse med uår og epidemier. Det var imidlertid først i Hemne at Gunnerus' grundtvigianisme skapte åpen konflikt. Det kom flere klagebrev rettet mot hans dåpspraksis fra et aggressivt pietistisk legmannsmiljø i menigheten. Kirkedepartementet forsøkte å løse saken administrativt, og 1869 ble han oppfordret til å søke avskjed, men en slik løsning avviste han. Samme høst ble han suspendert fra sitt embete.

Siden anklagene mot Gunnerus berørte hans forhold som embetsmann og han nektet å godta en administrativ løsning, måtte saken underlegges rettslig behandling innenfor rammene av den ennå gjeldende geistlige jurisdiksjon, som innebar at han skulle dømmes av sine embetsbrødre. I første instans ble det opprettet en prosterett, som sommeren 1870 idømte ham en bot på 100 spesidaler for embetsforsømmelse; rettens mindretall ønsket også å fradømme Gunnerus embetet. Saken ble imidlertid av Kirkedepartementet anket til neste instans i den geistlige jurisdiksjon, konsistorialretten i Trondheim, som i januar 1871 frikjente ham. Siden saken hadde viktige prinsipielle sider, ble den imidlertid anket nok en gang, nemlig til Høyesterett, som i januar 1872 fastholdt prosterettens dom. Gunnerus tiltrådte etter den endelige dom sitt sogneprestembete, men siden han fortsatt ikke ville endre sin ritualpraksis ved dåpen, fortsatte protestene. Samme år søkte og fikk han avskjed med pensjon.

Gunnerus var ingen betydelig teologisk tenker eller kirkelig leder, men saken mot ham ble en viktig symbolsk seier for de sterke konservative og konfesjonalistiske krefter i datidens kirkeliv, som mente at grundtvigianismen var en destruktiv og endog kjettersk bevegelse og at det var nødvendig å få kjent hans embetsførsel kirkerettslig illegitim.

Utslagsgivende for den rettslige behandling ble den formale embetsmannsforpliktelse, samtidig som den pietistiske legkmannsbevegelse kunne notere seg for en betydelig seier – “at Sjeleforførere skal være Sjelesørgere, det passer ikke,” het det i ettertid fra den kant.

  • Nogle Ord Raulands Menighed, især dets Gaardmandsstand i Kjærlighed tilegnet af dens Præst, Brevik 1863
  • Om Guds Ord eller om den saakaldte kirkelige Anskuelse, 1874
  • Bidrag til Belysning af Tilstanden og Begivenhederne i Hevne, i Mgbl. nr. 40–42/1870
  • Biografi i NFL, bd. 2, 1888
  • H. Blom Svendsen: biografi i NBL1, bd. 5, 1931
  • R. Berge: Vinje og Rauland, bd. 4, Stavanger 1975, s. 178f.
  • K. Aune: Hemneboka, bd. 2, Orkanger 1979, s. 38f.
  • E. Molland: Norges kirkehistorie i det 19. århundre, bd. 1, 1979, s. 289f.
  • T. Lysaker: Fra embetskirke til folkekirke 1804–1953, bd. 3 i Nidaros erkebispestol og bispesete, Trondheim 1987, s. 137f