Odontolog. Foreldre: Gårdbruker Johan Wærhaug (1864–1927) og Marthe Koller (1865–1919). Gift 1) 2.3.1936 i Engerdal med tannlege Astrid Marie Kristiansen (2.3.1911–2.11.2004; hun gift 2) 1952 med professor Ingjald Reichborn-Kjennerud, 1901–81, sønn av professor Ingjald Reichborn-Kjennerud, 1865–1949), datter av urmaker Peder Kristiansen (1868–1944) og Kirsten Helene Gausel (f. 1883), ekteskapet oppløst 1948; 2) 25.9.1948 med cand.philol. Kristina (“Nina”) Sandberg f. Anderberg (16.1.1920–), datter av direktør Ernst Anderberg (1882–1975) og Binea Österberg (1893–1960).
Jens Wærhaug ble møtt med skepsis og motstand da han i 1950-årene lanserte et nytt syn på årsaker til og behandling av periodontitt (tannløsningssykdom). Han forsvarte 1953 sin doktoravhandling The gingival pocket, der han hevdet at periodontitt er en infeksjonssykdom. Wærhaugs forskning representerte et paradigmeskifte innen dette fagfeltet, og det har vist seg at hans teorier i stor grad gjelder fremdeles.
Wærhaug vokste opp i Skedsmo og arbeidet hjemme på gården noen år før han som 22-åring tok examen artium ved Oslo katedralskole 1929. Han ble uteksaminert tannlege ved Norges Tannlegehøyskole 1933 og dr.philos. ved Universitetet i Oslo 1953.
En kort tid arbeidet Wærhaug som assistenttannlege i Kristiansand, Fetsund og Oslo før han etablerte egen praksis i hovedstaden 1935. Han ble 1940 assistent ved konserverende avdeling på Tannlegehøyskolen og var stipendiat samme sted 1945–50. Parallelt med dette hospiterte han ved Institutt for patologisk anatomi, UiO 1944–45 og var assistent ved proteseavdelingen ved Tandläkarhögskolan i Stockholm 1946–48. Wærhaug ble ansatt ved det nyopprettede Odontologisk Forskningsinstitutt og var forsker der 1950–56, avbrutt av forskningsopphold ved University of Minnesota, Minneapolis 1953–54. Han ble professor ved Norges Tannlegehøyskole, senere Det odontologiske fakultet, UiO 1956 og var der til han nådde aldersgrensen 1977. Wærhaug opprettholdt sin private spesialistpraksis i Oslo hele sin levetid.
I første halvdel av 1900-tallet verserte det mange teorier om årsaker til tannkjøttsykdommer og forklaringen på at tenner løsnet fra sitt feste i kjeven. Felles for dem alle var at de ikke var basert på naturvitenskapelig forskning, men på empiri og til dels “synsing”. Wærhaugs største fortjeneste var at han ut fra eksperimentelle studier på dyr og mennesker fastslo at bakteriebelegget langs tannkjøttkanten var den viktigste årsak til lokal betennelse i tannkjøttet (gingivitt). Han viste også at effektiv fjerning av bakteriebelegget kunne slå ned betennelsen og dermed forhindre utviklingen av periodontitt med tap av støttevev og påfølgende tannløsning.
Wærhaug hevdet at mennesker kan ha forskjellig motstandskraft mot periodontal sykdom, men at forebygging og behandling må være kausal og gå ut på å fjerne bakteriebelegget. Senere forskning på fagfeltet støtter opp om hans teorier, og dagens forskning dreier seg mye om hvordan man kan øke motstandskraften hos det enkelte individ og om hva som er den beste behandling ved alvorlig periodontitt med stort støttetap. Et problem som ennå ikke ser ut til å være løst, er om det er mulig å bygge opp tapt benvev rundt tannen.
Wærhaug var også aktiv innen tannlegeorganisasjoner både nasjonalt og internasjonalt, bl.a. formann i Oslo Tannlegeselskap 1955–56 og visepresident i Den norske tannlegeforening 1957–59, og han hadde flere oppdrag for Verdens helseorganisasjon (WHO), bl.a. i India 1975.
For sin pionerinnsats mottok han en rekke utmerkelser. Han ble utnevnt til æresdoktor ved universitetene i Leeds, Umeå og Lund og æresmedlem av tannlegeforeningene i Danmark og Finland, av American Academy of Periodontology og British Society of Periodontology. 1968 ble han utnevnt til ridder av 1. klasse av St. Olavs Orden.
Da Jens Wærhaug gikk av 1977, fortsatte han både som forsker og som tannlege i sin spesialistpraksis, men døde etter et kort sykeleie 1980. Hans siste artikler ble publisert etter hans død.