Språk- og kulturforsker. Foreldre: Konsul Hans Nicolay Knudtzon (1814–89) og Catharina (“Cathinca”) Sophie Dorothea Amalie Trampe (1831–79). Gift 14.4.1891 med Erika Johanne Bugge (9.3.1870–17.12.1902), datter av telegrafdirektør Jens Ulrik Ferdinand Bugge (1838–1906) og Anna Hermine Bugge (1840–1922). Sønnesønns sønn av Hans Carl Knudtzon (1751–1823); svoger til Anna Bugge Wicksell (1862–1928).

Jørgen Knudtzon var professor i semittiske språk 1907–17. Han er mest kjent som assyriolog og for å ha bevist at hettittisk er et indoeuropeisk språk.

Knudtzon tok examen artium ved Trondheims katedralskole 1872 og ble immatrikulert ved universitetet i Christiania samme år. Han tok teologisk embetseksamen 1880 og praktisk-teologisk eksamen 1883. Samtidig hadde han siktet seg inn mot vitenskapelige studier og skaffet seg solide kunnskaper i semittiske språk, særlig hebraisk, arabisk og akkadisk (babylonsk-assyrisk).

Etter et opphold i Trondheim 1880–82, der han bl.a. vikarierte ved katedralskolen, vendte Knudtzon tilbake til universitetet. Han startet nå sitt vitenskapelige arbeid, kombinert med undervisning i hebraisk språk. Allerede 1882 leverte han sitt første vitenskapelige bidrag, Textkritische Bemerkungen zu Lay 17,18. Med utpreget grundighet og klarhet bidrog han 1884 med noen bemerkninger til 23. opplag av W. Gesenius' Hebräische Grammatik og til den nye utgaven av Casparis Arabische Grammatik. Disse ble i detalj benyttet av utgiverne, men ikke trykt.

1885 fikk han et universitetsstipend for å studere gammeltestamentlig teologi og assyriologi i Tyskland. Etter to år kom han tilbake og gjenopptok sin undervisning i hebraisk. 1889 ble han tildelt et adjunktstipend med plikt til å forelese for teologer i vårsemesteret 1890. Han var også blitt oppfordret av professor Caspari til å kvalifisere seg i gammeltestamentlig teologi for å bli hans etterfølger. Flere av fagteologene fulgte hans forelesninger, men fant at de “manglede den theologiske aand”. Knudtzon hadde tatt den filosofiske doktorgraden på avhandlingen Det saakaldte Perfektum og Imperfektum i Hebraisk 1889. I likhet med hans første arbeider ble også dette betraktet som et pionerarbeid innenfor semittisk språkforskning. Om denne situasjonen sa Knudtzon selv: “Saa vendte jeg theologien ryggen og kastede mig over assyriologien.”

1891–93 oppholdt Knudtzon seg ved universitetene i London, Paris, Leipzig og Berlin for å studere assyriologi. Resultatet ble bl.a. artikkelen Zur assyrischen und allgemeinsemitischen Grammatik, en avhandling om akkadisk permansiv og tobindsverket Assyrische Gebete an den Sonnengott für Staat und königliches Haus aus der Zeit Asarhaddons und Asurbanipals. 1894 ble han tildelt et statsstipend for å fortsette sine assyriologiske studier med forelesningsplikt ved universitetet. Det ble gjentatt årlig til 1907, da han ble utnevnt til ekstraordinær professor i semittiske språk.

1895–97 var Knudtzon stadig på reisefot. På programmet stod inngående studier av kileskrifttekstene som i 1880-årene var blitt oppdaget i Tell-el-Amarna i Egypt. Disse inneholder korrespondanser mellom palestinske småkonger og egyptiske faraoer på 1300-tallet f.Kr. Arbeidet med disse ofte meget kompliserte tekstene skulle avgjort bli Knudtzons hovedverk: Die El-Amarna-Tafeln mit Einleitung und Erläuterungen. Verket gir alle tekstene i transkripsjon med oversettelse og saksopplysninger. Som tekstutgave gjelder verket stadig som noe av det mest fremragende som er prestert på assyriologiens område. I vitenskapelige arbeider blir tekstene uten unntak sitert med henvisning til Knudtzon, EA I–II.

Under arbeidet med brevtekstene fra Tell-el-Amarna støtte Knudtzon også på to som ikke var skrevet på semittisk språk. Med støtte fra Sophus Bugge og Alf Torp anså han disse brevene for å være avfattet på indogermansk. De ble utgitt i 1902, Die Arzawa-Briefe. Die ältesten Urkunden in indogermanischer Sprache. Senere funn i Lilleasia bekreftet at Knudtzons løsning av språkproblemet var rett. Språket var hettittisk.

I vitenskapelige kretser i inn- og utland er Knudtzons navn i ettertiden uløselig knyttet til assyriologiens historie og til det første bevis for gammel indogermansk kultur i Midtøsten.

  • Textkritische Bemerkungen zu Lay 17,18, 1882
  • Om det saakaldte Perfektum og Imperfektum i Hebraisk, 1889
  • Bemerkungen zu dem Aufsatze Jastrow's 'A cylinder of Marduktabikzirim' (Bd. IV, s. 301–23), i Zeitschrift für Assyriologie bd. 6, 1891, s. 163–165
  • Zur assyrischen und allgemeinsemitischen Grammatik, ibid., s. 299–310
  • Assyrische Gebete an den Sonnengott für Staat und königliches Haus aus der Zeit Asarhaddons und Asurbanipals, 2 bd., 1893
  • Die zwei Arzawa-Briefe. Die ältesten Urkunden in indogermanischer Sprache, 1902
  • Hvem er Sesostris, i VSK Forh,1905 nr. 9, 1905
  • Die El-Amarna-Tafeln mit Einleitung und Erläuterungen, 2 bd., Leipzig 1905–15
  • Stud. 1872,1897, 1912, 1922
  • P. C. B. Bondesen: Slægten Bugge,Nyborg 1909, s. 114f.
  • H. Birkeland: biografi i NBL1,bd. 7, 1936