Gerhard Armauer Hansen er uten sammenligning den mest berømte norske lege gjennom tidene. Hans oppdagelse av leprabasillen (1873) hører til pionerverkene i internasjonal medisin, og det var første gang man påviste at en basill kunne være årsak til kronisk sykdom hos mennesket.
Armauer Hansen var født i Bergen, i den gamle bydelen Kroken ved Mariakirken, rett bak Bryggen. Foreldrene fikk i alt 16 barn, og Gerhard var nummer 8. Han tilbrakte mye av sin tidlige barndom på Askøy utenfor Bergen hos en tante og onkel som var barnløse, og det heter at han ble sunn og sterk av gårds- og landliv. Da Gerhard var 10 år gammel, gikk faren fallitt, og det ble en vanskelig økonomisk situasjon for hele familien. Men det ble likevel råd med skolegang, og 1859 ble Gerhard dimittert til examen artium fra Bergens katedralskole.
I studietiden i Christiania (som han måtte finansiere selv, bl.a. gjennom å ta lærervikariater) ble Armauer Hansen påvirket av tanker i tiden og deltok aktivt i forskjellige diskusjonsfora. Han fikk også flere venner som senere ble kjente universitetslærere og forskere. 1866 tok han medisinsk embetseksamen og var deretter et år som kandidat på Rikshospitalet. Våren 1868 var han fiskerlege i Lofoten i et par måneder, for så å vende tilbake til Bergen, der en fast legestilling ventet. Studietiden med sterke ideologiske meningsbrytninger hadde satt sine spor. Han var blitt fritenker og stod i opposisjon til gjeldende læresetninger i samfunnet.
Utover i første halvdel av 1800-tallet økte forekomsten av sykdommen lepra (spedalskhet) i Norge. De fleste tilfellene fantes rundt fjordene på Vestlandet og ikke i selve Bergen, slik en kanskje ville ha ventet på grunn av byens store samhandel med andre land. Det ble imidlertid Bergen som tok hånd om de syke. Her hadde man hatt hospitaler knyttet til klostrene allerede i middelalderen, og St. Jørgens hospital i Marken tok fremdeles imot pasienter til pleie. I 1850-årene var det imidlertid blitt så mange pasienter at det måtte settes opp to nye hospitaler, Pleiestiftelsen for spedalske nr. 1 og Lungegårdshospitalet.
Armauer Hansen ble tilsatt som lege ved Pleiestiftelsen nr. 1 og St. Jørgens hospital fra 1. januar 1868. Her ble han medarbeider til den allerede berømte overlege Daniel C. Danielssen. Da Danielssen ble tilsatt som lege ved leprahospitalet 1839, begynte han straks med systematiske studier av sykdommen, etter hvert i samarbeid med Carl Wilhelm Boeck. De studerte symptomer, hvordan sykdommen utviklet seg og hvordan organene forandret seg, slik det kunne observeres ved obduksjon. Bergen ble et sentrum for studier av den spedalske sykdom, og Danielssens arbeid, som etter hvert også omfattet mikroskopundersøkelser av sykt vev, var med på å legge grunnlaget for patologi som fag i Norge.
Armauer Hansen gikk energisk opp i arbeidet med de syke, og allerede 1869 skrev han en artikkel om spedalskheten. Samme år fikk han Skjelderups gullmedalje for avhandlingen Bidrag til Lymphekjertlernes normale og pathologiske Anatomi. 1870–71 gjennomførte han studieopphold i Bonn og Wien for å sette seg nærmere inn i mikroskopering og vevenes oppbygging. På denne tiden arbeidet Louis Pasteur i Paris og andre mikrobiologer aktivt med å kartlegge sykdommer som skyldtes ulike bakterier. Under europaoppholdet ble Armauer Hansen også kjent med Darwins utviklingslære, som gjorde et sterkt inntrykk på ham.
Armauer Hansen giftet seg 1873 med overlege Danielssens datter Fanny, men hun døde av tuberkulose allerede i oktober samme år. To år senere giftet han seg på ny, denne gang med enken Hanne Tidemand. Hun hadde vært gift med maleren Adolph Tidemands sønn og satt igjen med to små barn. I det nye ekteskapet fikk Hanne og Armauer Hansen en sønn, Daniel Cornelius Armauer Hansen (1876–1950), som førte slekten videre. Også han ble lege på Lungegårdshospitalet, etter at det var gjort om til sykehus for tuberkuløse.
Etter hjemkomsten til Bergen 1871 arbeidet Armauer Hansen videre med leprasykdommen. Han reiste også rundt på øyene utenfor Bergen og undersøkte pasienter. På grunnlag av nøyaktige nedtegnelser kunne han fastslå at alle pasientene på et eller annet tidspunkt hadde vært i kontakt med andre leprapasienter. Sannsynligheten for at det var en smittsom sykdom var derfor stor. Hansen kom straks i opposisjon til sin sjef, overlege Danielssen, som mente at lepra ikke kunne være infeksiøs. Podingsforsøk på mennesker hadde ikke gitt noe resultat, og dessuten pleide ikke sykdommen bli overført mellom ektefeller. Danielssen mente derfor at sykdommen var arvelig.
Det ble skaffet penger til et nytt og bedre mikroskop, og en februarkveld 1873 satt Armauer Hansen på Pleiestiftelsen og mikroskoperte. I materiale fra en pasient fikk han plutselig øye på noen stavformede legemer, som han identifiserte som bakterier. Han skrev en større rapport, som ble trykt på norsk. Men han var ikke fornøyd: For det første gjenstod det å vise at disse bakteriene virkelig var årsak til sykdommen, og dertil mente han det var nødvendig å farge dem slik at man kunne se dem skikkelig.
Armauer Hansen forsøkte nå å farge leprabasillene. Han prøvde også å pode basillene på forskjellige dyr, men uten hell. 1879 kom den unge tyske bakteriologen Albert Neisser til Bergen for å studere den spedalske sykdom. Armauer Hansen viste ham sine preparater med basillene, og de diskuterte også problemene med å få dem farget. Neisser bad om å få med seg noen preparater, og etter hjemkomsten lyktes det ham å farge dem ved bruk av noen nye fargereaksjoner som var utviklet i Tyskland. Han publiserte straks resultatene i et tysk fagtidsskrift, men uten å nevne Armauer Hansen, selv om han skrev at han hadde skaffet seg sitt materiale i Bergen.
Armauer Hansen skrev nå artikler om sin oppdagelse som ble publisert på engelsk, tysk og fransk, og det ble en heftig strid om prioritet på oppdagelsen. Noen tyske forskere forsøkte å kalle leprabasillen for Neissers basill. Den kjente patologen Rudolf Virchow ble også involvert i saken. Etter en grundig gjennomgang konkluderte han med at det var Armauer Hansen som burde ha prioritet på oppdagelsen. Siden har mange kalt leprabasillen for Hansens basill, selv om det offisielle navnet nå er Mycobacterium leprae.
Riktignok hadde Armauer Hansen påvist basiller i materialet fra knuter hos leprapasientene, men noe annet var det å bevise at disse var årsak til sykdommen. Danielssen hadde tidligere gjort en rekke forsøk med å pode materiale fra leprapasienter, men uten hell. I et forsøk på å skaffe bevis, podet Armauer Hansen materiale fra en annen leprapasient på en 32 år gammel kvinnelig pasient på Pleiestiftelsen uten hennes samtykke. Inngrepet forårsaket ikke noen skade, men kvinnen klaget over måten hun var blitt behandlet på. I mai 1880 ble Armauer Hansen fradømt sin stilling som lege ved Pleiestiftelsen, men han fikk beholde sin stilling som overlege for den spedalske sykdom i Norge (som han hadde vært konstituert i siden 1875), og denne hadde han til sin død. Dommen var historisk på flere måter: Det var første gang det ble avsagt en dom om eksperimenter på mennesker. Det var også høyst uvanlig å dømme en høytstående embetsmann for noe som mange betraktet som en mindre forseelse. Samtidig var dommen med på å skape presedens for vern av pasienter mot uhjemlede inngrep.
Armauer Hansen fikk nå arbeidsplass på Bergens Museum, og her arbeidet han i seks år. 1888 foretok han en studiereise til USA for å granske lepra hos innvandrere fra Norge. Han fortsatte også arbeidet sitt som overlege for den spedalske sykdom.
Armauer Hansen var i en årrekke medlem av styret for Bergens Museum, hvor hans svigerfar var preses, og han etterfulgte ham i dette vervet 1894. Han var aktivt med på forskjellige zoologiske og biologiske undersøkelser, og bidrog blant annet sammen med Danielssen til at Biologisk stasjon i Bergen ble opprettet 1892. Som redaktør og flittig skribent i det populærvitenskapelige tidsskriftet Naturen skrev han tallrike artikler om medisinske og biologiske emner. Ikke minst var han sterkt engasjert i å utbre Darwins evolusjonslære og holdt en rekke populærvitenskapelige foredrag om dette emnet. Han skrev også om hvalfangst og forskjellige emner knyttet til sjølivet, i tillegg til at han var med på å bearbeide innsamlet biologisk materiale fra en vitenskapelig ekspedisjon til Nordishavet.
Mot slutten av livet fikk Armauer Hansen en rekke internasjonale æresbevisninger og ordener for oppdagelsen av leprabasillen. Han var medlem av Videnskabs-Selskabet i Christiania (nå Det Norske Videnskaps-Akademi) fra 1885, av Det Kongelige Norske Videnskabers Selskab fra 1901 og æresmedlem av Svenska läkaresällskapet. Han ble utnevnt til ridder av 1. klasse av St. Olavs Orden 1892, fikk kommandørkorset 1901 og ble kommandør av 1. klasse 1909; samme år var han ærespresident ved den internasjonale leprakongressen som ble holdt i Bergen. 1901 ble en byste av ham avduket i parken ved Bergens Museum.
1910 utgav Armauer Hansen sine livserindringer i bokform. De gir en levende skildring av hans oppvekst i Bergen, studietid og faglige virke, men det står ingenting om podingsforsøkene og rettssaken. Armauer Hansen døde 1912 under en embetsreise til Florø. I likhet med svigerfaren Danielssen var Hansen en ivrig tilhenger av kremasjon, og hans urne ble satt ned under hans byste i Museumshagen.