Gerhard Fischer var pioner innan norsk mellomalderarkeologi og bygningshistorisk forsking, og han sette i over 60 år klart preg på norsk mellomalderforsking. 1915 busette han seg i Kristiania, og han kom resten av livet til å ha den sjølvteikna villaen på Nordstrand som base for det landsomfattande arbeidet sitt. Han arbeidde særleg med monumentalbygg i stein, både ruinar og ståande bygningar, og leia bygningsarkeologiske undersøkingar av dei fleste større monumentalanlegga frå norsk mellomalder, i tillegg til i ei rekkje andre kyrkjer, kloster og borganlegg spreidde over heile Sør-Noreg. Kona hans, kunsthistorikaren Dorothea Fischer, stod sentralt i arbeidet, som etter 1932 for ein stor del var eit samarbeid mellom forskarparet.
Fischer var utdanna frå Bergens tekniske skole (1908), Håndverks- og Kunstindustriskolen i Kristiania (1912–13) og Kunstakademiet i København (1913–14). Alt som student gjennomførte han oppmålingar av fleire antikvariske anlegg på Vestlandet. Han utførte også oppdrag som prosjekterande arkitekt, dels som sjølvstendige arbeid og dels som assistent for faren og seinare for arkitekt Jens Z. M. Kielland, som begge betydde mykje for utviklinga hans.
1912 gjennomførte han si første arkeologiske utgraving, av Margaretakyrkjeruinen i Borgund på Sunnmøre. Ved krigsutbrotet 1914 vart Fischer kalla heim som nøytralitetsvakt og fekk difor aldri fullført studia. 1915 vart han tilsett som arkitekt ved Ingeniørvåpenets kontor i Hæren. 1916–26 var han tilsett ved Statsbanenes arkitektkontor, og fekk frå 1917 av det arkeologiske tilsynet med dei omfattande utgravingane for jernbane gjennom det gamle Oslo. I dei neste 17 åra var Gamlebyen Fischers viktigaste arbeidsplass, der han i tillegg til monumentalanlegga også arbeidde med bygrunnen elles. Dette vart ei viktig skoleringstid, der han la det første eigentlege grunnlaget for den faglege mellomalderarkeologien i Noreg. Som tilsett i Oslo kommune 1926–32 planla og realiserte han Minneparken i Gamlebyen, den første ruinparken av sitt slag i Norden. Deretter vart Fischer sagt opp, og han fekk såleis ikkje bearbeida det arkeologiske forskingsmaterialet vidare.
Alt samtidig med arbeidet i Gamlebyen hadde Fischer hatt oppdrag fleire stader i landet, og han heldt i 1930-åra som frilansar fram med liknande arbeid ved t.d. klosterruinen på Hovedøya, Sverresborg i Trondheim og Bergenhus i Bergen. Frå 1938 til han vart pensjonert 1960 var Fischer konservator (frå 1952 førstekonservator) ved Universitetets Oldsaksamling, der han på grunn av den landsomfattande verksemda fekk ei særordning: Dei museale oppgåvene vart for det meste utførte i vinterhalvåret og for ein stor del av Dorothea Fischer, som i tillegg til magistergraden i kunsthistorie hadde museumsutdanning frå Norsk Folkemuseum.
Like før og etter 1940 fekk Fischer dei arbeidsoppgåvene som kom til å prega resten av livet til forskarparet: Undersøkingane av Utstein kloster, Stavanger domkyrkje, Nidarosdomen og nye undersøkingar av Bergenhus. Frå 1952 av kom også Erkebispegården i Trondheim til. Feltarbeida med desse anlegga heldt fram også etter at Fischer vart pensjonert, og enda for dei fleste av oppdraga sin del i større eller mindre publikasjonar. Fischer tok del i dei historiske utstillingane i Oslo (1924 og 1950) og Trondheim (1930), der m.a. modellar vart nytta som pedagogiske framstillingsformer, og forskarparet hadde også ansvaret for mellomalderutstillinga ved Universitetets Oldsaksamling 1946–71.
Gjennom studiar av den historiske utviklinga i bygningskompleks kom Fischer fagleg sett til å halde seg i grenseland mellom arkeologi, arkitekturhistorie og historie. Han vart aldri skikkeleg akseptert i det arkeologiske fagmiljøet, dels av di mellomalderen i Fischers tidlege samtid meir vart sett på som historikarane og kunsthistorikarane sin periode og dels som følgje av den metodiske tilnærmingsmåten Fischer som arkitekt hadde til faget. Som bygningsarkeolog stod Fischer både for tradisjonelle arkeologiske utgravingar og for analysar av ståande murverk og bygningsledd, der han metodisk sett utvikla og la stor vekt på oppmålingar bygd på koordinatsystem, i mindre grad på stratigrafisk kontekst med registrering av gjenstandsfunn. Fischers arbeidsfelt omfatta også konservering og restaurering av bygningar, altså eit antikvarisk arbeid. Fischer bar både som bygningsarkeolog og som arkitekturhistorikar preg av å vera ein oppdagar og innsamlar av data, og la i dei fleste framstillingane meir vekt på å presentera sjølve anleggets strukturelle historie enn å plassera det i ein større internasjonal kontekst.
Fischers publikasjonar er karakteriserte av ein personleg, forteljande stil, gjerne forma som ei “vandring” rundt i det anlegget han omtalar. Eit anna karakteristikum er bruken av skriftlege kjelder, som gjorde at han fekk levandegjort framstillingane sine. Det omfattande dokumentasjonsmaterialet, bygd på dei mange og til dels samtidige oppgåvene rundt om i landet, førte for fleire av undersøkingane til at Fischer berre fekk publisert mindre, populærvitskaplege framstillingar, bygd på ein selektiv del av det samla materialet.
Ved ei vurdering av Fischers forskingsinnsats er ikkje berre publikasjonane hans viktige, men også dokumentasjonsmaterialet (dagbøker, rapportar, foto og oppmålingar) frå dei mange bygningsarkeologiske undersøkingane han leia. Dette sentrale grunnlagsmaterialet for framtidig forsking blir no oppbevart i Riksantikvarens arkiv.
Gerhard Fischer var i samtida akseptert som landets fremste spesialist på mellomalderens steinarkitektur. Han var ein fargerik person, som saman med den oppofrande Dorothea Fischer hadde mellomalderforskinga som ei livsform. Rundt forskarparet danna det seg eit fagmiljø som førte forskinga på mellomalderens monumentalbygningar vidare.
Fischer var medlem av Det Norske Videnskaps-Akademi frå 1947 og Det Kongelige Norske Videnskabers Selskab frå 1948. Han fekk St. Hallvard-medaljen 1956, vart kommandør av 1. klasse av St. Olavs Orden 1965 og fekk Oslo bys kulturpris 1969. Han vart æresmedlem i Society of Antiquaries of Scotland 1969 og i Society of Antiquaries of London 1971.