E. F. B. Horn var en original og allsidig begavet teolog og filosof. Han hadde utpregede estetiske evner, var en utmerket essayist og en avholdt predikant, og hans 32 skrifter spenner fra komedier og litteraturhistoriske verker til prekensamlinger og vitenskapelige avhandlinger.
Horn vokste opp i Kristiansand, hvor faren var prokurator. Hans erindringer fra skoletiden er langt fra lyse. Kameratene var “raa, vilde gutter, blant hvilke jeg vandret om som en skyteskive for deres vittigheter”. Bedre gikk det i Trondheim, da faren 1843 ble sorenskriver på Nordmøre. Horn tok examen artium 1848 og tok først fatt på det juridiske studium, men skiftet snart til det teologiske. I studietiden besvarte han både en filosofisk og en teologisk prisoppgave. 1854 tok han teologisk embetseksamen.
1858 ble Horn lærer ved Asker seminar. Hans kollega Nils Hertzberg beskriver ham som en rikt begavet natur, som burde ha funnet sin plass ved universitetet. Horn satt inne med et uuttømmelig forråd av tanker og ideer som han strødde om seg hvor han stod og gikk. Ved seminaret behersket han alle fag, unntatt gymnastikk, hvor hans undervisning var så underholdende at de øvrige lærere møtte opp for å se på. 1861–62 studerte han filosofi i Tyskland med offentlig stipend. Som den første i universitetets historie leverte han inn en avhandling til vurdering for den teologiske doktorgrad, men den ble refusert. Han utgav flere skrifter med presise analyser av norsk teologi og de ulike kirkelige retninger. 1867 disputerte han for den filosofiske doktorgrad på en avhandling om Begrebet Ære. Samme år ble han utnevnt til res.kap. i Nes på Romerike og tok praktisk-teologisk eksamen.
Horn var opptatt av å formidle mellom religion og kultur, og han utviklet en egen kunstfilosofi. 1868 utgav han 10 foredrag om De skjønne Kunster i deres Forhold til Religionen. Han utviklet seg fra en hegelsk til en mer realistisk posisjon, men var likevel meget selvstendig. I 1870- og 1880-årene holdt han flere foredragsserier hvor han stilte diagnoser for kulturutviklingen i Norge. Et oppgjør med den tradisjonelle forsoningslære (1875) førte til sterk kritikk fra Fredrik Petersen. For Horn innebar forsoningen en restituering av gudsbildet. Han hadde en usvikelig tro på menneskets og kulturens utviklingspotensial, og i så måte var han en tidlig representant for kulturprotestantismen. Kritikken gikk hardt inn på Horn, som resten av livet opplevde seg stemplet som liberal.
Arbeidet som garnisonsprest og sogneprest i Horten 1875–82 slet på Horns helse, ikke minst arbeidet som formann i fattigkommisjonen. 1882–98 var han garnisonsprest ved Akershus slottskirke og skrev i denne tiden en rekke vitenskapelige avhandlinger, med vekt på personlighetsfilosofi, erkjennelsesteori, antropologi og etiske spørsmål. Han forsøkte å forene de religiøse følelser med det virkelige liv. Livets skjønnhet, tankens klarhet, den estetiske nytelse, alt dette var for Horn hellige ting og uttrykk for Guds godhet. Frykt og forakt for disse ting ble derfor for ham en gudsbespottelse. Hans fremste kritikk mot den åndløse religionsutøvelse var fraværet av det varme smil, det trofaste håndtrykk og en hjertelig spøk.
1879 ble Horn innvalgt i Videnskabs-Selskabet i Christiania (nå Det Norske Videnskaps-Akademi). 1891 ble han utnevnt til ridder av 1. klasse av St. Olavs Orden.