Som direktør i Det Nordenfjeldske Dampskibsselskab (NFDS) fra 1899 var Eilert Bull Simonsen en av de første ansatte lederne i norsk skipsfart; inntil da hadde eierne (dvs. rederne) nesten alltid selv styrt bedriftene.
Bull Simonsen kom som ung gutt til Trondheim, der han ble elev på Den borgerlige Realskole. Som 16-åring fikk han ansettelse på et skipsmeglerkontor og arbeidet senere ved forskjellige dampskipsekspedisjoner i Trondheim, Bergen og utlandet inntil han 1894 ble direksjonssekretær i Det Bergenske Dampskibsselskab.
Juni 1899 ble Bull Simonsen ansatt som NFDS' første direktør. “Og med Bull Simonsen gikk Nordenfjeldske inn i en ny tidsalder,” skriver Rolf Danielsen i sin rederihistorie. Frem til da hadde selskapet vært et slags felles infrastrukturtiltak for handelsstanden i Trondheim. Det skulle sikre forbindelsen til Hamburg, gi trondheimsgrossererne adgang til markedene i Nord-Norge og fremme byens interesser i konkurransen med Bergen.
Kystfarten kunne imidlertid ikke gi store overskudd eller spillerom for Bull Simonsens ærgjerrighet. Som profesjonell shippingmann ville han drive rederiet etter rent forretningsmessige prinsipper. Dette brakte ham i konflikt med direksjonen og mange av aksjonærene, men han fikk likevel sin vilje igjennom. Han effektiviserte administrasjonen og gikk iherdig inn for å få driftskostnadene og kullforbruket ned. 1901 tok han initiativet til stiftelsen av Ruteskibenes Rederiforening for å få slutt på fraktkrigene. Målet var en kartellisering av kystfarten gjennom å lage felles fraktregulativer. Ved å begrense konkurransen skulle rederienes overskudd økes.
1903 fikk Bull Simonsen konvertert rederiets store diskontogjeld til et mye rimeligere obligasjonslån og kunne dermed begynne et forsiktig byggeprogram. Med høykonjunkturen fra 1906–07 skjøt ekspansjonen fart. Ved utbruddet av den første verdenskrig var flåten økt fra 19 til 37 skip, målt i tonnasje var den mer enn doblet. I tillegg til den tradisjonelle kystfarten åpnet Nordenfjeldske ny rutefart på Østersjøen, Rouen/Calais og Newcastle. Dessuten satte Bull Simonsen skip inn i internasjonal trampfart. Også rent teknisk ble rederiet rustet opp. 1908 fikk alle hurtigruteskipene kjølemaskineri for transport av fersk fisk, og året etter ble Kong Harald, som første skip i den norske hjemmeflåten, utstyrt med radiotelegraf.
Bull Simonsen satset på turisttrafikken og ble en pioner i bruken av moderne markedsføring. Han engasjerte raskt et britisk reklamebyrå og brukte deres materiell ved verdensutstillingen i Paris 1900. Seks år senere opprettet han en egen passasjer- og reklameavdeling i rederiet, og 1909 ble reklamemannen Robert Millar knyttet til rederiet. 1913 fikk Bull Simonsen NSB, Bergenske og Fred. Olsen med på å opprette et felles norsk passasjerkontor i London. For å lokke til seg overklasseturister sørget han for å bedre bevertningen på hurtigruten.
1913 tok Nordenfjeldske spranget ut på de store hav, da Otto Thoresen tok initiativet til Den norske Syd-Amerikalinje. Ruten gikk fra Trondheim via vestlandsbyene til Brasil og Argentina. Til tross for motstand fra direksjon og aksjonærer fikk Bull Simonsen kjempet igjennom at Nordenfjeldske skulle delta, og linjen ble raskt en glimrende forretning.
Etter krigsutbruddet 1914 ble utenriksfarten mye mer lønnsom enn kystfarten. Samtidig kom et sterkt politisk og opinionsmessig press mot selskapet for å opprettholde kommunikasjonene langs kysten. For Nord-Norge var dette selve livsnerven. Bull Simonsen erklærte rolig at selskapet måtte handle forretningsmessig, men opprettholdt mesteparten av kystfarten inntil videre. Han forstod det politiske spillet, og spørsmålet ble løst 1917, da Stortinget bevilget 8 millioner kroner i ekstra subsidier til hurtigruterederiene.
Bull Simonsen var en hard forretningsmann og en langsiktig strateg. Allerede 1915 advarte han mot krigstidens aksjespekulasjon og skrev at de kunstig høye skipsprisene kunne få destruktive virkninger, men han kom til kort mot sine egne aksjonærer. Fra 1915 til 1918 ble rederiet tappet for 13 millioner kroner i utbytte, dvs. mer enn halvparten av selskapets overskudd og forsikringsutbetalinger. 4 av Nordenfjeldskes skip ble senket høsten 1916 og 7 i 1917, nesten 40 % av tonnasjen. Rederiet hadde allerede inngått 12 nybyggingskontrakter på relativt gunstige vilkår, men for å opprettholde driften, kjøpte det nå flere skip til høye priser.
Til tross for den svekkede kapitalbasen fortsatte Bull Simonsen vekstlinjen etter at det ble fred. 1920 opprettet han en ny Middelhavslinje med en langrute på Hellas og en kortrute på Spania, en rute mellom Liverpool og Østersjøen, en Syd-Amerikalinje sammen med Selmers rederi og en rute mellom Nord-Amerika og Finland/Petrograd sammen med Stray & Co. i Kristiansand. Like etter kollapset fraktmarkedene. Muligens kunne den begavede Bull Simonsen ha berget situasjonen, men han ble nå rammet av kreft og døde etter en operasjon i Berlin 1922. Rolf Danielsen forklarer Bull Simonsens nesten rastløse iver i 1920 med at han levde på lånt tid. Hvis han skulle få realisert sine planer, måtte det skje raskt.
Bull Simonsen var en merkantil og teknisk modernisator og en dyktig forhandler, som evnet å inngå strategiske allianser. Han satt i direksjonen for Norges Rederforbund, Nordisk Skibsrederforening og Den norske Handelsbank m.m. Samtidig hadde han et sosialt og kulturelt engasjement overfor sjøfolk. Til rederiets 50-årsjubileum 1907 engasjerte han den senere riksarkivar Kristian Koren og James Pedersen til å skrive Den ældre norske dampskipsfarts historie, et nøkkelverk innenfor vår maritime litteratur.
Eilert Bull Simonsen er et eksempel på hvor skapende et enkeltmenneske kan være. Under hans ledelse blomstret Trondheims skipsfart. Etter hans død falt imidlertid mesteparten av hans livsverk sammen; det fantes ikke noe bredt kompetansemiljø som kunne bære arven videre.