Christoffer Knutsen var prest og liberal Høyre-politiker og fylte den vanskelige rollen som kirkeminister i 1905-regjeringen.
Knudsen vokste opp i et haugiansk preget arbeidermiljø i Drammen. Han ble student 1861, cand.theol. 1867, og underviste en tid ved Drammen Latinskole til han 1868 ble kateket i Mandal. Her gjorde han seg bemerket som en varm misjonsvenn, og 1876 ble han sekretær i Det norske Missionsselskab, redaktør av dets blad og lærer ved misjonsskolen i Stavanger. 1880 ble han sogneprest i Nedre Eiker, 1886 res.kap. i Bragernes, deretter sogneprest i Tønsberg (1898) og prost i Søndre Jarlsberg (1904). Hans siste embete var som sogneprest i Bragernes 1906–13.
Knudsen var en folkelig og livfull predikant, munter og liketil i omgang med mennesker og med en aktivitetstrang som stadig førte ham inn i folkevalgte verv. I Eiker ble han raskt medlem av formannskapet og ved kommunedelingen ordfører i Nedre Eiker. I Drammen ble han medlem av bystyret og 1890 varaordfører. 1895–1900 var han stortingsrepresentant fra Drammen, og da han flyttet til Tønsberg, fikk han en tredje periode derfra. Da han 1903 avslo gjenvalg, regnet han seg som ferdig med politikken for godt, men Høyres krav om en fjerde statsrådsplass i Christian Michelsens regjering førte ham inn til fortrengsel for den påtenkte kirkeminister, venstremannen Vilhelm Wexelsen. Som de øvrige statsråder hadde Knudsen lovt å la alle stridsspørsmål vike til unionsoppløsningen var fullført, og han lot seg overstemme i regjeringen ved utnevnelsen av Wexelsen til biskop i Trondheim. For dette ble han voldsomt kritisert både personlig og teologisk, men da han anså Wexelsen fullt kvalifisert, var det lett for ham å godta utnevnelsen og bære kritikken.
Vanskeligere ble “professorstriden”, utnevnelsen av Johannes Ording til professoratet i systematisk teologi som var blitt ledig 1903. Ording var den ledende liberale teolog og var blitt ulikt vurdert av to bedømmelseskomiteer. Knudsen selv var en frilynt teolog, og i en “foreløpig henvendelse” til regjeringens medlemmer tok han avstand fra de kampbetonte ensidigheter på begge sider. Men han kunne ikke godta Ordings klare brudd med bekjennelsesskriftene og anså dessuten Ording som “en forholdsvis ubetydelig mand”, som hadde oppnådd sin posisjon gjennom sine “særmeninger”. Knudsen foreslo et kompromiss med to professorater, men da dette ikke ble godtatt, ble saken stilt i bero til januar 1906, da Knudsen var fri til å gå av i protest.
Tross denne og andre lojalitetspåkjenninger forble samarbeidet i regjeringen under Michelsens ledelse et av Knudsens lyseste minner, og han bidrog selv uten tvil til kristenfolkets oppslutning om unionsoppløsningen. Men innen regjeringen hadde samhørigheten sine grenser. Da presten Christopher Bruun bekjentgjorde at han ville holde “bibellesninger” mot 7. juni-beslutningen, var Knudsen innstilt på å nekte ham bruk av kirken. Han bøyde seg imidlertid for Michelsens betenkeligheter, men da så andre statsråder fikk Michelsen til å skifte mening, sa Knudsen nei til å endre standpunkt for annen gang. Det ble Justisdepartementet som fikk i oppgave å gjennomføre stengningen.
Med utgangspunkt i det vakte legfolk var det naturlig for Knudsen, som bl.a. hadde tatt initiativet til at Lars Skrefsrud fikk ordinasjon, å stå som en av innbyderne til dannelsen av Menighetsfakultetet og motta valg som den første formann for dets forstanderskap. Hans grunnholdninger gav seg også sosialpolitisk uttrykk, som da han i Tønsberg skolestyre skapte flertall for fritt skolemateriell til alle, for at ikke “noen barn skulle få fattigstempel på seg”.
Christoffer Knudsen ble utnevnt til ridder av 1. klasse av St. Olavs Orden 1900 og til kommandør av 1. klasse 1907. Han var også innehaver av 7. juni-medaljen.