Skolert som en lærd verdensmann etter en lang dannelsesreise i Europa var Friis kongens kansler i Christian 4s første 20 regjeringsår. Han bidrog til at den lutherske ortodoksien seiret og til at kongen satte i gang en kampanje for å disiplinere befolkningen.
Friis var brorsønn til Christian 3s kansler, Johan Friis, som sendte ham til Rostock i tiårsalderen til et fem års studieopphold. Siden fulgte studier ved en rekke læresteder i Tyskland, Frankrike, England og Italia. Etter 14 år i utlandet vendte han 1580 tilbake til Danmark og arbeidet i Rentekammeret og Danske kanselli før han 1583 ble forlent med Trondheim len.
Friis ryddet opp i det administrative rot som forgjengerne hadde etterlatt seg, særlig i kirken – Norge nord for Dovre var blitt forsømt etter reformasjonen. Han skaffet seg 1586 fullmakt fra kongen til sammen med biskopen og to kanniker i Trondheim å reise rundt i bispedømmet, undersøke forholdene og fremme forslag til forandringer. Undersøkelsen (Trondhjems stifts reformats) ble utført 1587–88. Den dokumenterte at prestegjeldene var altfor store, at det for sjelden ble holdt gudstjenester i annekskirkene og at det var for få prester til å betjene befolkningen. Som en følge av kommisjonens arbeid ble det i årene som fulgte, opprettet flere prestegjeld og innsatt flere prester.
Både som lensherre og senere som kansler og riksråd ble Friis satt til å opptre som forhandler om suvereniteten på Nordkalotten. 1586 reiste han til Vardøhus og Kola som utsending for kongen sammen med lensherren på Vardøhus og eksperter på nordområdene for å skaffe seg opplysninger om den norske kronens rettigheter og forhandle med utsendinger fra tsaren, men russerne kom ikke. I årene før og under Kalmarkrigen (1611—13) deltok Friis gjentatte ganger i forhandlinger mellom danske og svenske riksråder der overhøyheten over Nordkalotten var et viktig stridsemne. Han kan ha bidratt til at svenskene i det minste ble hindret i å sette seg fast i kystområdene fra Tysfjord og nordover, men han medvirket åpenbart til at riksrådet bremset på Christian 4s ønske om å ta et oppgjør med svenskene om Nordkalotten.
Formynderregjeringen for Christian 4 gav 1589 Friis Antvorskov slott på Sjælland i forlening. Han vant den unge Christian 4s tillit, og 1596 ble han kongens kansler og riksråd. Han mislikte slendrian og gjorde sitt til at det ble grepet inn mot lensherrer som opptrådte uryddig overfor bøndene; Ludvig Munk ble samme år fratatt Trondheim len og Tycho Brahe mistet Nordfjord len. Her kom Friis' legalisme bøndene til gode – i andre saker, særlig ved rettsoppgjøret etter Kalmarkrigen – medvirket han til at bønder ble straffet for sin ulydighet. Tillitsforholdet mellom kongen og Friis holdt seg, selv om det ble satt på prøve ved at Friis hevdet det danske riksrådets selvstendige myndighet.
Som universitetets tilsynsfører støttet Friis tidens strengeste teolog, professor og senere biskop Hans Poulsen Resen, som 1607 satte i gang en ensrettingskampanje som førte til at professorer, prester og endog en biskop ble avsatt fordi de ikke var konsekvent luthersk ortodokse. Denne kampanjen rammet også norske prester med katolske sympatier, noe som ikke bare hadde betydning for rent kirkelige forhold, men også fordi Christian 4s regime gradvis ble mer autoritært. Dette medførte en økende disiplineringskampanje med bruk av strengere straffer, ikke minst mot avvik fra den moral myndighetene forlangte av sine undersåtter (straffer mot trolldom, seksualitet utenfor ekteskapet, løsgjengeri etc.).
Friis ble flere ganger brukt som en av kongens kommissærer på de norske herredagene, til å sitte i rettertinget og ta imot bønnskrifter fra befolkningen der. Han ledet seremoniene 1610 da prins Christian ble hyllet av stendene i Danmark og Norge. I hans embetstid ble Christian 4s norske lov av 1604 og den norske kirkeordinansen av 1607 utstedt, men Friis tok lite hensyn til norske forhold – 1604-loven var en sjuskete oversettelse av Magnus Lagabøtes landslov og kirkeordinansen en utilstrekkelig tilpasning av den danske kirkeordinansen fra 1537/39. I hans kanslertid ble det slutt på å skrive ut færre skatter i Norge enn i Danmark, og Christian 4s mislykkede forsøk på å bruke bønder som offensive soldater under Kalmarkrigen tyder ikke på at Friis øvde noen modererende innflytelse på kongens urealistiske norgespolitikk i militære saker.