Børre Knudsen ble kjent som en av “antiabort-prestene” etter at han 1979–83 satte sitt sogneprestembete i Balsfjord inn på å få abortloven av 1978 dømt grunnlovstridig. Sammen med Ludvig Nessa og Per Kørner gjennomførte han antiabort-demonstrasjoner og opprettet det uformelle fellesskapet av prester i “Strandebarm prosti”.
Knudsen vokste opp i Langesund, der faren var sogneprest. Det gjorde sterkt inntrykk da faren under den annen verdenskrig ble arrestert og fratatt “kappe og krage”. 1952 flyttet familien til Bergen. Høsten 1956 begynte Børre Knudsen å studere teologi ved Menighetsfakultetet, et studiested han snart fant håpløst dogmatisk. Etter et avbrudd for å studere språk arbeidet han halvannet år for Kirkens Nødhjelp i Vest-Berlin og blant flyktninger fra Trieste, deretter fullførte han studiene ved Det teologiske fakultet ved Universitetet i Oslo, et studiested han etter hvert syntes manglet troskap mot Guds ord.
1966 ble Knudsen cand.theol., og året etter ble han ordinert til prest av daværende domprost Per Lønning i Bergen domkirke. 1968 ble han kallskapellan i Balsfjord og 1971 sogneprest samme sted.
1975 vedtok Stortinget med knapt flertall en ny liberalisert abortlov. Biskop Lønning gikk av som biskop i Borg i protest mot loven. I debatten som fulgte hevdet Knudsen at Lønning burde ha lagt ned bare den statlige delen av bispeembetet, slik prestene gjorde 1942. Da loven om selvbestemt abort ble vedtatt 1978/79, la Børre Knudsen ned den statlige delen av sogneprestembetet i Balsfjord, men beholdt den kirkelige delen. I praksis innebar det at han ikke tok imot statslønn, ikke åpnet statspost, ikke førte fødselsregister og ikke forrettet brudevielser. Alle andre embetsplikter utførte han som før.
Kirkeminister Einar Førde reiste avskjedssak 1980, men Knudsen ble frikjent i Malangen herredsrett. Domspremissene vakte enorm oppsikt og var hovedoppslag i mediene i over en uke. Domstolen la til grunn at abortloven var uforenlig med evangelisk-luthersk religion og dermed i strid med Grunnlovens § 2. I Hålogaland lagmannsrett kom domstolen til motsatt resultat. Dommens premisser (“Staten er kirken”) utløste heftige protester fra kirkelig hold. Bispemøtets preses Andreas Aarflot pekte på at slike premisser ville tvinge frem et brudd mellom kirke og stat.
Høsten 1983 kom Høyesteretts endelig dom. Knudsen ble fradømt sogneprestembetet. Domstolen la til grunn at Grunnlovens religionsparagrafer ikke stiller opp skranker for statens alminnelige lovgivning, bortsett fra i kirkestyringen. En gruppe prester tilbakekalte embetseden i solidaritet med Knudsen. Sognepresten i Strandebarm, Per Kørner, proklamerte skjebnefellesskap og ble etter seks år fradømt stillingen. I Borge i Østfold holdt residerende kapellan Ludvig Nessa en Balsfjord-inspirert 17. mai-preken og ble etter fire år suspendert og siden fradømt embete og “kappe og krage”. De tre prestene fortsatte imidlertid på frivillig basis som prester i hver sin frie valgmenighet.
1987 begynte Knudsen, Kørner og Nessa med antiabort-aksjoner. Iført prestekjole tok de opphold i abortklinikkers korridorer og sang salmer, inntil politiet kom og bar dem ut. De brukte også andre omstridte virkemidler, så som å helle blod over seg foran Stortinget eller å markere en symbolsk “begravelse” til minne om et abortert foster. Tidlig i 1990-årene opprettet de “Strandebarm prosti, Den gamle norske kirke i eksil”. I en åpenbar markering mot både biskoper og statsmakt utnevnte de Kørner til prost.
Våren 1995 kom den store kirkelige homofili-striden. Nord-Hålogalands biskop, Ola Steinholt, hørte til det liberale mindretallet blant biskopene. I protest brøt fire sogneprester med Steinholts åndelige tilsyn og bad om alternativt biskopelig tilsyn. Det ble avslått. To av dem forlot siden stillingene sine. De to gjenværende, Arne Thorsen i Mehamn og Olav Berg Lyngmo i Kautokeino, sluttet seg til “strandebarmerne” og kalte Børre Knudsen til biskop. Vigslingen fant sted 6. april 1997 i Kautokeino kirke. På initiativ fra Steinholt ble også Thorsen og Lyngmo fradømt embeter og “kappe og krage”-rettigheter. 2001 ble Børre Knudsen fratatt presterettighetene. Etter hvert som nye valgmenigheter kom til, presteviet uanfektet Knudsen ytterligere to til tjeneste innenfor “Strandebarm prosti”.
Som salmedikter knyttet Børre Knudsen seg til tradisjonene fra Kingo, Petter Dass og Grundtvig. Noen av salmene hans ble tatt inn i andre kirkers salmebøker, blant annet i Svenska Kyrkans salmebok, men Knudsen nektet dem inntatt i Norsk Salmebok. En dåpssalme, Farao nådde oss like ved stranden, ble imidlertid etter avtale med Liturgikommisjonen tatt med i Gudstjenestebokens påskeliturgi og i salmeboktillegget fra 1997. Senere ble også Mitt eneste håp er det som jeg fikk i den hellige dåp inkludert.