Sammen med sine tre brødre videreførte Selius Marselis farens handelsvirksomhet i Hamburg, Amsterdam og Moskva. Brødrene ble storleverandører av krigsviktige varer til Danmark-Norge, gav kronen betydelige lån og fikk til gjengjeld store eiendommer.
Fra han var 20 år gammel, reiste Marselis rundt i Europa og Ostindia inntil han 1631 slo seg ned i Amsterdam og startet handelsvirksomhet i tilknytning til familien. Han og broren Gabriel giftet seg inn blant de største nederlandske handelsfamiliene. Brødrene solgte våpen og kobber til England, Frankrike, Hamburg og det fiendtlige Spania i 1630-årene og fikk flere store bøter for ulovlig våpenhandel. De drev kornhandel over hele Europa og ble i 1640-årene dominerende i trelasteksporten fra Norge til Nederlandene.
Marselis bosatte seg 1644 i Christiania, der han fikk særrettigheter med 12 års fritak for å ta borgerskap, tre års skattefrihet, rett til å utøve sin reformerte religion og rett til å forlate landet med hele sin formue når han ønsket. Rettighetene ble fornyet 1659. Han fikk tollfrihet for både import og eksport. Byens borgerskap klaget over favoriseringen, men Marselis hadde en viktig støttespiller og forsvarer i stattholder Hannibal Sehested. På kongens vegne sluttet Sehested 1644 kontrakt med Marselis om leveranse av fire orlogsskip med full utrustning og bemanning. Det viste seg at Marselis hadde bedratt kronen for nær 50 000 riksdaler. At han ikke ble ikke trukket til ansvar, verken da eller andre ganger, skyldtes nok at kronen var for avhengig av hans tjenester.
1645 ble det inngått en stor kontrakt om i alt 18 skip. Betalingen skulle være trelast som kronen ville låne av trelasthandlerne. Fra 1648 skulle betalingen være jordegods fra kronen. Også 1657–60 tok Marselis del i krigsfinansieringen, gav store lån og leverte skip. Betalingen var pant i jordegods og del i toll og andre offentlige inntekter. Sammen med admiral Niels Juel ledet Marselis 200 mann i kamp under Københavns beleiring. Dette mildnet hans omdømme. Ved krigens slutt 1660 beregnet skattkammerkollegiet Marselis-familiens andel av kronens samlede gjeld til 13 %.
Brødrene Marselis var blitt de største godsbesittere i Norge. De hadde gods i Båhuslen, Trøndelag og Romsdal, og fikk hånd om Hannibal Sehesteds gods sønnafjells. Det kom mange klager over at de gikk hardt frem og økte både pengeavgifter og arbeidsbyrder. Omkring 1650 anla Selius Marselis varehus og boligen Marselienborg med praktpark i hollandsk stil i Christiania Bymark (der nå bl.a. Eidsvolls plass ligger).
Som ung hadde Marselis studert bergverk i Sverige, og 1648 var han blant de bergkyndige som Sehested rådførte seg med om opprettelsen av en norsk bergrett. Bergamtet ble etablert 1654 med Marselis som assessor fra 1657. Sammen med broren Gabriel fikk han flere bergverk som vederlag for lån til kongen, og Selius sa selv at bergverksdriften var grunnen til at han flyttet til Norge.
Til støtte for næringsvirksomheten ønsket Marselis-familien å overta rikenes postadministrasjon. 1653 ble Poul Klingenberg, en fullmektig og familievenn som 1654 ble gift med brødrenes søsterdatter, generalpostmester i Danmark og hertugdømmene. Da det norske postvesen ble opprettet 1647, var postprivilegiene gitt til andre, men Selius Marselis oppnådde 1653 å bli inspektør og direktør. Til gjengjeld fikk han portofrihet, et betydelig gode for landets største næringsdrivende. 1655 fikk han løfte om at sønnen Gabriel skulle få overta, og da privilegiene endelig opphørte, ble Gabriel utnevnt til generalpostmester 1667.
I 1650- og 1660-årene ble Selius og broren Gabriel benyttet i diplomatiske forhandlinger mellom Danmark og Nederlandene. Selius bodde de siste årene i København, der han døde 1663 og ble begravd som “Bjerg-Raad Selii Marselli”.