Peder Johan Borgen er metodist og professor i nytestamentlig teologi. Han har fungert som banebrytende murbrekker innen det teologiske vitenskapelige miljøet i Norge og var den første metodist og første medlem av noen norsk frikirke som tok den teologiske doktorgrad ved et norsk universitet.
Peder Borgens far var med i Indremisjonen, men hans hustru hadde dype røtter i Metodistkirken, og familien ble engasjert i denne frikirkelige sammenhengen. Borgen ble cand.theol. ved Universitetet i Oslo 1953. 1956 ble han Ph.D ved Drew University, Madison, New Jersey, USA. Den teologiske doktorgraden ble avlagt ved Universitetet i Oslo 1966.
Han begynte sin yrkeskarriere som pastor i Metodistkirken i Harstad 1956. I 1958 innledet han sin vitenskapelige løpebane som forskningsstipendiat. Som medlem og prest i Metodistkirken og ikke i Den norske kirke, kunne han imidlertid ikke bli utnevnt til en akademisk stilling i teologi i Norge. 1962 ble han professor ved Wesley Theological Seminary i Washington, USA. Han kom tilbake til Norge som førstelektor ved Universitetet i Bergen 1967 – selv om dette den gang strengt tatt var i strid med norsk lov. 1973 ble han utnevnt til professor ved Universitetet i Trondheim med Det nye testamente og religion i den gresk-romerske verden som spesiale. 1994–97 var han seniorstipendiat ved Norges forskningsråd.
Noen av hans verv innen det vitenskapelige miljøet og i Metodistkirken skal nevnes: Han var preses i Det Kongelige Norske Videnskabers Selskap 1996–99 og president i Det internasjonale selskap for nytestamentlige studier 1998–99. 1979–84 var han medlem av felleskommisjonen mellom Det Lutherske Verdensforbund og Metodistkirkens Verdensråd. Han var prorektor ved Den allmennvitenskapelige høgskole, Universitetet i Trondheim, 1984–87. 1986–91 var han medlem av Metodistkirkens Verdensråd og av Metodistkirkens europeiske teologiske kommisjon 1973–93. Fra 1995 har han vært medlem av Board of Advisors i The Dead Sea Scrolls' Foundation.
Borgen har hatt mange studieopphold i utlandet, både i USA og i områder rundt Middelhavet som er spesielt interessante for ham som nytestamentlig forsker. Han har vært en flittig produsent av bøker og artikler om så ulike emner som rusgift, terapi og menneskesyn, samenes første landsmøte i 1917, og en mengde vitenskapelige publikasjoner om nytestamentlige og bibelske tema.
Som pensjonist bosatte Peder Johan Borgen seg i Lillestrøm. 1998 ble han, som første frikirkelige teolog, utnevnt til ridder av 1. klasse av St. Olavs Orden “for fortjeneste av teologisk forskning”.