Niels Trolle satt som stattholder i Norge i de krisefylte krigsårene 1657–60 og spilte en svært viktig rolle i krigsorganiseringen og mobiliseringen av norske skatteressurser.
Trolle tilhørte en gammel dansk adelsslekt. Etter skolegang på Herlufsholm skole 1611–13 og et to år langt opphold i Leipzig gjennomførte han 1617–23 en dannelsesreise i Europa og besøkte en rekke læresteder i Tyskland, Sveits, Italia, Frankrike og England. 1623–25 var han hoffjunker og fulgte Christian 4 i Trettiårskrigen. 1628 ble han rittmester for det sjællandske kompani. 1634–41 var han forlent med København slott, og 1641–56 var han lensherre i Roskilde len. 1638 ble Trolle valgt til landkommissær for Sjælland, og året etter ble han medlem av Admiralitetsretten. 1645 ble han riksråd og riksviseadmiral.
Mars 1656 ble Trolle utnevnt til stattholder i Norge og lensherre i Akershus len. Det har vært hevdet at stattholderens myndighet ble sterkt redusert etter den mektige stattholderen Hannibal Sehesteds fall 1651, men krigene mellom Danmark-Norge og Sverige 1657–60 førte til at stattholderen fikk utstrakt myndighet. Trolle kom til å spille en svært viktig rolle i krigsorganiseringen og mobiliseringen av norske skatteressurser. Hans omfattende korrespondanse viser tydelig dette, og at han utøvde en langt større aktivitet enn det historikerne tradisjonelt har tillagt hans embetsførsel.
Januar 1657 fikk Trolle og generalmajor Iver Krabbe ansvaret for planleggingen av krigsforberedelsene i Norge. De sørget for at det ble skaffet til veie store mengder våpen, uniformseffekter, korn og annen proviant i Norge. Under krigen 1657–58 var man plaget av pengemangel i Norge, og Trolle nedla mye arbeid i å skaffe tilstrekkelig med midler til landets forsvar. Han ble også nødt til å sende store ressurser til Danmark under krigen og i den korte fredsperioden våren og sommeren 1658, noe han stilte seg svært kritisk til.
Mai 1658 mistet Trolle den militære overkommandoen over hæren i Norge til fordel for generalløytnant Jørgen Bjelke, antakelig fordi Frederik 3 syntes det var betenkelig at den øverste sivile og militære myndighet i Norge var samlet på én hånd. August 1658 brøt det igjen ut krig mellom Danmark-Norge og Sverige, og siden det var vanskelig å opprettholde kontakten mellom København og Norge, fikk Trolle og Bjelke like etter krigsutbruddet en uinnskrenket fullmakt til å lede landet. De utstedte opprop og påbud til nordmennene hvor de motiverte dem til krigsinnsats, og ofte henviste de til patriotiske følelser. Når Trolle og Bjelke utskrev skatter på egen hånd, understreket de hvor viktig skatteinntektene var for krigsinnsatsen og for å dekke de militære behovene.
I en del tilfeller møttes Trolle og Bjelke på Akershus festning, hvor de i fellesskap ledet landet. Men vanligvis oppholdt Trolle seg på Akershus og ledet og hadde hovedansvaret for det sivile embetsverkets vellykkede og kraftige mobilisering av folkets ressurser, mens Bjelke som sjef for den norske hæren oppholdt seg ved fronten og ledet troppene til seier.
Den omfattende norske ressursmobiliseringen bidrog til å styrke den norske hæren, samtidig som den ble en viktig ressurs for det okkuperte Danmark. Den kritikken Bjelke rettet mot Trolle mange år senere for at han hadde vært uvirksom i krigsårene 1658–60, virker helt grunnløs. Faktisk ser det ut til at Trolle og Bjelke samarbeidet godt.
Under stendermøtet i København høsten 1660 opptrådte Trolle som en av adelens førere. Etter innføringen av eneveldet fikk dette følger for hans stilling, og det var politiske årsaker til hans avgang som stattholder mars 1661. Etter dette og frem til sin død levde han stort sett som privatmann, opptatt av å administrere sitt omfattende jordegods. Han døde 1667 som følge av en kjøreulykke og ble gravlagt i et kapell han selv hadde latt innrette i Roskilde domkirke.