Just Qvigstad hadde en lang yrkeskarriere som pedagog bak seg da han de siste 40 år av sitt liv markerte seg som en sentral innsamler og formidler av samisk språk- og kulturstoff.
Qvigstad fikk sin første undervisning privat, dels hjemme og dels i lensmannsgården og prestegården på Lyngseidet. Ca. 10 år gammel kom han til Tromsø Lærde- og Realskole, “latinskolen”, og tok examen artium 1869. Året etter avla han “anneneksamen” og tok fatt på filologistudier ved universitetet i Christiania. Han tok filologisk embetseksamen 1874 med fagene gammelnorsk, gresk, latin, filosofi, historie og litteraturhistorie. 1874–75 var han vikarlærer ved flere skoler i Christiania, før han vendte tilbake til Tromsø og ble tilsatt som lærer ved latinskolen; året etter ble han adjunkt.
1878 ble Qvigstad ansatt som annenlærer ved Tromsø Seminarium (lærerskolen), en stilling som bl.a. medførte undervisning i samisk. Noe samisk kunne han, men for å kvalifisere seg oppholdt han seg i tre–fire måneder i Guovdageaidnu (Kautokeino). En av hans språklige veiledere og informanter her var Lars Jakobsen Hætta, som hadde deltatt under oppstanden i Kautokeino 1852 og som nå, etter endt soning på Akershus festning, arbeidet med bibeloversetting for Det norske Bibelselskap.
Etter ett års permisjon fra lærerskolen avla Qvigstad cand.theol.-eksamen ved universitetet 1881. To år senere ble han bestyrer ved lærerskolen i Tromsø, 1903 ble tittelen endret til rektor. Han satt i stillingen til han gikk av 1920, bare avbrutt 1910–12, da han var kirkeminister i Wollert Konows regjering.
Qvigstad var medlem av Tromsø bystyre 1889–1907 og ordfører 1889, 1905 og 1907. I tillegg hadde han en lang rekke offentlige verv, bl.a. som styremedlem i Kvænangen samiske barnehjem 1886–93, Norsk Finnemission (som han også var med på å stifte) 1888–1916 og Det norske Bibelselskaps stiftskontor i Tromsø 1889–1910. Allerede 1884 ble han valgt inn i styret for Tromsø Museum, hvor han samtidig overtok det ulønnede vervet som bestyrer for den samiske samlingen, en oppgave han skjøttet til 1931. Han utførte også en rekke offentlige utredningsoppdrag, bl.a. som sakkyndig under reinbeitetvisten mellom Norge og Sverige etter unionsoppløsningen 1905.
Qvigstad tok avskjed som skolemann bl.a. fordi mange ønsket at han skulle kunne bruke mer tid og krefter på forskning og publisering og på å bygge opp et akademisk miljø i Nord-Norge. Det ble arbeidet med tanken om et nordnorsk akademi og et universitet i landsdelen, og det ble foreslått at det skulle opprettes et professorat for Qvigstad ved Tromsø Museum. Ikke noe av dette førte frem. I stedet fikk Qvigstad et statsstipend på 5000 kroner i tillegg til pensjonen, slik at han kunne bruke sin arbeidskraft på vitenskapelig virksomhet. 1937 sa han selv opp stipendiet, 84 år gammel, uten at han derved avviklet sitt faglige virke. Han hadde for lengst etablert seg som en av de største innen “lappologien”, et uttrykk som omfattet samisk språk, historie, religion, kultur og samfunnsforhold.
Qvigstads omfattende produksjon strekker seg over 74 år, fra avhandlingen Beiträge zur Vergleichung des verwandten Wortvorrathes der Lappischen und der finnischen Sprache (1881) til Opptegnelser fra samenes liv (1954), da han var 101 år gammel. Han beholdt en utrolig intellektuell vitalitet like til sine siste leveår. Om lag 70 prosent av hans 112 publikasjoner kom til etter at han gikk av med pensjon. Publikasjonene består av monografier, artikler og redigerte utgivelser, bl.a. av samiske eventyr og sagn og av bibliografier. Qvigstad hadde i alle år et nært samarbeid med finske fagmiljøer, som siden midten av 1800-tallet hadde utfoldet en bred innsats i utforskningen av språk- og kulturforhold blant finsk-ugriske folkeslag, og mange av hans arbeider ble publisert i Finland, bl.a. i det finsk-ugriske selskapets skriftserier.
Blant Qvigstads viktigste arbeider er Nordische Lehnwörter in Lappischen, Lappiske eventyr og folkesagn (sammen med Georg Sandberg), firebindsverket Lappiske eventyr og sagn, Lappische Heilkunde og tre bind om samiske stedsnavn i Nord-Norge. I verket Norske Gaardnavne utgav han sammen med Magnus Olsen bindet om Finnmark, der han hadde ansvaret for det samiske og finske/kvenske navnetilfanget, i tillegg til en omfattende oversikt over de gamle norske stedsnavn langs nordkysten av Kolahalvøya. Qvigstad interesserte seg også historisk for kvenene i Nord-Norge, noe som blant annet resulterte i avhandlingen Den kvænske indvandring til Nord-Norge.
Qvigstad var utpreget empirisk orientert, slik de ledende skoleretninger innen “lappologien” var. Nitid innsamling, registrering og dokumentasjon var bærende prinsipper, og materialet skulle publiseres så snart som mulig, også i form av kataloger og kildesamlinger. Både som utgiver og forfatter holdt han en lav analytisk profil; han hevdet da også at materialet i så stor grad som mulig skulle “tale for seg”. Forskningen og publiseringsvirksomheten var preget av det rådende etnografiske syn i Norden på kultur og folkegrupper, som noe nærmest tilstivnet og tingliggjort. Således hadde forskerne lett for å tolke endringer i kulturelle former og ytringer blant samene som undergangsprosesser. Derfor gjaldt det å utforske det samiske samfunnet “før det var for sent”. De internasjonale strømninger som utover på 1900-tallet tok opp til kritikk dette synet på kultur, rakk aldri å virke inn på Qvigstads arbeider.
Samtidig må det understrekes at Qvigstad var helt i fronten i den ledende språkvitenskapelige tilnærmingsmåten innen fennougristikken, den såkalte “neogrammatikken” med sin vektlegging av lydhistorie, ekstensive språkprøver og dialektvariasjon. Qvigstad gjennomførte således banebrytende studier av samiske dialekter, som til da hadde vært ofret liten oppmerksomhet i Norge.
Qvigstads virke falt for en stor del sammen i tid med den langvarige fornorskingspolitikken som ble ført overfor samene og kvenene, der den uttrykte målsetningen var full assimilasjon av disse folkegruppene. Nasjonsbygging og grensesikring var de grunnleggende argumentene for denne minoritetspolitikken. Ingenting tyder på at Qvigstad opponerte mot politikken, men samtidig er det klart at han representerte en moderat linje, især overfor samene, noe bl.a. hans arbeid innen samemisjonen for bruk av samisk i det kirkelige arbeidet viser. Ikke minst bidrog hans nøkterne minoritetspolitiske holdning til at det ble gitt plass til en vitenskapelig tilnærming til samisk kultur og språk. Det omfattende kultur- og språkhistoriske materialet han samlet inn og publiserte, blir stadig brukt av nye generasjoner forskere og lesere, også av samer som engasjerer seg i den samiske revitaliseringsprosessen.
Just Qvigstad var medlem av Videnskabs-Selskabet i Christiania (nå Det norske Videnskaps-Akademi) fra 1888 og av Det Kongelige Norske Videnskabers Selskab (DKNVS) fra 1894; han fikk DKNVS' Gunnerus-medalje 1930. Han var korresponderende medlem av det finsk-ugriske selskap i Helsingfors (1885, æresmedlem 1910) og av flere andre utenlandske vitenskapelige selskaper. 1926 ble han æresmedlem av Tromsø Museum. Qvigstad oppnådde en rekke æresbevisninger gjennom sitt lange liv. Han ble beæret med to festskrifter, til 75- og 100-årsdagen. Da han fylte 90 år, innstiftet Tromsø Museum “Rektor Qvigstads gullmedalje”, som skulle utdeles hvert femte år til innen- og utenlandske forskere som hadde levert fremragende arbeider innen samisk forskning. Han ble utnevnt til kommandør med stjerne av St. Olav Orden 1912 og var også kommandør av Finlands Vita Ros' orden.