“Gamle Hougen” (han ble nesten 100 år) var i en årrekke kjent som ekspedisjonssjefen for skole- og kulturlivet i Norge, en stilling han forlot først 73 år gammel, for å ende sin offentlige løpebane som kringkastingens styreformann, et verv han innehadde nesten til han fylte 80.
Etter examen artium 1873 og matematisk-naturvitenskapelig embetseksamen 1879 arbeidet Hougen først i 30 år som adjunkt og (fra 1900) overlærer ved Kristiansands katedralskole, samtidig som han underviste ved byens tekniske aftenskole og ved lærerskolen. 40 år gammel kom han inn i kommunalpolitikken, og ved valget 1895 ble han dessuten valgt som vararepresentant til Stortinget. Hougen var radikal venstremann, formann i byens arbeiderforening, og sluttet seg som fast stortingsrepresentant 1900–08 til Johan Castberg. Han var republikaner i 1905 og opponerte intenst mot Karlstadforliket, stimulert i sin stridslyst av tanken på bestefaren Knut Hougen, som hadde vært “korporal og stridbar kriger” i 1808.
1908 ble Hougen utnevnt til ekspedisjonssjef i Kirkedepartementets undervisningsavdeling, et embete som den gang omfattet alt av skole- og høyskoleverk, samt alle institusjoner for kunst og kultur for øvrig. Da statsråd Seip døde høsten 1909, etterfulgte Hougen ham som kirkeminister i Gunnar Knudsens regjering. Ved regjeringens avgang februar 1910 gikk han tilbake til embetet som ekspedisjonssjef og ble sittende til han fikk avskjed ved oppnådd aldersgrense 1927.
Blant Hougens oppgaver som ekspedisjonssjef ble å forberede etableringen av så vel Norges tekniske høyskole i Trondheim som av Statens tannlægeinstitutt (forløperen for Tannlegehøyskolen) i Kristiania. Han ledet også Vergerådskomiteen av 1915, som utredet nødvendige reformer i barnevernet. I Stortingsmelding nr. 8 for 1917 gav han sitt forslag til løsningen av problemet “enhetsskolen”, dvs. av hvordan skolen burde organiseres for at begavede barn skulle kunne nå helt til gymnaset bare ved å følge den offentlige skoles tilbud. Hougens forslag – å korte middelskolen ned til 2 år og innføre differensiert undervisning i folkeskolens siste år – ble diskutert, men aldri gjennomført. Han deltok også på vegne av departementet i forberedelsen av American-Scandinavian Foundation 1915 og var formann i Norge-Amerika-fondet fra 1919.
Da Hougen gikk av som ekspedisjonssjef 1927, fikk han et arbeidsfelt som kom til å oppta ham mye som pensjonist: kringkastingen. Helt fra Kringkastingselskapet A/S kom i gang i Oslo våren 1925, hadde han sittet i selskapets styre som Kirkedepartementets representant. For å styrke kringkastingens anseelse valgte eierne (vesentlig radioindustrien) Hougen til styreleder fra 1928. Håpet var at han som frontfigur for kringkastingen, som lå hans hjerte nær som opplysningsinstrument, kunne dempe noe av den kritikken som ble reist – særlig fra forfatterhold – mot radioens honorarpolitikk og andre sider ved virksomheten. Til forsvar for selskapet gav Hougen 1932 ut en historisk redegjørelse i to bind over perioden 1925–32, den første kringkastingshistorie i Norge. Da staten løste ut de private eierne og etablerte Norsk rikskringkasting 1933, var imidlertid Hougens tid ute.
I det nye NRK ble Johannes Hougen æret som en av “kringkastingens fedre i Norge” og ofte brukt som foredragsholder. Det siste radiointervju han gav, var ved sin 95-årsdag, da reportasjebilen kom hjem til ham i Grue i Solør og han enda en gang fortalte lytterne om 1890-årenes politiske kamper, om møtet i Stortinget 7. juni 1905, og om arbeidet for å vinne forståelse for kringkastingen som sak i Norge.