Jan Terje Faarlund har i en årrekke innehatt en helt sentral stilling som forsker innenfor norsk og nordisk språkvitenskap. Han har også arbeidet med mer allmennlingvistiske problemstillinger, og ved siden av sitt forskningsarbeid har han nedlagt et stort arbeid som foreleser, administrator, språkpolitiker og offentlig debattant.
Faarlund vokste opp på Østre Toten og tok examen artium ved Eidsvoll landsgymnas 1962. Han har senere beskrevet sin barndomsdialekt i boken Totenmålet (2000). Han tok magistergraden i nordisk språkvitenskap ved Universitetet i Oslo 1974 med avhandlingen Preposisjonsuttrykkenes syntaks i moderne norsk. Etter først å ha vært stipendiat og fra 1979 amanuensis ble han ansatt som professor i nordisk språkvitenskap ved Universitetet i Trondheim (nå Norges teknisk-naturvitenskapelige universitet) 1981–83 og 1985–97. I periodene 1979–80 og 1984–85 var han professor i norsk og lingvistikk ved University of Chicago. Fra 1998 har han vært professor i nordisk språkvitenskap ved Universitetet i Oslo.
Faarlund har særlig forsket innenfor områdene grammatikk, historisk lingvistikk og lingvistisk teori. Gjennom sin interesse for lingvistisk teori har han vært en fornyer av forskningen innenfor nordisk språkvitenskap og en brobygger mellom miljøene innenfor nordisk og allmenn språkvitenskap. I tillegg til å gi gjesteforelesninger har han også hatt en rekke forskningsopphold og gjesteengasjement i utlandet. I sin forskning har han for en stor del arbeidet innenfor den generative grammatikktradisjonen som ble grunnlagt av Noam Chomsky, og han har også selv gitt en god populærvitenskapelig innføring i Chomskys språkteori i boken Revolusjon i lingvistikken (2005).
Faarlunds arbeider innenfor historisk lingvistikk – spesielt innenfor diakron syntaks – har vunnet internasjonal anerkjennelse. Det gjelder bl.a. boken Syntactic Change. Towards a Theory of Historical Syntax (1990). Sentralt i hans produksjon står også boken The Syntax of Old Norse (2004), som kan sies å være en oppfølger og fornyer av Marius Nygaards klassiske verk Norrøn syntax fra 1905. Men Faarlund har også levert en lang rekke arbeider om moderne norsk språk, særlig innenfor syntaks og morfologi. Sentralt står her Norsk referansegrammatikk (1997), som han skrev sammen med Svein Lie og Kjell Ivar Vannebo. Det er den mest omfattende grammatiske beskrivelse som er utgitt av moderne norsk språk (bokmål og nynorsk).
Som leder for nynorskseksjonen i fagnemnda i Norsk språkråd 1996–2000 spilte Faarlund en viktig rolle for det omfattende arbeidet med normeringen av det nynorske skriftmålet. Som leder av fagnemnda redigerte han i denne perioden også Språkrådets meldingsblad Språknytt. Han har ledet flere seminarer og forskningsgrupper, og ved siden av egne verker har han redigert og utgitt en rekke artikkelsamlinger på både norske og utenlandske forlag.
Men Faarlunds språklige interesser strekker seg langt ut over det nordiske området, og han har bl.a. forsket i indianerspråket soke i Mexico. Både i sin forskning og undervisning har han vært opptatt av strukturelle likheter og ulikheter mellom språk (språktypologi) og av selve grunnlaget for den menneskelige språkevnen, som han mener er biologisk betinget.
Jan Terje Faarlund er medlem av The Philological Society i London fra 1977, Det Kongelige Norske Videnskabers Selskab i Trondheim fra 1983 og av Det Norske Videnskaps-Akademi i Oslo fra 1996.