Einar Niemi er som historiker særlig kjent for sin innsats innenfor minoritetshistorie og etnisk historie, med Nord-Norge og Nordkalotten som geografisk tyngdepunkt for konkrete prosjekter på lokalt og regionalt nivå. Han har også vært sterkt engasjert i kulturminneforvaltning, særlig i Finnmark.
Niemi vokste opp i Salttjern rett øst for Vadsø. Han avla examen artium ved Finnmark off. gymnas i Alta 1963, studerte ved Universitetet i Oslo fra 1965 og ble cand.philol. med hovedfag i historie 1972. Sin akademiske yrkeskarriere startet han som lektor ved Vadsø gymnas 1972–75. Her satte han i gang lokalorientert samfunnsfags- og historieundervisning og deltok i arbeidet med å lage læremidler for slik undervisning. 1975–77 var han universitetslektor/amanuensis ved Universitetet i Tromsø, og 1977 ble han tilsatt som den første fylkeskonservator i Finnmark. Denne stillingen hadde han frem til 1989. Fra 1984 kombinerte han den med en deltidsstilling som professor II i historie ved Universitetet i Tromsø.
Som fylkeskonservator så Niemi – med ståsted i Finnmark – straks behovet for å legge en ny dimensjon i kulturminnevernet. Et kulturminne var ikke bare verneverdig dersom det var “enestående”. Vel så viktig var det å bevare et kulturminne fordi det var “representativt”. Denne tankegangen fikk da også gjennomslag i kulturminneloven av 1978. I denne loven blir for øvrig samiske kulturminner omtalt for første gang og gitt særbehandling. 1980 ble Samekulturutvalget oppnevnt, samtidig med Samerettsutvalget. I det første ble Niemi medlem. Et av utvalgets viktigste resultater i innstillingen fra 1985 var fremlegget til ny samisk språklov, som bl.a. innebærer rett til å få opplæring i samisk.
Med ansvar for kulturminnevernet i Finnmark så Niemi også behov for å ha en større komparativ referanseramme enn de rammer fylkesgrensen satte. Han introduserte et Nordkalott-engasjement med regelmessige møter med tilsvarende myndigheter i Sverige og Finland – og så langt det var mulig også med Sovjetunionen. Hans mange reiser over hele Nordkalotten og det mangesidige arbeidet som fylkeskonservator gav Niemi en oversikt og en tverrfaglig kompetanse som han til fulle har utnyttet i komparativt og tverrfaglig perspektiv i forskning, undervisning – og ikke minst som formidler til allmennheten – da han fra 1989 ble fulltids professor i historie ved Universitetet i Tromsø.
Forskningsmessig har Niemis tyngdepunkt ligget innenfor 1800-tallshistorien. Men han har tøyd rammene for sin forskning både kronologisk og tematisk. Stikkord her er bosetningshistorie, demografisk og økonomisk historie og kulturhistorie. Særlig oppmerksomhet er viet tema som migrasjon, minoritetspolitikk, etnopolitikk, regionalisme, byhistorie, identitetsskaping og mentalitet. Teoretisk har interessefeltet spesielt vært relatert til forutsetninger for minoritetspolitikk og etnopolitikk, regionalisme og begreps- og kategoridannelse. Niemi har deltatt i en rekke internasjonale prosjekter, der ikke minst komparative studier er gjennomført innen tema som minoritetspolitikk og regiondannelse.
Av de ca. 220 publiseringsnummer hans forskning teller (per mai 2006), har uten tvil boken Den finske fare (1981), som han utgav sammen med Knut Einar Eriksen, vakt størst oppmerksomhet. Den tar for seg det norske storsamfunnets minoritetspolitikk i nordområdene og de sikkerhetspolitiske spørsmål som reiste seg i den sammenheng i siste halvdel av 1800-tallet. Her ble bl.a. avdekket hvordan forestillinger i Norge og Sverige om at det forelå “storfinske” ambisjoner om ekspansjon til isfritt hav, fikk betydning for norsk utenrikspolitikk. Et annet tema i Niemis forskning som har vakt oppmerksomhet, er identitet knyttet til regionbevissthet. For eksempel avdekket han i en artikkel fra 1993 om Regionalism in the North hvordan Nord-Norge-begrepet ble dannet.
Einar Niemi var medlem av Allmennkringkastingsrådet 2000–05 og medlem av styret for Universitetet i Tromsø 1998–2005. Han ble æresdoktor ved Universitetet i Umeå 2004. Året før mottok han Gad Rausings pris för framstående humanistisk forskargärning av Kungliga Vitterhetsakademien i Stockholm. Akademiet uttalte i den sammenheng at Niemi fikk prisen for sin evne til å se samhandling og relasjoner mellom flere etniske grupper.