Christian Münster viste i unge år vitenskapelig talent i geologi, men kom til å få sitt hovedvirke i industriell virksomhet. Han arbeidet i to perioder ved Kongsberg Sølvverk, sist som direktør 1910–17, og han var tilknyttet norske svovelkisgruver, blant annet Båsmo, Stordø og Grong. Münster var historisk interessert og bidrog til utviklingen av Sølvverkets samlinger.
Münsters interesse for bergverk stammer trolig fra ungdomstiden på Kongsberg, der faren var politimester. Etter examen artium 1888 begynte han på bergstudiet. I studietiden var han på feltarbeid for Norges Geologiske Undersøkelser i Kongsberg-traktene. I ung alder publiserte han to vitenskapelige arbeider om kongsbergsølvet. Under bergstudiet var han 1889–92 amanuensis ved Universitetets metallurgiske laboratorium.
Etter eksamen som cand.min. 1892 ble Münster bergproberer (analytiker) ved Kongsberg Sølvverk. Han ledet forsøk med kjemisk utvinning av sølv fra fattige godser, et felt han kjente fra en stipendreise til svenske bergverk 1891. Kjemisk ekstraksjon av sølv med cyanid kom til å bli en viktig metallurgisk innovasjon på Kongsberg.
1897 reiste Münster til Rana som direktør for det belgisk-eide selskapet Bossmo A/S Gruber. Han kom til å arbeide med flere av de store norske svovelkisforekomstene, en hovedgren i den industrielle bergverksdriften, og virket som konsulterende ingeniør for flere selskaper. På oppdrag fra en belgisk investor undersøkte han 1906 forekomster på Stord og la entusiastiske planer for stordrift som resulterte i dannelsen av A/S Stordø Kisgruber. Münster flyttet fra Båsmo til Stordø 1907, og 1909 kjøpte han kisgruvene på Varaldsøy, der han startet en mindre drift.
1910–17 var Münster tilbake på Kongsberg som direktør for Sølvverket, som nå gjennomgikk en omfattende modernisering, videreført av Münster med blant annet bensinlokomotiver og karbidlykter. Ved det gamle bergverket kom han også til å interessere seg for historie og bidrog til utviklingen av Sølvverkets samlinger, senere grunnlaget for Norsk Bergverksmuseum. Sølvverket deltok 1914 ved Jubileumsutstillingen i Kristiania. Münster publiserte et par bergverkshistoriske artikler og fikk gjennomgått gamle protokoller for å samle dokumentasjon med tanke på gjenopptakelse av gamle gruver.
Münster var fortsatt engasjert i kisgruvene. Han var også pionér i elektrisk malmleting. En betydelig kisforekomst ble funnet i Gjersvik i Grong 1911–12. Ved A/S Grong Gruber ble han konsulterende ingeniør 1912–20, styremedlem 1913–19 og styreformann 1917–19. Han deltok 1917 i stiftelsen av Norske Svovlkisgruber A/S, som kjøpte gruvene i Båsmo, Varaldsøy og Mælen, ble teknisk direktør i selskapet 1917 og flyttet 1918 til Kristiania. Han var styremedlem i Foreningen for Export av kobberfattig Svovlkis fra stiftelsen 1916, formann fra 1919.
Münster var 1900 med på å stifte Norsk Bergindustriforening. Han var formann i Den norske bergingeniørforening 1918–20.
Christian Münster utfoldet sine talenter i en av de mest aktive faser av landets bergverkshistorie, den industrielle bergverksdriftens første blomstringsfase frem til nedgangskonjunkturene satte inn etter den første verdenskrig.