Aage Müller-Nilssen ledet stiftelsen Kirkens Bymisjon gjennom et kvart århundre, fra 1973 til 1998. Deretter ble han prest på gateplan, samtidig som han fungerte som seniorkonsulent i Bymisjonen.
Müller-Nilssen vokste opp i Bærum, der hans far ble prest 1948. Han tok examen artium 1958, og som 18-åring ble han en meget allsidig og engasjert student på Menighetsfakultetet. I løpet av studietiden giftet han seg med sin Anne Marit, og de fikk etter hvert fire barn. 1961–62 var han aksjonsleder i Kirkens Nødhjelp. Han ble cand.theol. 1966 og tok praktisk-teologisk eksamen året etter. Småbarnsfaren ble ordinert til feltpresttjeneste i H.M. Kongens Garde, og fra 1968 var han hjelpeprest i Lambertseter i Oslo.
Müller-Nilssen hadde vært stiftskapellan i Oslo i to år da Olaf Hillestad, relativt nytilsatt generalsekretær i det daværende Oslo Indremisjon (nå Kirkens Bymisjon), var på jakt etter en støttespiller, en assisterende generalsekretær. Stiftskapellanen skal ha sagt nei takk, han hadde andre planer. Likevel var han på plass i nestlederstolen da generalsekretæren plutselig døde to år senere, 1973. 33 år gammel satt han med hovedansvar for denne ærverdige, mer enn 100 år gamle organisasjonen, som hadde utviklet et omfattende hjelpearbeid på en rekke felter: rusomsorg, eldreomsorg, psykiatri og barnevern, foruten mer tradisjonelle kirkelige aktiviteter.
Det var litt av hvert å ta fatt på. De foregående tiårene hadde vært preget av en veldig ekspansjon. Nye bygg ble reist, gamle hus ble revet, nye tiltak satt i gang – og medarbeiderskaren hadde økt proporsjonalt. Man hadde også foretatt en radikal endring av organisasjonsformen: Fra å ha vært en medlemsorganisasjon av tradisjonell type, med en rekke kvinneforeninger som ryggrad, var Bymisjonen blitt omorganisert til en selveiende stiftelse, som etter hvert også fikk nytt navn, Stiftelsen Kirkens Bymisjon. I Müller-Nilssens tid skjøt Bymisjonen, som hadde vært et rent hovedstadsfenomen, knopper i en lang rekke norske byer. Hovedformålet, som ble formulert allerede ved stiftelsen 1855, var likevel det samme: å bidra til “å virkeliggjøre kirkens oppdrag”.
Kirkens oppdrag beskrives gjerne som forkynnelse og diakoni ('tjeneste'). Müller-Nilssen ønsket å gi begrepet et mer profesjonelt preg, for bedre å kunne møte dagens behov. Såkalt diakonale sosialpolitiske tiltak måtte gis samme faglige kvalitet som de tilsvarende offentlige. For å gi hjelp som virkelig er god, kreves kunnskap og erfaring, samt vilje til nytenkning. Müller-Nilssen var opptatt av å samle slik kunnskap og erfaring og dele med andre kirkelige arbeidslag. Han engasjerte seg derfor i Diakoniråd for Den norske kirke, et koordinerende organ under kirkens sentrale administrasjon, og senere i Private Helseorganisasjoners Landsforbund (senere APO). Han satt i en rekke offentlige utvalg, som Sosiallovutvalget (fra 1983), Statens edruskapsdirektorat (fra 1975), etter hvert også Sosialministerens referansegruppe for aids-spørsmål.
Helt fra omkring 1900 hadde Bymisjonen ytet hjelp til grupper av “uverdige trengende” – ikke minst mennesker med prostitusjonserfaring. Dette arbeidet ble tatt opp igjen i 1980-årene. Da aids-epidemien dukket opp i Norge, var flere av Bymisjonens brukere i risikogruppen. Fremdeles var det de som mente at denne sykdommen langt på vei var selvforskyldt, og det ble nødvendig at Bymisjonen tok tydelig standpunkt og minnet om at det dreide seg om medmennesker som hadde behov for hjelp og støtte.
Müller-Nilssen ble en av de første kirkelige ledere som gjennomgikk Solstrand-kurset, datidens mest kjente lederutdannelse. Erfaringene herfra ble behørig videreført til alle de ulike arbeidslagene i Bymisjonen. Men 25 år som leder var nok. 1998 valgte Müller-Nilssen å arbeide mer direkte med menneskene på gaten. Han er ganske enkelt prest igjen, det han som ung mann var blitt vigslet til.
Aage Müller-Nilssen ble utnevnt til ridder av 1. klasse av St. Olavs Orden 2005.