Nanna Fleischer viet, i likhet med den yngre søsteren Agnes, sitt liv til vanføresaken, først som søsterens kompanjong og høyre hånd, og fra 1909 som enebestyrerinne på Sophies Minde, til hun gikk av med statspensjon 1921. Hun skrev to utredninger om vanføresakens tilblivelse og utvikling, og ved vanføresakens 50-årsjubileum 1942 fikk hun et eget festskrift tilegnet seg.
Nanna Fleischer var lærer ved vanføreskolen helt fra starten 1892, i børstebinding, treskjæring, rørsetefletting, listetepper og listesko, åkleveving, knipling, søm, strikking og filering. Skolen underviste først og fremst i håndverksfag, fordi det ble ansett som den tryggeste veien til selvstendighet og levebrød. I perioden etter søsterens død skulle imidlertid håndverksfagene bli utsatt for større konkurransepress fra billige industrivarer. Arbeidsskolen fikk også utfordringer fra en medisinprofesjon og offentlige bevilgere som ikke bare var opptatt av de enkelte individers livsinnhold og arbeidsglede, men som også forventet effektivitet og medisinske fremskritt i arbeidet. Dette førte saken inn i et konfliktfelt der søstrene Fleischers filantropiske og individuelle omsorg etter hvert ble sett som gammeldags og mindre effektiv.
Konflikten kom til uttrykk i forholdet mellom Nanna Fleischer og legen Victor Bülow-Hansen og i spørsmålet om sentralisering av vanføreomsorgen. Bülow-Hansen hadde stor innflytelse i vanførearbeidet og hadde vært aktiv i arbeidet på alle plan fra starten av. Han hadde medisinerens utgangspunkt og var derfor mer opptatt av behandling enn av arbeidstrening. Frk. Fleischer la seg ut med legen da hun tillot elever ved Sophies Minde å oppsøke alternativ hjelp ved Rikshospitalet eller hos bandasjist dersom de ikke ble tilstrekkelig hjulpet ved Bülow-Hansens klinikk. Bülow-Hansen innklaget dette for departementet og fikk medhold. Også Agnes Fleischer hadde hatt et noe anstrengt forhold til Bülow-Hansen, ifølge Nanna fordi han betraktet henne som “kun en funksjonær”.
Under den første verdenskrig ble det opprettet et “Centralstyre for vanføres forsorg i krig og fred”. 1920 ble vanføresakene overført fra Forsvarsdepartementet til Sosialdepartementet og Medisinaldirektoratet. Her var man tilbøyelig til å støtte utvikling av den medisinske delen av vanføreomsorgen fremfor yrkesutdanningen. “Realnytteprinsippet” ble etter hvert bestemmende for yrkesopplæringen: Det skulle lønne seg for samfunnet å koste utdanning på den vanføre, og de dårligste pasientene ble dermed overlatt til pleie og omsorg i stedet for yrkesfremmende opplæring. For søstrene Fleischer hadde prinsippet vært at ingen midler skulle være uprøvd for å bringe flest mulig til størst mulig selvhjulpenhet.
Det var derfor med et visst vemod Nanna Fleischer mottok sin statspensjon 1921. Knut Gullbrandsen ledet skolen videre i Fleischer-søstrenes ånd, noe som brakte også ham på kant med medisinprofesjonen. Sophies Minde i Skådalen ble etter hvert nedlagt og elevene overflyttet til sentralanstalten i Trondheimsveien.
I festskriftet (1942) ble søstrene Fleischers betydning for vanføresaken beskrevet slik: “Deres iver etter på beste måte å hjelpe hver især var nøkkelen de låste seg inn i alles hjerter med, og evnen til å forstå hver enkelts behov og finne midler til å oppnå gode resultater skapte hurtig sympati for vanførearbeidet og var årsak til at det så snart ble anerkjent som en samfunnsoppgave og på en så ualminnelig måte vant beskyttelse av landets høgeste myndighet.”