Molle Cappelen var en av de tidlige kvinnelige arkitekter i Norge, og hadde egen arkitektpraksis i Oslo sammen med sin mann Per Cappelen i nesten 30 år.
Molle Heyerdahl var 1946 en av de første 30 elevene som ble utdannet på Statens Arkitektkurs (SAK) i Oslo, et midlertidig studietilbud som senere ble til Arkitekthøyskolen i Oslo (1965). Etter okkupasjonen hadde Arkitektkurset av 1945 blitt opprettet som en selvstendig enhet. “Krisekurset”, som det ble kalt i fagmiljøet, ble til av flere årsaker, men først og fremst på grunn av det store behovet for arkitekter til å løse en del av gjenreisningsproblemene som landet stod overfor. SAK hadde kvinnelige studenter fra første kull, og av dem som fikk sitt diplom 1946 var 33 % kvinner. Blant de mannlige kandidatene var Per Cappelen, som Molle Heyerdahl giftet seg med samme år.
Arkitektene fra SAK var meget ettertraktet, og det sies at allerede i trappen på skolen, med diplomet i hånden, ble de unge møtt av byens etablerte arkitekter som ville sikre seg arbeidskraft. Det var bruk for dem, og den politiske utfordring var ukomplisert: Norges byer og grender skulle gjenreises. Dette skapte en entusiasme som de første uteksaminerte fra krisekurset bevarte i senere arbeid.
Etter å ha arbeidet hver for seg i noen år etablerte Molle og Per Cappelen felles praksis 1950, og var således blant de første veldrevne “mann-og-kone-praksisene” i det norske arkitektmiljøet. Samarbeidet var så tett at det er vanskelig å skille de to ektefellenes innsats. Deres arbeider er preget av en nøktern byggekunst, hvor modernismens prinsipper og en redelig materialvirkning har vært viktige retningslinjer.
Den lave teglsteinbygningen for Institutt for samfunnsforskning i Oslo har en ren forenklet form, hvor materialets karakter er et viktig aspekt av helhetsinntrykket i den lavmælte bygningskroppen. En djerv sammenheng i oppbygningen av rommene imellom, samt anleggets gode tilpasning til omgivelsene, er elementer som gir verket en sentral plass i norsk arkitekturhistorie. Bygningen ble tildelt Sundts premie for fremragende arkitektur 1960–61.
Molle Cappelen har (sammen med Per) også utmerket seg med dyktige bidrag til moderne norsk trehustradisjon, hvor arkitekturhistorisk tilhørighet er kombinert med moderne formspråk. En rekke eneboliger og hytter i tre har deres signatur. Med eneboligen Midtåsen 19b i Oslo viste de en eminent oversettelse av modernismen i en enkel trekonstruksjon med stort, flatt tak og generøse vindusflater. For dette huset ble ekteparet hedret med Treprisen 1964. I oppdraget med Brumunddal kirke, som ble reist etter 1. premie i konkurranse 1960, fikk arkitektene prøve ut trematerialet i et større prosjekt. Kirken er en av de første “naustkirkene” i norsk etterkrigsmodernisme, hvor det høye saltaket er trukket helt ned til bakkenivå. Interiøret har en sober detaljbehandling som har skapt en helhet som fremhever kvalitetene i edelt furutre. Andre store prosjekter er Kristiansund rådhus, Samfunnshus med kino i Kirkenes, Sauland skule i Hjartdal og Rudolf Steinerskolen i Oslo.