Jacob Aall Ottesen var en av de mest betydningsfulle prestene blant norske immigranter i Midtvesten på 1800-tallet, og han var en av de 7 som grunnla det norskamerikanske kirkesamfunnet Den norske synode 1853. Han fikk i oppdrag å sy sammen synodens grunnlov og har mye av æren for dens endelige ordlyd. Ottesen var en flittig skribent, og hans skrifter utgjør noen av de viktigste kilder til forståelse av norskamerikansk kirkehistorie.
Ottesen vokste opp i en familie der teologien gikk i arv. Han ble ferdig utdannet teolog i Christiania 1849. Etter en tid som lærer bestemte han seg 1852 for å ta imot kall til prestetjeneste blant norske immigranter i Wisconsin. Samme år reiste han med ektefelle til New York. Derfra drog de sammen med Ole Bull til kolonien Oleana i Pennsylvania, der Ottesen holdt en preken. Ifølge Ottesen selv var tilhørerne “meget bevegede alle”. I oktober kom ekteparet til Manitowoc, Wisconsin. Da hadde de vært på reisefot i tre måneder. Her ble Ottesen værende som prest i 8 år. Han red ofte langs Lake Michigan og inn i skogene i Wisconsin for å holde kontakt med norske innvandrere. I et dikt som kom ut 1885 til hans ære, heter det om hans liv i denne perioden at “stundom maa den brave krybe / over myr og sumpe dybe”.
Ottesen ble sentral i den etter hvert problematiske kontakten mellom Den norske synode og det tysk-amerikanske kirkesamfunn med sete i St. Louis, Missouri. 1857 var han utsending til Concordia College i St. Louis. Ottesen var tydelig begeistret for det han der møtte i den såkalte Missouri-synoden. Han gikk derfor inn for at det skulle opprettes et norsk professorat ved Concordia. Dette viser hvor tidlig Ottesen og hans kollegaer satset på presteutdanning for etterkommere av norske innvandrere. Da St. Louis viste seg å bli et mindre gunstig utdanningssted etter utbruddet av borgerkrigen, arbeidet Ottesen for å få etablert en egen norsk-språklig høyskole i Decorah (Luther College). Han sa selv at han hadde oppsendt flere bønner for denne skole enn “der var stene i bygningen”.
Til hele sitt virke hentet Ottesen inspirasjon fra luthersk ortodoksi. Han kom derfor av og til i konflikt med yngre og mer “amerikaniserte” prester. For Ottesen var det viktig at norskamerikanerne holdt fast på luthersk språk slik det kom til uttrykk i tekster som immigrantene kjente fra Norge. Fedrearven var for ham et luthersk begrep. Ottesen og prestekollegaene hans mente at all forståelse av individet var knyttet til et språk utenfor selvet, det vil si i Bibelen og i de lutherske bekjennelsesskriftene. I norskamerikansk kirkeliv er kanskje Ottesen den som best illustrerer problemet som oppstod med begrepet “Ordet alene”. Så lenge det gjaldt evangeliet, var alt greit. Men så snart prinsippet ble brukt til forsvar for kirkelig praksis, kunne det gå galt. Ottesen var motstander av at legfolk skulle kunne forkynne i offentlige forsamlinger. Det sies dog at hans hustru hadde en heldig innflytelse på ham. Ottesens gode venn, Laur. Larsen, har forklart at om han ble han for streng, la hun “sin milde og dæmpende indflydelse over hans iver”.
På synodemøtet 1857 ble Ottesen valgt til synodens sekretær, og fra da av skrev han flittig i synodens organ Kirkelig Maanedstidende, der han ble medredaktør fra 1861. 1860 ble han kalt til prest i Koshkonong, som den gang var et mer sentralt sogn i Den norske synode. Her fungerte Ottesen som prest i over 30 år, ofte under store påkjenninger. Familien økte med tre barn, de to yngste døde tidlig. Livet ble også på andre måter vanskelig for Ottesen. Han ble stevnet for amerikansk domstol for å ha angrepet en person i menigheten. Det hadde seg slik at en norsk immigrant var blitt utstøtt av menigheten på grunn av uansvarlig opptreden mot sin familie. Vedkommende troppet da opp på prestegården og tiltvang seg sakspapirene. Deretter beskyldte han Ottesen for ved vold å ha forsøkt å ta papirene tilbake. Det hele endte i en rettssak der Ottesen fikk full oppreisning, men saken tok kraftig på ham.
1877 ble Ottesen bedt om å bli professor og bestyrer for synodens praktisk-teologiske seminar i Madison, Wisconsin, men han avslo dette. Det kan han ha angret på, for i 1880-årene ble hans menigheter i Koshkonong splittet på grunn av den såkalte “naadevalgsstriden”. Ottesen klaget over at han hadde vært under “et stort tryk af sorg og kummer, baade paa grund af legemlig sygdom, navnlig en ofte pinlig nervøsitet, og tillige paa grund af al den nød jeg saa i menigheden under den bitre strid”. Det endte med at Ottesen i praksis ble avsatt av sin egen lokalmenighet ved flertallsbeslutning. Fraksjonen som støttet ham, mistet også eiendomsretten til kirke og prestegård. Mindretallet holdt fast ved Ottesen til han gikk av 1891. Ottesen, som hele tiden var lojal mot synoden, innså klart at lokalt kirkelig demokrati ikke alltid skapte større fred og fordragelighet.
Jacob Aall Ottesen og hans kone flyttet til Decorah 1891, der han bodde til sin død. Han ble etter hvert dårlig til bens og kom seg bare med nød og neppe inn fra soverommet til stuen, der han pleide å sitte og skrive brev.