Hele livet var Hans Thomas Schaanning glødende opptatt av ornitologi, men han fikk aldri formell utdannelse i faget. Likevel er han regnet som en av de store fagmenn innen dette feltet av zoologien.
Interessen for fugler hadde Schaanning fra unge år i Kristiania, og den oppslukte ham slik at det gikk ut over skolegangen. Etter å ha vært innom en rekke “studentfabrikker” og en tid med den senere kjente zoolog Kristine Bonnevie som huslærer, tok han examen artium 1899. Han var fast bestemt på å bli ornitolog, og allerede mens han leste til artium, arbeidet han med et større verk om Norges fugler. Det ble levert til en priskonkurranse, men ikke bedømt. Schaanning trodde oppgaven var stoppet av professor Robert Collett, som følte seg forurettet av at en skolegutt trådte inn på hans spesialfelt. Manuskriptet ble imidlertid, med tilføyelser av ny kunnskap, utgitt 1916 og fungerte lenge som Norges beste fuglehåndbok. Colletts materiale ble utgitt av Ørjan Olsen etter professorens død og avstedkom en omfattende faglig debatt, der bl.a. Schaanning deltok.
Sommeren 1900 gjennomførte Schaanning en stipendreise i Finnmark. Under et opphold i Pasvik fant han at her kunne han leve som jeger og samler av egg og skinn til vitenskapelige formål, samtidig som han studerte fuglelivet i det fri. Samme år drog han dit med vennen Johan Koren, og derfra drev de innsamling i Norge, Finland og Russland. Blant annet deltok de 1902–03 i professor Kristian Birkelands nordlysekspedisjon til Novaja Zemlja. Fra tiden i Pasvik solgte Schaanning etter hvert mer enn 3000 skinn av fugler og pattedyr og 3600 egg til museer og samlinger.
Schaanning giftet seg 1902 med den knapt 16 år gamle datteren til en av de finske bureiserne i russisk Pasvik. De levde et lykkelig villmarksliv og fikk tre barn. Da Elsa døde 1907, bare 21 år gammel, flyttet Schaanning over til norsk side og etablerte gården Noatun. Der fortsatte han studiene og innsamlingen, og han var også grensevokter. På en reise sørover 1909 giftet han seg med Hedevig Lysholm Schjelderup, som fulgte ham tilbake til Pasvik, hvor de bodde til 1911. De fikk fem barn.
Fra 1911 levde Schaanning i trange kår som stipendiat i Kristiania. Hans drøm var å flytte nordover igjen, men familieforholdene gjorde dette umulig. 1918 tok han imot en stilling som konservator ved Stavanger Museum, og her ble han resten av sitt yrkesaktive liv. Full av tiltakslyst bygde han om utstillingene ved museet, og han gjorde et banebrytende arbeid innen ringmerking og spredning av ornitologisk kunnskap. Han stiftet Norsk Ornithologisk Forening 1921 og var redaktør for foreningens tidsskrift, der han selv skrev det meste – til sammen 15 store hefter i 4 bind, til foreningen døde hen 1935. Han bearbeidet ornitologisk materiale fra flere polarekspedisjoner og deltok ivrig som norsk representant i internasjonalt ornitologisk arbeid. 1937 opprettet han Norges første ornitologiske fuglestasjon på Revtangen, Jæren.
Schaanning var litterært interessert og skrev ofte dikt til eget bruk. Noen ble publisert i aviser. Dessuten samlet han klassisk litteratur innen ornitologi, og i senere år frimerker, spesielt med fuglemotiv. Han var kjent for å ha en stridbar natur, og han førte lange og uforsonlige polemikker i dagspressen, blant annet om Colletts fuglebok.
Faglig har det stått strid om Schaannings innsats for vitenskapen. Det er hevdet at hans arbeider stort sett har vært faunistiske registreringer og detaljrike oversikter, uten en samlet linje eller formulerte problemstillinger og analyser. Men han var høyt profilert som feltforsker, og hans faunaoversikter er mye brukt, også i dag. Som inspirator for ornitologien var han en ener og er regnet som den siste av de store ornitologer fra pionertiden.
Da Schaanning gikk av for aldersgrensen 1948, flyttet han til Kragerø, hvor han døde 1956.