Carl Aaser gav viktige bidrag til utvikling av næringsmiddelkontroll og hygiene både nasjonalt og på det nordiske plan. Det norske veterinærmuseum var også hans verk.
Etter examen artium i Kristiania 1908 tok Aaser veterinæreksamen ved Den kgl. Veterinær- og Landbohøjskole i København 1913 og var deretter i ett år assistent ved Statens Serumlaboratorium samme sted. 1914–17 var han assistentveterinær og 1917–27 avdelingssjef ved Veterinærinstituttet i Kristiania/Oslo. Han var overveterinær i kampen mot munn- og klovsyke-utbruddene i Aust-Agder 1926–27.
Aaser var den første norske veterinær som disputerte for en norsk doktorgrad da han 1925 ble dr.philos. ved universitetet i Oslo på en avhandling om gjeddepest. Han foretok flere stipendreiser til Sverige, Danmark, Storbritannia og Frankrike for å studere bakteriologi og næringsmiddelkontroll. Han var stadsdyrlege i Oslo 1927–38 og ble 1938 utnevnt som den første professor i fagene næringsmiddelkontroll, hygiene og rettsmedisin ved Norges veterinærhøgskole (NVH). 1953 opprettet NVH et eget Institutt for rettsmedisin, og Aaser ble dets første sjef i et nyopprettet dosentur som han innehadde til 1959. I samme periode var han også politiveterinær i Oslo. 1921–59 var han veterinær ved Statens institutt for folkehelse.
Aaser var sterkt engasjert i faglige og organisatoriske oppgaver og hadde en rekke tillitsverv. Han var bl.a. medlem av Næringsmiddellovutvalget av 1933, Statens ernæringsråd (1937) og utvalget for lov om veterinærer (1939), formann i Internordisk komité for utarbeidelse av regler for nordisk melkekontroll 1948 og Foreningen til dyrenes beskyttelse 1950–70, fast norsk delegat til Office International des Epizooties (OIE) i Paris 1948–55 og medlem av Rådet for veterinærmedisinske forsøk 1949–53. Han var initiativtaker til opprettelse av Det veterinærmedisinske rettsråd og av Veterinærhygienisk Forening og den første formann i begge. På nordisk plan var han sterkt engasjert i fagtidsskrifter og i ledelsen av nordiske veterinærmøter. Han var hovedredaktør for boken om Den Norske Veterinærforening (DNV) ved 75-årsjubileet 1964 og publiserte ca. 100 fagartikler i norske og internasjonale tidsskrifter.
1955 tok Aaser initiativ til opprettelse av et veterinærmuseum, som 1969 ble overtatt av NVH med Aaser som dets første bestyrer, en funksjon han innehadde til han fylte 91 år.
Carl Aaser var medlem av Det Norske Videnskaps-Akademi (fra 1950) og æresmedlem av Den Norske Veterinærforening, Veterinærhygienisk Forening, Den danske dyrlægeforening og de nasjonale dyrebeskyttelsesforeningene i Norge, Sverige og Danmark. Han mottok Kongens fortjenstmedalje i gull 1958 og var ridder av Dannebrogordenen. Aaser ble tildelt en rekke utmerkelser, bl.a. Veterinærfondets pris (1921 og 1974) og DNVs hederstegn.