Det var lysten til å bli maler som ledet Andreas Aubert til kunstkritikken og kunsthistorien. Etter examen artium og anneneksamen ved universitetet gikk han på den Kgl. Tegneskole 1869–71. 1870 begynte han å studere teologi, og ble cand.theol. 1877, men valgte skolen fremfor prekestolen som karriere. 1878 ble han ansatt som norsklærer ved Aars og Voss skole i Kristiania, og ble der til 1895, avbrutt av flere permisjoner. Sommerferiene ble brukt til studiereiser, og 1880 var han assistent for onkelen Wilhelm Maribo (en drivende kraft bak etableringen av Skulpturmuseet i Kristiania) på en seks måneders tur til Italia for å studere museumsbygg og skulptursamlinger.
Aubert forfattet sine første kunstkritikker 1878, og skrev jevnlig for Morgenbladet frem til våren 1882. Han fikk snart ry som vår fremste kunstkritiker. Med stor glød fremholdt han at det nye friluftsmaleriet og den franskinfluerte naturalismen ville forsterke “fornorskelsesprosessen” i vår kunst. Han deltok aktivt på naturalistenes side i striden om Kunstforeningen 1881/82. Da Morgenbladet avslo å trykke en artikkel om Frits Thaulow, begynte han å skrive for Aftenposten våren 1882. Samme sommer malte han med Theodor Kittelsen i Kragerø.
Høsten 1882, etter et kortere opphold hos Christian Krohg, drog han til Paris, og ble der til sommeren 1884. Etter et mistrøstig opphold på Académie Colarossi bestemte han seg for å vie seg utelukkende til kunstens teoretiske sider. Han skrev nå mange kunstkritikker fra Salonen og andre utstillingssteder; i en artikkel i Aftenposten 1883 redegjorde han for Claude Monet og impresjonismens program. En ny studiereise til Paris og verdensutstillingen 1889 resulterte i en ny rekke artikler om fransk kunst, ikke minst om favoritten Jean François Millet. Mange år senere utgav han Jean François Millet, 1814–1875. Det sidste aarhundredes mest afholdte maler.
Men de hjemlige kunstforhold stod hans hjerte nærmest. I 1880-årene var det de årlige høstutstillinger i Kristiania som klarest reflekterte tidens estetiske brytninger, og Auberts utførlige kritikker av disse utstillingene er fortsatt viktige kilder i norsk kunsthistorisk forskning. Som kunstkritiker var han mest aktiv i 1880-årene. Etter hvert trakk han seg noe tilbake fra dagens strid til fordel for kunsthistorien, men skrev engasjerte avisartikler om nasjonale kunst- og kulturforhold hele sitt liv.
Den naturalisme Aubert ivret for, rommet så vel poesi som subjektivt uttrykk. Han hadde derfor ingen vanskeligheter med å akseptere 1890-årenes nyidealisme og nyromantikk. I motsetning til hva enkelte (særlig Jens Thiis) har hevdet, var Aubert en viktig støttespiller for Edvard Munch, og i sine kritikker gjorde han tidlig oppmerksom på Munchs usedvanlige talent. Som kunstsamleren Olaf Schous nærmeste rådgiver er Aubert å takke for at en rekke av Munchs sentrale arbeider kom i Nasjonalgalleriets eie.
Av legning var han vel det vi i dag kaller verdikonservativ. Han stilte seg avvisende til Hans Jæger og bohembevegelsen, som han mente skadet kunstens skjøre vekst og anseelse, ikke minst hos de bevilgende myndigheter. Politisk ønsket han å holde seg nøytral og stemte aldri ved valgene, men uttrykte sympati for de venstreliberale holdningene han fant hos sine venner Ernst Sars, Erik Werenskiold, svogeren Molkte Moe og ikke minst Bjørnstjerne Bjørnson, som han hadde kjent siden begynnelsen av 1870-årene, da han i en kortere tid var huslærer for sønnen Bjørn Bjørnson.
Aubert ønsket opprinnelig å forfatte biografier over norske samtidskunstnere. 1885 begynte han forberedelsen til en Werenskiold-biografi, men skrinla denne da minneutstillingen over J. C. Dahl 1888 fikk ham til å begynne et stort forskningsarbeid om “vår malerkunsts far”. Fru Védastine var nå som senere hans utrettelige assistent. Professor Dahl. Et Stykke af Aarhundredets Kunst- og Kulturhistorie forelå 1893. Boken var lagt så nær en selvbiografi som mulig, med et vell av detaljer og data. Arbeidet ruver fremdeles innen norsk kunsthistorie. Mer teoretisk anlagt er Den nordiske Naturfølelse og Professor Dahl. Hans Kunst og dens Stilling i Aarhundredets utvikling, som kom året etter. Det var Dahls naturstudier, hans “naturalisme”, som fikk størst oppmerksomhet, og Aubert betraktet Dahl som en vektig historisk garant for Werenskiold-generasjonens kunstsyn.
Takket være arbeidet med Dahl og tysk romantikk gjenoppdaget Aubert Caspar David Friedrich, noe som ble behørig lagt merke til i Tyskland. Den planlagte Friedrich-biografien var ufullført ved Auberts død, men flere artikler ble publisert, og et bruddstykke av biografien, Caspar David Friedrich: “Gott, Freiheit, Vaterland”, ble utgitt posthumt. I 1890-årene begynte han å arbeide med en biografi over Dahls venn Thomas Fearnley, men heller ikke denne ble fullført; et første omriss, Thomas Fearnley. En biografisk skisse, utkom 1903.
Som påskjønnelse for arbeidet med Dahl innvilget Stortinget ham 1895 et årlig stipend. Aubert kunne endelig slutte ved Aars og Voss. 1896 forsvarte han Den nordiske Naturfølelse og Professor Dahl som sin doktoravhandling. Inspirert av Arts and Crafts og art nouveau ivret han for en sterkere forening av håndverk, bygningskunst, kunst og kunstindustri, og formulerte en rekke av de tanker som den nasjonalliberale Lysakerkretsen gjorde seg om forholdet mellom kultur, kunst og nasjonal tilhørighet. Dette var en ledende tanke i praktverket Norge i det 19de aarhundrede (1900), hvor Aubert forfattet oversiktsartikkelen Norges Malerkunst, den første samlende fremstilling av den norske kunsts utvikling. Artikkelen ble senere utgitt som egen bok, Det nye Norges malerkunst.
Helt siden han hadde valgt å satse på kunstens teori, håpet han på en fast stilling som kunsthistoriker. Han ble forbigått ved ansettelse på Skulpturmuseet og følte seg sterkt motarbeidet av Lorentz Dietrichson, også når det gjaldt å få innpass ved universitetet. En rekke kunstnere oppfordret departementet til å velge Aubert som formann i Nasjonalgalleriets styre, men heller ikke her ønsket man hans lederskap. Ikke desto mindre nedla Aubert som det kunsthistorisk sakkyndige medlem i Nasjonalgalleriets styre 1891–1906 et meget fortjenstfullt arbeid, og skaffet bl.a. museet en rekke viktige verk, takket være sine kontakter i Tyskland, sitt vennskap med J. C. Dahls etterlatte og ikke minst gjennom sitt nære samarbeid med Olaf Schou.
Parallelt med sine studier i tysk romantikk arbeidet Aubert fra 1890-årene av også med emner fra italiensk ungrenessanse og senantikk skulptur. Denne side ved hans forskning ble møtt med større anerkjennelse i utlandet enn hos norske kolleger. Studieturene til Tyskland og Italia ble etter hvert lengre og lengre. Da det endelig ble bestemt at det skulle ansettes en direktør ved Nasjonalgalleriet, var ikke Aubert blant søkerne. Hans argeste konkurrent gjennom mange år, Jens Thiis, ble ansatt.
“Ved sin overordentlige impulsive natur, sin superlative begeistring, sin noget usunde selvoptathet og tilspidset personlige uttrykksmaate var han lettere end de aller fleste utsat for at misforstaaes, stundom for at skade mer end at gavne det, han vilde kjæmpe for,” skrev C. W. Schnitler ved Auberts død 1913, “… og han blev vel igrunden mer og mer en ensom mand”.